t/RemoteDB/HIV/HIV.t

   1 # testing Bio::DB::HIV
   2 #$Id: HIV.t 232 2008-12-11 14:51:51Z maj $#
   3 use strict;
   4 use warnings;
   5
   6 BEGIN {
   7     use Bio::Root::Test;
   8     test_begin(
   9         -tests => 29,
  10         -requires_modules => [qw( XML::Simple HTTP::Request::Common)],
  11         );
  12     use_ok('Bio::DB::HIV');
  13     use_ok('Bio::DB::WebDBSeqI');
  14     use_ok('Bio::DB::HIV::HIVAnnotProcessor');
  15 }
  16
  17 my $tobj= Bio::DB::HIV->new();
  18
  19 $tobj->ua->timeout(90);
  20
  21 #object tests
  22 isa_ok($tobj, 'Bio::DB::HIV');
  23
  24 #compliance tests
  25 isa_ok($tobj, 'Bio::Root::Root');
  26 can_ok($tobj, qw( get_request postprocess_data ));
  27
  28 #methods
  29 can_ok($tobj, qw( get_seq_stream get_Stream_by_acc get_Stream_by_query _request ));
  30
  31 #internals
  32 can_ok($tobj, qw( lanl_base map_db make_search_if search_ _map_db_uri _make_search_if_uri _search_uri _session_id _sorry ));
  33
  34 # defaults tests
  35 ok($tobj->lanl_base, 'lanl_base set in default object');
  36 ok($tobj->map_db, 'map_db set in default object');
  37 ok($tobj->make_search_if, 'make_search_if set in default object');
  38 ok($tobj->search_, 'search_ set in default object');
  39 ok($tobj->url_base_address, 'url_base_address set in default object');
  40 is(($tobj->request_format)[0], "fasta", 'default sequence request format (fasta)');
  41
  42 #todos
  43 throws_ok { $tobj->get_request('mode'=>'version', 'uids'=>['K03455.1']) } qr/Bio::HIVSorry::Exception/, 'sorry till implemented';
  44
  45 throws_ok {$tobj->get_request('mode'=>'gi', 'uids'=>['1906382'])} qr/Bio::HIVSorry::Exception/, 'sorry till implemented';
  46
  47 #exception tests
  48 my $badq = bless({}, "Not::A::Query");
  49 throws_ok {$tobj->get_Stream_by_query($badq)} qr/HIVQuery required/, 'HIVQuery type exception check';
  50
  51 # network tests
  52 SKIP: {
  53     test_skip(-tests => 12,
  54           -requires_networking => 1);
  55
  56     # WebDBSeqI compliance-
  57     # (this requires network access, since request is built after establishing
  58     # the LANL session...)
  59     my $req;
  60     eval {$req = $tobj->get_request('mode'=>'single','uids'=>['17756'])};
  61     if ($@) {
  62         diag("Error: $@");
  63         skip("Network problems, skipping all tests: $@", 12)
  64     }
  65     isa_ok($req, 'HTTP::Request', 'Object returned from get_request');
  66     # get_... functionality
  67     eval {
  68         ok($tobj->get_Seq_by_id('17756'), 'get HXB2 by LANL id');
  69         ok($tobj->get_Seq_by_acc('K03455'), 'get HXB2 by GB accession');
  70     };
  71     if ($@) {
  72         diag("Error: $@");
  73         skip("Network problems, skipping all tests: $@", 11)
  74     }
  75     my ($seqio, $hxb2);
  76     eval {
  77         ok($seqio = $tobj->get_Stream_by_id(['17756']), 'get HXB2 in a stream');
  78         ok($seqio = $tobj->get_Stream_by_acc(['K03455']), 'get HXB2 in a stream by accession');
  79     };
  80     if ($@) {
  81         diag("Error: $@");
  82         skip("Network problems, skipping all tests: $@", 9)
  83     }
  84     $hxb2 =  $seqio->next_seq;
  85     is($hxb2->primary_id, 'K03455', 'checking returned stream');
  86     is($hxb2->alphabet,'dna', 'checking returned stream');
  87     ok(!($hxb2->seq !~ /atgc/i), 'checking returned sequence');
  88     #network exceptions
  89
  90     # bad id exception
  91     throws_ok { $tobj->get_Seq_by_id('XXXXXX') } qr/no sequences found/i, 'bad id exception check';
  92     # session id exception
  93     $tobj->_session_id('555-1212');
  94     throws_ok {$tobj->get_Seq_by_id('17756')} qr/request failed/, 'bad session exception check';
  95     # bad url exception
  96     $tobj->_session_id('');
  97     $tobj->map_db('');
  98     $tobj->url_base_address('http://socrates_jones_et_cie.us');
  99     throws_ok {$tobj->get_Seq_by_id('17756')} qr/Connect failed/, 'bad url exception check';
 100     # wrong url exception
 101     $tobj->url_base_address('http://fortinbras.us');
 102     throws_ok {$tobj->get_Seq_by_id('17756')} qr/Session not established/, 'wrong url exception check';
 103
 104 # check ..._by_query functions in HIVQuery.t
 105 }
 106
 107