t/AlignIO.t

   1 # This is -*-Perl-*- code
   2 # $Id$
   3 use strict;
   4
   5 my $DEBUG = $ENV{'BIOPERLDEBUG'} || 0;
   6 BEGIN {
   7         eval { require Test::More; };
   8         if( $@ ) {
   9                 use lib 't/lib';
  10         }
  11         use Test::More;
  12         plan tests => 193;
  13 }
  14 use_ok('Bio::SimpleAlign');
  15 use_ok('Bio::AlignIO');
  16 use_ok('Bio::Root::IO');
  17
  18 END {
  19     unlink(Bio::Root::IO->catfile("t","data","testout2.pfam"),
  20            Bio::Root::IO->catfile("t","data","testout.selex"),
  21            Bio::Root::IO->catfile("t","data","testout.pfam"),
  22            Bio::Root::IO->catfile("t","data","testout.msf"),
  23            Bio::Root::IO->catfile("t","data","testout.fasta"),
  24            Bio::Root::IO->catfile("t","data","testout.clustal"),
  25            Bio::Root::IO->catfile("t","data","testout.phylip"),
  26            Bio::Root::IO->catfile("t","data","testout.nexus"),
  27            Bio::Root::IO->catfile("t","data","testout.mega"),
  28            Bio::Root::IO->catfile("t","data","testout.po"),
  29            Bio::Root::IO->catfile("t","data","testout.largemultifasta")
  30           );
  31 }
  32
  33 my ($str,$aln,$strout,$status);
  34
  35 #PSI format
  36 $str  = new Bio::AlignIO (
  37     '-file'     => Bio::Root::IO->catfile("t","data","testaln.psi"),
  38     '-format'   => 'psi');
  39 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
  40 $aln = $str->next_aln();
  41 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  42 is($aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, 'QUERY/1-798');
  43 is($aln->no_sequences, 56);
  44
  45 # STOCKHOLM (multiple concatenated files)
  46 # Rfam
  47 $str  = new Bio::AlignIO (
  48     '-file'     => Bio::Root::IO->catfile("t","data","rfam_tests.stk"),
  49     '-format'   => 'stockholm');
  50 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
  51 $aln = $str->next_aln();
  52 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  53 is($aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, 'Z11765.1/1-89');
  54 is($aln->accession, 'RF00006');
  55 is($aln->id, 'Vault');
  56 is($aln->description,'Vault RNA');
  57 $aln = $str->next_aln();
  58 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  59 is($aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, 'L43844.1/2-149');
  60 is($aln->accession, 'RF00007');
  61 is($aln->id, 'U12');
  62 is($aln->description,'U12 minor spliceosomal RNA');
  63 $aln = $str->next_aln();
  64 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  65 is($aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, 'AJ295015.1/58-1');
  66 is($aln->accession, 'RF00008');
  67 is($aln->id, 'Hammerhead_3');
  68 is($aln->description,'Hammerhead ribozyme (type III)');
  69
  70 # Pfam
  71 $str  = new Bio::AlignIO (
  72     '-file'     => Bio::Root::IO->catfile("t","data","pfam_tests.stk"),
  73     '-format'   => 'stockholm');
  74 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
  75 $aln = $str->next_aln();
  76 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  77 is($aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, 'RAD25_SCHPO/5-240');
  78 is($aln->accession, 'PF00244.9');
  79 is($aln->id, '14-3-3');
  80 is($aln->description,'14-3-3 protein');
  81 $aln = $str->next_aln();
  82 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  83 is($aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, 'COMB_CLOAB/6-235');
  84 is($aln->accession, 'PF04029.4');
  85 is($aln->id, '2-ph_phosp');
  86 is($aln->description,'2-phosphosulpholactate phosphatase');
  87 $aln = $str->next_aln();
  88 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  89 is($aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, 'Y278_HAEIN/174-219');
  90 is($aln->accession, 'PF03475.3');
  91 is($aln->id, '3-alpha');
  92 is($aln->description,'3-alpha domain');
  93
  94 # PFAM
  95 $str = Bio::AlignIO->new(
  96           '-file' => Bio::Root::IO->catfile("t","data","testaln.pfam"));
