t/LocalDB/Taxonomy/greengenes.t

   1 use strict;
   2
   3 BEGIN {
   4     use lib '.';
   5     use Bio::Root::Test;
   6     test_begin( -tests => 38 );
   7     use_ok('Bio::DB::Taxonomy');
   8     use_ok('Bio::Tree::Tree');
   9 }
  10
  11
  12 my ($db, $id, @ids, $node, $node2, $ancestor, @children, %common_names, $tree, @descs);
  13
  14
  15 # Test Bio::DB::Taxonomy::greengenes
  16
  17 ok $db = Bio::DB::Taxonomy->new( -source => 'greengenes' );
  18
  19 isa_ok $db, 'Bio::DB::Taxonomy::greengenes';
  20 isa_ok $db, 'Bio::DB::Taxonomy::list';
  21 isa_ok $db, 'Bio::DB::Taxonomy';
  22
  23 ok $db = Bio::DB::Taxonomy->new(
  24    -source   => 'greengenes',
  25    -taxofile => test_input_file('taxonomy', 'greengenes_taxonomy_16S_candiv_gg_2011_1.txt'),
  26 );
  27
  28 @ids = $db->get_taxonid('Homo sapiens');
  29 is scalar @ids, 0;
  30
  31 @ids = $db->get_taxonid('s__Bacteroides uniformis');
  32 is scalar @ids, 1;
  33 $id = $ids[0];
  34
  35 ok $node = $db->get_taxon($id);
  36 is $node->id, $id;
  37 is $node->object_id, $node->id;
  38 is $node->ncbi_taxid, undef;
  39 is $node->rank, 'species';
  40 is $node->parent_id, 'gg6';
  41 is $node->node_name, 's__Bacteroides uniformis';
  42 is $node->scientific_name, $node->node_name;
  43
  44 is ${$node->name('scientific')}[0], $node->node_name;
  45
  46 %common_names = map { $_ => 1 } $node->common_names;
  47 is scalar keys %common_names, 0;
  48
  49 is $node->division, undef;
  50 is $node->genetic_code, undef;
  51 is $node->mitochondrial_genetic_code, undef;
  52
  53 # briefly test some Bio::Tree::NodeI methods
  54 ok $ancestor = $node->ancestor;
  55 is $ancestor->scientific_name, 'g__Bacteroides';
  56
  57 # unless set explicitly, Bio::Taxon doesn't return anything for
  58 # each_Descendent; must ask the database directly
  59 ok @children = $ancestor->db_handle->each_Descendent($ancestor);
  60 is scalar @children, 2;
  61
  62 # do some trickier things...
  63 ok $node2 = $db->get_taxon('gg104');
  64 is $node2->scientific_name, 'o__Synergistales';
  65
  66 # briefly check that we can use some Tree methods
  67 $tree = Bio::Tree::Tree->new();
  68 is $tree->get_lca($node, $node2)->scientific_name, 'k__Bacteria';
  69
  70 # can we actually form a Tree and use other Tree methods?
  71 ok $tree = Bio::Tree::Tree->new(-node => $node);
  72 is $tree->number_nodes, 7;
  73 is $tree->get_nodes, 7;
  74 is $tree->find_node(-rank => 'genus')->scientific_name, 'g__Bacteroides';
  75 is $tree->find_node(-rank => 'class')->scientific_name, 'c__Bacteroidia';
  76
  77 # check that getting the ancestor still works now we have explitly set the
  78 # ancestor by making a Tree
  79 is $node->ancestor->scientific_name, 'g__Bacteroides';
  80
  81 # we can recursively fetch all descendents of a taxon
  82 my $lca = $db->get_taxon( -name => 'f__Enterobacteriaceae' );
  83 ok @descs = $db->each_Descendent($lca);
  84 is scalar @descs, 2;
  85 @descs = $db->get_all_Descendents($lca);
  86 is scalar @descs, 3;
  87
  88