t/LiveSeq/Chain.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4
   5 use strict;
   6
   7 BEGIN {
   8     use lib '.';
   9         use Bio::Root::Test;
  10
  11         test_begin(-tests => 45);
  12
  13         use_ok('Bio::LiveSeq::Chain');
  14 }
  15
  16 # this script tests Bio::LiveSeq::Chain methods directly since it isn't OO:
  17 # Bio::LiveSeq::Chain->new() isn't expected here.
  18
  19 my $chain = Bio::LiveSeq::Chain::string2chain("abcdefghijklmnopqrstuvwxyz");
  20 ok defined $chain;
  21 is( Bio::LiveSeq::Chain::down_chain2string($chain),
  22     "abcdefghijklmnopqrstuvwxyz");
  23 is( Bio::LiveSeq::Chain::down_chain2string($chain,undef,4),
  24     "abcd"); # default start=1
  25 my ($warning,$output);
  26 eval {
  27   local $SIG{__WARN__}=sub{ $warning=$_[0]};
  28   $output=Bio::LiveSeq::Chain::down_chain2string($chain,1,4,6);
  29 };
  30 is (((index($warning,"Warning chain2string: argument LAST:6 overriding LEN:4!")==0)&&($output eq "abcdef")),1);
  31 my $arrayref=Bio::LiveSeq::Chain::down_labels($chain,1,4);
  32 is $arrayref->[1], 2;
  33 $arrayref=Bio::LiveSeq::Chain::up_labels($chain,4,1);
  34 is $arrayref->[1], 3;
  35 $arrayref=Bio::LiveSeq::Chain::up_labels($chain);
  36 is scalar(@{$arrayref}), 26; # total number of labels should be 26
  37 is Bio::LiveSeq::Chain::start($chain), '1';
  38 is Bio::LiveSeq::Chain::end($chain), '26';
  39 ok Bio::LiveSeq::Chain::label_exists($chain,'4');
  40 is Bio::LiveSeq::Chain::label_exists($chain,'28'), '0';
  41 is Bio::LiveSeq::Chain::down_get_pos_of_label($chain,4), '4';
  42 is Bio::LiveSeq::Chain::down_get_pos_of_label($chain,4,4), '1';
  43 is Bio::LiveSeq::Chain::up_get_pos_of_label($chain,26,1), '1';
  44 is Bio::LiveSeq::Chain::down_subchain_length($chain,1,4), '4';
  45 is Bio::LiveSeq::Chain::up_subchain_length($chain,4,1), '4';
  46 ok Bio::LiveSeq::Chain::invert_chain($chain);
  47 ok Bio::LiveSeq::Chain::invert_chain($chain);
  48 is Bio::LiveSeq::Chain::down_get_value_at_pos($chain,4), 'd';
  49 is Bio::LiveSeq::Chain::down_get_value_at_pos($chain,1,4), 'd';
  50 is Bio::LiveSeq::Chain::up_get_value_at_pos($chain,4), 'w';
  51
  52 ok Bio::LiveSeq::Chain::up_set_value_at_pos($chain,'W',4);
  53 is Bio::LiveSeq::Chain::up_get_value_at_pos($chain,4), 'W';
  54
  55 ok Bio::LiveSeq::Chain::down_set_value_at_pos($chain,'D',4);
  56 is Bio::LiveSeq::Chain::down_get_value_at_pos($chain,4), 'D';
  57
  58 ok Bio::LiveSeq::Chain::set_value_at_label($chain,'d',4);
  59 is Bio::LiveSeq::Chain::get_value_at_label($chain,4), 'd';
  60
  61 is Bio::LiveSeq::Chain::down_get_label_at_pos($chain,1,4), '4';
  62 is Bio::LiveSeq::Chain::up_get_label_at_pos($chain,4), '23';
  63 ok Bio::LiveSeq::Chain::is_downstream($chain,3,4);
  64 is Bio::LiveSeq::Chain::is_downstream($chain,4,3), '0';
  65 ok Bio::LiveSeq::Chain::is_upstream($chain,4,3);
  66 is Bio::LiveSeq::Chain::is_upstream($chain,3,4), '0';
  67 is Bio::LiveSeq::Chain::splice_chain($chain,4,2), 'de';
  68 is Bio::LiveSeq::Chain::splice_chain($chain,7,undef,9), 'ghi';
  69
  70 my @array=Bio::LiveSeq::Chain::praeinsert_string($chain,"ghi",10);
  71 is $array[0],27;
  72 is $array[1],29;
  73
  74 @array=Bio::LiveSeq::Chain::postinsert_string($chain,"de",3);
  75 is $array[0], 30;
  76 is $array[1], 31;
  77 is Bio::LiveSeq::Chain::up_chain2string($chain), "zyxWvutsrqponmlkjihgfedcba";
  78
  79 @array=Bio::LiveSeq::Chain::check_chain($chain);
  80 is $array[0], 1;
  81 is $array[1], 1;
  82 is $array[2], 1;
  83 is $array[3], 1;