  97 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
  98 $aln = $str->next_aln();
  99 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 100 is($aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, '1433_LYCES/9-246');
 101
 102 $strout = Bio::AlignIO->new(
 103    '-file' => ">".Bio::Root::IO->catfile("t","data","testout.pfam"),
 104                             '-format' => 'pfam');
 105 $status = $strout->write_aln($aln);
 106 is($status, 1, " failed pfam output test");
 107
 108
 109 # MAF
 110 $str = Bio::AlignIO->new(
 111           '-file' => Bio::Root::IO->catfile("t","data","humor.maf"));
 112 $aln = $str->next_aln();
 113 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 114 is $aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, 'NM_006987/1-5000', " failed maf input test";
 115 is $aln->get_seq_by_pos(1)->strand, '-';
 116
 117 # MSF
 118 $str = Bio::AlignIO->new(
 119     '-file' => Bio::Root::IO->catfile("t","data","testaln.msf"));
 120 $aln = $str->next_aln();
 121 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 122 is $aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, '1433_LYCES/9-246', " failed msf input test";
 123
 124 $strout = Bio::AlignIO->new(
 125    '-file' => ">".Bio::Root::IO->catfile("t","data","testout.msf"),
 126                             '-format' => 'msf');
 127 $status = $strout->write_aln($aln);
 128 is $status, 1, "  failed msf output test";
 129
 130
 131 # FASTA
 132 $str = Bio::AlignIO->new(
 133                  -file => Bio::Root::IO->catfile("t","data","testaln.fasta"),
 134                  -format => 'fasta');
 135 $aln = $str->next_aln();
 136 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 137 is $aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, 'AK1H_ECOLI/114-431',
 138   " failed fasta input test ";
 139 is ($aln->get_seq_by_pos(1)->description, 'DESCRIPTION HERE',
 140     " failed fasta input test for description");
 141 is ($aln->get_seq_by_pos(11)->display_id, 'AK_YEAST',
 142     " failed fasta input test for id");
 143
 144 is ($aln->get_seq_by_pos(2)->end, 318,
 145     " failed fasta input test for end");
 146
 147 is ($aln->get_seq_by_pos(11)->description, 'A COMMENT FOR YEAST',
 148     " failed fasta input test for description");
 149
 150 $strout = Bio::AlignIO->new(
 151    '-file' => ">".Bio::Root::IO->catfile("t","data","testout.fasta"),
 152                               '-format' => 'fasta');
 153 $status = $strout->write_aln($aln);
 154 is $status, 1,"  failed fasta output test";
 155
 156 my $in = Bio::AlignIO->newFh(
 157    '-file'  => Bio::Root::IO->catfile("t","data","testaln.fasta"),
 158                                '-format' => 'fasta');
 159 my $out = Bio::AlignIO->newFh(
 160    '-file' => ">".Bio::Root::IO->catfile("t","data","testout2.pfam"),
 161                                 '-format' => 'pfam');
 162 while ( $aln = <$in>) {
 163     is $aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, 'AK1H_ECOLI/114-431',
 164      "  failed filehandle input test  ";
 165     $status = print $out $aln;
 166     last;
 167 }
 168 is $status, 1, "  failed filehandle output test";
 169
 170
 171 # SELEX
 172 $str = Bio::AlignIO->new(
 173     '-file' => Bio::Root::IO->catfile("t","data","testaln.selex"),
 174                            '-format' => 'selex');
 175 $aln = $str->next_aln();
 176 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 177 is $aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, 'AK1H_ECOLI/114-431', " failed selex format test ";
 178
 179 $strout = Bio::AlignIO->new(
 180    '-file' => ">".Bio::Root::IO->catfile("t","data","testout.selex"),
 181                               '-format' => 'selex');
 182 $status = $strout->write_aln($aln);
 183 is $status, 1, "  failed selex output test";
 184
 185
 186 # MASE
 187 $str = Bio::AlignIO->new(
 188    '-file' => Bio::Root::IO->catfile("t","data","testaln.mase"),
 189                            '-format' => 'mase');
