t/LocalDB/Taxonomy/silva.t

   1 use strict;
   2
   3 BEGIN {
   4     use lib '.';
   5     use Bio::Root::Test;
   6     test_begin( -tests => 42 );
   7     use_ok('Bio::DB::Taxonomy');
   8     use_ok('Bio::Tree::Tree');
   9 }
  10
  11
  12 my ($db, $id, @ids, $node, $node2, $ancestor, @children, %common_names, $tree, @descs);
  13
  14
  15 # Test Bio::DB::Taxonomy::silva
  16
  17 ok $db = Bio::DB::Taxonomy->new( -source => 'silva' );
  18
  19 isa_ok $db, 'Bio::DB::Taxonomy::silva';
  20 isa_ok $db, 'Bio::DB::Taxonomy::list';
  21 isa_ok $db, 'Bio::DB::Taxonomy';
  22
  23 ok $db = Bio::DB::Taxonomy->new(
  24    -source   => 'silva',
  25    -taxofile => test_input_file('taxonomy', 'silva_SSURef_108_tax_silva_trunc.fasta'),
  26 );
  27
  28 @ids = $db->get_taxonid('Homo sapiens');
  29 is scalar @ids, 0;
  30
  31 @ids = $db->get_taxonid('Rattus norvegicus');
  32 is scalar @ids, 1;
  33 $id = $ids[0];
  34
  35 ok $node = $db->get_taxon($id);
  36 is $node->id, $id;
  37 is $node->object_id, $node->id;
  38 is $node->ncbi_taxid, undef;
  39 is $node->rank, undef;
  40 is $node->parent_id, 'sv72';
  41 is $node->node_name, 'Rattus norvegicus';
  42 is $node->scientific_name, $node->node_name;
  43
  44 is ${$node->name('scientific')}[0], $node->node_name;
  45
  46 # it has a common name in Silva, but Bio::DB::Taxonomy::silva does not record it
  47 %common_names = map { $_ => 1 } $node->common_names;
  48 is scalar keys %common_names, 0;
  49
  50 is $node->division, undef;
  51 is $node->genetic_code, undef;
  52 is $node->mitochondrial_genetic_code, undef;
  53
  54 # briefly test some Bio::Tree::NodeI methods
  55 ok $ancestor = $node->ancestor;
  56 is $ancestor->scientific_name, '';
  57 ok $ancestor = $ancestor->ancestor;
  58 is $ancestor->scientific_name, 'Rattus';
  59 ok $ancestor = $ancestor->ancestor;
  60 is $ancestor->scientific_name, 'Murinae';
  61
  62 # unless set explicitly, Bio::Taxon doesn't return anything for
  63 # each_Descendent; must ask the database directly
  64 @ids = $db->get_taxonid('Metazoa');
  65 is scalar @ids, 1;
  66 $id = $ids[0];
  67 ok $node = $db->get_taxon($id);
  68 ok @children = $node->db_handle->each_Descendent($node);
  69 is scalar @children, 3; # Chordata, Platyhelminthes, Metazoa
  70
  71 # do some trickier things...
  72 ok $node2 = $db->get_taxon('sv112');
  73 is $node2->scientific_name, 'Mucoromycotina';
  74
  75 # briefly check that we can use some Tree methods
  76 $tree = Bio::Tree::Tree->new();
  77 is $tree->get_lca($node, $node2)->scientific_name, 'Eukaryota';
  78
  79 # can we actually form a Tree and use other Tree methods?
  80 ok $tree = Bio::Tree::Tree->new(-node => $node2);
  81 is $tree->number_nodes, 5;
  82 is $tree->get_nodes, 5;
  83
  84 # check that getting the ancestor still works now we have explitly set the
  85 # ancestor by making a Tree
  86 is $node2->ancestor->scientific_name, 'Basal fungal lineages';
  87
  88 # we can recursively fetch all descendents of a taxon
  89 my $lca = $db->get_taxon( -name => 'Liliopsida' );
  90 ok @descs = $db->each_Descendent($lca);
  91 is scalar @descs, 1;
  92 @descs = $db->get_all_Descendents($lca);
  93 is scalar @descs, 9;
  94