 190 $aln = $str->next_aln();
 191 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 192 is $aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, 'AK1H_ECOLI/1-318', " failed mase input test ";
 193
 194
 195 # PRODOM
 196 $str = Bio::AlignIO->new(
 197    '-file' => Bio::Root::IO->catfile("t","data","testaln.prodom"),
 198                            '-format' => 'prodom');
 199 $aln = $str->next_aln();
 200 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 201 is $aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, 'P04777/1-33', " failed prodom input test ";
 202
 203
 204 # CLUSTAL
 205 $strout = Bio::AlignIO->new(
 206    '-file' => ">".Bio::Root::IO->catfile("t","data","testout.clustal"),
 207                               '-format' => 'clustalw');
 208 $status = $strout->write_aln($aln);
 209 is $status, 1, "  failed clustalw (.aln) output test";
 210 undef $strout;
 211 $str = Bio::AlignIO->new(
 212    '-file'=> Bio::Root::IO->catfile("t","data","testout.clustal"),
 213                            '-format' => 'clustalw');
 214 $aln = $str->next_aln($aln);
 215 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 216 is $aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, 'P04777/1-33', "  failed clustalw (.aln) input test";
 217 my $io = Bio::AlignIO->new(
 218    -file => Bio::Root::IO->catfile("t","data","testaln.aln") );
 219 $aln = $io->next_aln();
 220 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 221 is $aln->consensus_string, 'MNEGEHQIKLDELFEKLLRARKIFKNKDVLRHSWEPKDLPHRHEQIEALAQILVPVLRGETMKIIFCGHHACELGEDRGTKGFVIDELKDVDEDRNGKVDVIEINCEHMDTHYRVLPNIAKLFDDCTGIGVPMHGGPTDEVTAKLKQVIDMKERFVIIVLDEIDKLVKKSGDEVLYSLTRINTELKRAKVSVIGISNDLKFKEYLDPRVLSSLSEEEVVFPPYDANQLRDILTQRAEEAFYPGVLDEGVIPLCAALAAREHGDARKALDLLRVAGEIAEREGASKVTEKHVWKAQEKIEQDMMEEVIKTLPLQSKVLLYAIVLLDENGDLPANTGDVYAVYRELCEYIDLEPLTQRRISDLINELDMLGIINAKVVSKGRYGRTKEIRLMVTSYKIRNVLRYDYSIQPLLTISLKSEQRRLI', " failed clustalw consensus_string test";
 222
 223
 224 # BL2SEQ
 225 $str = Bio::AlignIO->new(
 226    '-file'   => Bio::Root::IO->catfile("t","data","bl2seq.out"),
 227                          '-format' => 'bl2seq',
 228                          '-report_type' => 'blastp');
 229 $aln = $str->next_aln();
 230 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 231 is $aln->get_seq_by_pos(2)->get_nse, 'ALEU_HORVU/60-360',
 232     "failed BLAST bl2seq format test";
 233
 234
 235 # PHYLIP interleaved
 236 $str = Bio::AlignIO->new(
 237     '-file' => Bio::Root::IO->catfile("t","data","testaln.phylip"),
 238     '-format' => 'phylip');
 239 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
 240 $aln = $str->next_aln();
 241 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 242 is $aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, 'Homo_sapie/1-45';
 243
 244 $strout = Bio::AlignIO->new(
 245     '-file'  => ">".Bio::Root::IO->catfile("t","data","testout.phylip"),
 246     '-format' => 'phylip');
 247 $status = $strout->write_aln($aln);
 248 is $status, 1, "  failed phylip output test";
 249
 250
 251 # METAFASTA (tests 37-39)
 252 print STDERR "Better Metafasta tests needed\n" if $DEBUG;
 253 $io = Bio::AlignIO->new(-verbose => -1,
 254    -file => Bio::Root::IO->catfile("t","data","testaln.metafasta"));
 255 $aln = $io->next_aln;
 256 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 257 is $aln->consensus_string,'CDEFHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ', " failed consensus_string on metafasta";
 258 is $aln->symbol_chars,'23'," failed symbol_chars() using metafasta";
 259
 260 # NEXUS
 261 $str = Bio::AlignIO->new(
 262    '-file' => Bio::Root::IO->catfile("t","data","testaln.nexus"),
 263                           '-format' => 'nexus');
 264 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
 265 $aln = $str->next_aln();
 266 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 267 is $aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, 'Homo_sapiens/1-45';
 268 $strout = Bio::AlignIO->new('-file'  => ">".
 269                           Bio::Root::IO->catfile("t", "data", "testout.nexus"),
 270                             '-format' => 'nexus', );
 271 $status = $strout->write_aln($aln);
 272 is $status, 1, "  failed nexus output test";
 273
 274 $str = Bio::AlignIO->new(
 275    '-file' => Bio::Root::IO->catfile("t","data","Bird_Ovomucoids.nex"),
 276                           '-format' => 'nexus');
 277 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
 278 $aln = $str->next_aln();
 279 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 280 $str = Bio::AlignIO->new(
 281    '-file' => Bio::Root::IO->catfile("t","data","basic-ladder.nex"),
 282                           '-format' => 'nexus');
 283 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
 284 $aln = $str->next_aln();
 285 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 286 $str = Bio::AlignIO->new(
 287    '-file' => Bio::Root::IO->catfile("t","data","Kingdoms_DNA.nex"),
 288                           '-format' => 'nexus');
 289 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
 290 $aln = $str->next_aln();
 291 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 292 $str = Bio::AlignIO->new(
 293   '-file' => Bio::Root::IO->catfile("t","data","char-interleave.nex"),
 294                           '-format' => 'nexus');
 295 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
 296 $aln = $str->next_aln();
 297 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 298 $str = Bio::AlignIO->new(
 299    '-file' => Bio::Root::IO->catfile("t","data","Primate_mtDNA.nex"),
 300                           '-format' => 'nexus');
 301 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
 302 $aln = $str->next_aln();
 303 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 304 $str = Bio::AlignIO->new(
 305    '-file' => Bio::Root::IO->catfile("t","data","char-matrix-spaces.nex"),
 306                           '-format' => 'nexus');
 307 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
 308 $aln = $str->next_aln();
 309 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 310 $str = Bio::AlignIO->new(
 311    '-file' => Bio::Root::IO->catfile("t","data","SPAN_Family4nl.nex"),
 312                           '-format' => 'nexus');
 313 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
 314 $aln = $str->next_aln();
 315 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 316 $str = Bio::AlignIO->new(
 317    '-file' => Bio::Root::IO->catfile("t","data","intrablock-comment.nex"),
 318                           '-format' => 'nexus');
 319 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
 320 $aln = $str->next_aln();
 321 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 322 $str = Bio::AlignIO->new(
 323    '-file' => Bio::Root::IO->catfile("t","data","SPAN_Family7n.nex"),
 324                           '-format' => 'nexus');
 325 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
 326 $aln = $str->next_aln();
 327 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 328 $str = Bio::AlignIO->new(
 329    '-file' => Bio::Root::IO->catfile("t","data","long-names.nex"),
 330                           '-format' => 'nexus');
 331 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
 332 $aln = $str->next_aln();
 333 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 334 $str = Bio::AlignIO->new(
 335    '-file' => Bio::Root::IO->catfile("t","data","SPAN_Family8a.nex"),
 336                           '-format' => 'nexus');
 337 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
 338 $aln = $str->next_aln();
 339 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 340 $str = Bio::AlignIO->new(
 341    '-file' => Bio::Root::IO->catfile("t","data","multiline-intrablock-comment.nex"),
 342                           '-format' => 'nexus');
 343 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
 344 $aln = $str->next_aln();
 345 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 346 $str = Bio::AlignIO->new(
 347   '-file' => Bio::Root::IO->catfile("t","data","Treebase-chlamy-dna.nex"),
 348                           '-format' => 'nexus');
 349 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
 350 $aln = $str->next_aln();
 351 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 352 $str = Bio::AlignIO->new(
 353   '-file' => Bio::Root::IO->catfile("t","data","quoted-strings1.nex"),
 354                           '-format' => 'nexus');
 355 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
 356 $aln = $str->next_aln();
 357 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 358 $str = Bio::AlignIO->new(
 359    '-file' => Bio::Root::IO->catfile("t","data","UnaSmithHIV-both.nex"),
 360                           '-format' => 'nexus');
 361 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
 362 $aln = $str->next_aln();
 363 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 364 $str = Bio::AlignIO->new(
 365   '-file' => Bio::Root::IO->catfile("t","data","quoted-strings2.nex"),
 366                           '-format' => 'nexus');
 367 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
 368 $aln = $str->next_aln();
 369 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 370 $str = Bio::AlignIO->new(
 371    '-file' => Bio::Root::IO->catfile("t","data","barns-combined.nex"),
 372                           '-format' => 'nexus');
 373 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
 374 $aln = $str->next_aln();
 375 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 376 $str = Bio::AlignIO->new(
 377    '-file' => Bio::Root::IO->catfile("t","data","radical-whitespace.nex"),
 378                           '-format' => 'nexus');
 379 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
 380 $aln = $str->next_aln();
 381 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 382 $str = Bio::AlignIO->new(
 383    '-file' => Bio::Root::IO->catfile("t","data","basic-bush.nex"),
 384                           '-format' => 'nexus');
 385 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
 386 $aln = $str->next_aln();
 387 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 388 $str = Bio::AlignIO->new(
 389   '-file' => Bio::Root::IO->catfile("t","data","radical-whitespace_02.nex"),
 390                           '-format' => 'nexus');
 391
 392
 393 # EMBOSS water
 394 $str = new Bio::AlignIO('-format' => 'emboss',
 395                  '-file'   => Bio::Root::IO->catfile("t", "data", 'cysprot.water'));
 396 $aln = $str->next_aln();
 397 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 398 is($aln->score,'501.50');
 399 is($aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse,'PAPA_CARPA/3-342');
 400 is($aln->get_seq_by_pos(2)->get_nse,'CATL_HUMAN/1-331');
 401 is(sprintf("%.1f",$aln->overall_percentage_identity),33.8);
 402 is(sprintf("%.1f",$aln->average_percentage_identity),40.1);
 403
 404 is($aln->get_seq_by_pos(1)->start, 3);
 405 is($aln->length,364);
 406
 407
 408 # EMBOSS needle
 409 $str = new Bio::AlignIO('-format' => 'emboss',
 410           '-file'   => Bio::Root::IO->catfile("t", "data", 'cysprot.needle'));
 411 $aln = $str->next_aln();
 412 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 413 is($aln->score,'499.50');
 414 is($aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse,'PAPA_CARPA/1-345');
 415 is($aln->get_seq_by_pos(2)->get_nse,'CATL_HUMAN/1-333');
 416
 417
 418 # EMBOSS water 2.2.x
 419 $str = new Bio::AlignIO('-format' => 'emboss',
 420          '-file'   => Bio::Root::IO->catfile("t", "data", 'cys1_dicdi.water'));
 421 $aln = $str->next_aln();
 422 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 423 is($aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse,'CYS1_DICDI/1-343');
 424 is($aln->get_seq_by_pos(2)->get_nse,'CYS1_DICDI-1/1-343');
 425 is($aln->score,'1841.0');
 426 $aln = $str->next_aln();
 427 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 428 is($aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse,'CYS1_DICDI/29-343');
 429 is($aln->get_seq_by_pos(2)->get_nse,'ALEU_HORVU/61-360');
 430
 431
 432 # EMBOSS water 2.2.x sparse needle
 433 $str = new Bio::AlignIO(-verbose => $DEBUG,
 434           '-format' => 'emboss',
 435         '-file'   => Bio::Root::IO->catfile("t", "data", 'sparsealn.needle'));
 436 $aln = $str->next_aln();
 437 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 438 is($aln->score,'18.0');
 439 is(sprintf("%.1f",$aln->overall_percentage_identity), 2.1);
 440 is(sprintf("%.1f",$aln->average_percentage_identity), 38.5);
 441 is($aln->get_seq_by_pos(1)->length, 238);
 442 is($aln->length,238);
 443 is($aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse,'KV1K_HUMAN/1-108');
 444 is($aln->get_seq_by_pos(2)->get_nse,'IF1Y_HUMAN/1-143');
 445 is($aln->get_seq_by_pos(1)->seq(), 'DIQMTQSPSTLSVSVGDRVTITCEASQTVLSYLNWYQQKPGKAPKLLIYAASSLETGVPSRFSGQGSGTBFTFTISSVZPZBFATYYCQZYLDLPRTFGQGTKVDLKR'.'-'x130);
 446 is($aln->get_seq_by_pos(2)->seq(), ('-'x94).'PKNKGKGGK-NRRRGKNENESEKRELVFKEDGQEYAQVIKMLGNGRLEALCFDGVKRLCHIRGKLRKKVWINTSDIILVGLRDYQDNKADVILKYNADEARSLKAYGGLPEHAKINETDTFGPGDDDEIQFDDIGDDDEDIDDI');
 447 is($aln->is_flush, 1);
 448
 449
 450 # MEGA
 451 $str = new Bio::AlignIO('-format' => 'mega',
 452         '-file'   => Bio::Root::IO->catfile("t","data","hemoglobinA.meg"));
 453
 454 $aln = $str->next_aln();
 455 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 456 is($aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse,'Human/1-141');
 457 is($aln->get_seq_by_pos(2)->get_nse,'Horse/1-144');
 458 $aln->unmatch();
 459 is($aln->get_seq_by_pos(3)->subseq(1,10), 'V-LSAADKGN');
 460
 461 $strout = new Bio::AlignIO('-format' => 'mega',
 462           '-file'   => ">" .Bio::Root::IO->catfile("t","data","testout.mega"));
 463
 464 $status = $strout->write_aln($aln);
 465 is $status, 1, "  failed mega output test";
 466
 467
 468 # EMBOSS needle
 469 $str = new Bio::AlignIO('-format' => 'emboss',
 470           '-file'   => Bio::Root::IO->catfile('t','data','gf-s71.needle'));
 471 $aln = $str->next_aln();
 472 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 473 is($aln->get_seq_by_pos(2)->seq(), 'MEDVTLFQFTWRKPI-RLQGEIVYKTSETQTIETNKKDVECVANFQENKEVQTDS-VDNGVGENVKKDITISKEVLNLLYDFVRDDSKVNYDRLLEFHKFDKVALETVQKYHVETRNENIILMISSSSRKTLILFGGISHETFCSHQARALLCSSSTSFSIPLPVCAISAVFYSSTQFILGDVSGNISMCSKDKIIFEKKITDGAVTCLEMCRHGLLSGSDDGNIILWQIGTSGLEKLGGTKLTVSDLSRKIRRSSTSNKPVAIVSMQVYVWPSGEEACVATETGGLYLLTLPTLDYKPLSHQTATSINKILFENQFVAVIYHTSNAAVFNSEGLVDEIPFVATLAVR----------PKLVLF--YTSVCVQDITLNCTSPFREFNNEYNPVIKFSKIRFSADLSVING-FRTSSPNSNN-----------------------------------------------');
 474 is($aln->get_seq_by_pos(1)->seq(), 'MEDVTLHHFRWRKPVENKNGEIVYKTSETQTAEISRKDVECVANFQKSQESQTDDFMQNGVGDGIKKEIRISKEVLGHIYDFLRDDSKVNYDRLLEFHKFDKVSLETVQKYHVETRNENIILMISNSSRKTLILFGGLSHETFCSHQARAVLCSSSTTSSLPLPVCAISAVFYSSTQFLLGDISGNISMWTKEKMIFENKVTDGSVTSLELCRYGLLSGSDDGNVILWKVEESKIEKIEGIKLTVSDLSRKIRRSSTSNKPVAIVSMQV----SGDEVCVATETGGLYLLTLPTLESKPLT-QSATSIFKILYEHPYIAVVYHTSNSAIFNSEGLVDEIPFVATLAVRCGAYFIFSNQSRLIIWSMNTRSTVIDENLNCHS-ICSLSND--------------TLQVLDGDFNLNSQSENSATSESENLRISDLQNLRMLKLQNLRTSEFQNFRTSESQYFKKDNGEL');
 475 is($aln->is_flush(), 1);
 476 is($aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse,'gf.s71.44/1-448');
 477 is($aln->get_seq_by_pos(2)->get_nse,'Y50C1A.2/1-406');
 478
 479
 480 # PHYLIP sequential/non-interleaved
 481 $strout = Bio::AlignIO->new('-file'  =>
 482                             Bio::Root::IO->catfile("t","data",
 483                                                    "noninterleaved.phy"),
 484                             '-format' => 'phylip');
 485 $aln = $strout->next_aln($aln);
 486 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 487 is($aln->get_seq_by_pos(2)->seq(), 'CCTCAGATCACTCTTTGGCAACGACCCCTCGTCACAATAAAGGTAGGGGGGCAACTAAAGGAAGCTCTATTAGATACAGGAGCAGATGATACAGTATTAGAAGACATGAATTTGCCAGGAAGATGGAAACCAAAAATGATAGGGGGAATTGGAGGGTTTATCAAAGTAAGACAGTATGATCAGATACCCATAGAGATCTGTGGACATAAAGCTATAGGTACAGTATTAGTAGGACCCACACCTGTCAATATAATTGGAAGAAATCTGTTGACTCAGATTGGTTGCACTTTAAATTTT' );
 488
 489
 490 # LARGEMULTIFASTA
 491 $str = Bio::AlignIO->new(
 492    '-file' => Bio::Root::IO->catfile("t", "data","little.largemultifasta"),
 493                          '-format' => 'largemultifasta');
 494 $aln = $str->next_aln();
 495 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 496 is $aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, 'Human:/1-81', " failed fasta input test ";
 497 is ($aln->get_seq_by_pos(1)->description,
 498     '72.0:1018606-3386002; 73.0:0-14850845; 74.0:0-83355922; SPECIAL_hsApr2003_3.0:0-414023;',
 499     " failed fasta input test for description");
 500 is ($aln->get_seq_by_pos(3)->display_id, 'Rat:',
 501     " failed fasta input test for id");
 502
 503 is ($aln->get_seq_by_pos(3)->description,
 504     '72.0:1018606-3386002; 73.0:0-14850845; 74.0:0-83355922; SPECIAL_hsApr2003_3.0:0-414023;',
 505     " failed fasta input test for description");
 506
 507 $strout = Bio::AlignIO->new(
 508    '-file' => ">".Bio::Root::IO->catfile("t", "data",
 509                                        "testout.largemultifasta"),
 510                             '-format' => 'largemultifasta');
 511 $status = $strout->write_aln($aln);
 512 is $status, 1,"  failed fasta output test";
 513
 514
 515 # POA
 516 # just skip on perl 5.6.0 and earlier as it causes a crash on
 517 # default perl with OS X 10.2
 518 # fink perl 5.6.0 does not seem to have the problem
 519 # can't figure out what it is so just skip for now
 520 if( $^O ne 'darwin' || $] > 5.006 ) {
 521         $str = new Bio::AlignIO(
 522                           -file   => Bio::Root::IO->catfile("t", "data", "testaln.po"),
 523                           -format => 'po',
 524                           );
 525         isa_ok($str, 'Bio::AlignIO');
 526         $aln = $str->next_aln();
 527         isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 528         is $aln->no_sequences, 6;
 529
 530 # output is? i.e. does conversion from clustalw to po give the same alignment?
 531         $str = new Bio::AlignIO(
 532                   '-file'   => Bio::Root::IO->catfile("t", "data", "testaln.aln"),
 533                   '-format' => 'clustalw');
 534         isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
 535         $aln = $str->next_aln();
 536         isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 537         $strout = Bio::AlignIO->new(
 538                  '-file'   => ">" . Bio::Root::IO->catfile("t", "data", "testout.po"),
 539                  '-format' => 'po');
 540         $status = $strout->write_aln($aln);
 541         is $status, 1, " failed po output test";
 542
 543         $str = new Bio::AlignIO(
 544                  '-file'   => Bio::Root::IO->catfile("t", "data", "testaln.po"),
 545                  '-format' => 'po');
 546         isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
 547         my $aln2 = $str->next_aln();
 548         isa_ok($aln2,'Bio::Align::AlignI');
 549         is $aln2->no_sequences, $aln->no_sequences;
 550         is $aln2->length, $aln->length;
 551 } else {
 552         for ( 1..14 ) {
 553                 skip(1,"skipping due to bug in perl 5.6.0 that comes with OS X 10.2");
 554         }
 555 }
 556
 557
 558 # MEME
 559 # this file has no Strand column
 560 $str = new Bio::AlignIO(
 561                 -file => Bio::Root::IO->catfile("t", "data", "test.meme"),
 562                 -format => 'meme');
 563 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
 564 $aln = $str->next_aln();
 565 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');is $aln->length,25;
 566 is $aln->no_sequences,4;
 567 is $aln->get_seq_by_pos(3)->seq(),"CCTTAAAATAAAATCCCCACCACCA";
 568 is $aln->get_seq_by_pos(3)->strand,"1";
 569
 570 # this file has a Strand column
 571 $str = new Bio::AlignIO(
 572                 -file => Bio::Root::IO->catfile("t", "data", "test.meme2"),
 573                 -format => 'meme');
 574 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
 575 $aln = $str->next_aln();
 576 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');is $aln->length,20;
 577 is $aln->no_sequences,8;
 578 is $aln->get_seq_by_pos(8)->seq(),"CCAGTCTCCCCTGAATACCC";
 579 is $aln->get_seq_by_pos(7)->strand,"-1";
 580 is $aln->get_seq_by_pos(6)->strand,"1";