t/PhyloNetwork_RandomFactory.t

   1 # $Id$
   2 # -*-Perl-*-
   3 use strict;
   4
   5 BEGIN {
   6   use lib 't/lib';
   7   use BioperlTest;
   8
   9   test_begin(-tests => 70,
  10              -requires_modules => [qw(Bio::PhyloNetwork
  11                                       Math::Random
  12                                       Bio::Tree::RandomFactory)]);
  13
  14   use_ok('Bio::PhyloNetwork::RandomFactory');
  15 }
  16
  17 my $factory=Bio::PhyloNetwork::RandomFactory->new(-numleaves=>3,-norepeat=>1);
  18 isa_ok($factory,'Bio::PhyloNetwork::RandomFactory');
  19
  20 my @nets;
  21 for (my $i=0; $i<66; $i++) {
  22   my $net=$factory->next_network();
  23   push @nets,$net;
  24 }
  25
  26 is(scalar @nets,66,'random factory');
  27
  28 my @netsbk;
  29
  30 foreach my $enw (<DATA>) {
  31   my $net=Bio::PhyloNetwork->new(-eNewick=>$enw);
  32   push @netsbk,$net;
  33 }
  34 is(scalar @netsbk,66);
  35
  36 foreach my $net (@nets) {
  37   my $found=0;
  38   foreach my $netbk (@netsbk) {
  39     if ($net->mu_distance($netbk)==0) {
  40       $found=1;
  41       last;
  42     }
  43   }
  44   ok($found,'found');
  45 }
  46
  47 __DATA__
  48 ((l1,l3),l2);
  49 (#H1,(#H1,(l1,l3))); (l2)#H1;
  50 (#H1,(#H1,((#H2,l1),#H2))); (l2)#H1; (l3)#H2;
  51 (#H1,(#H2,(#H1,(#H2,l1)))); (l2)#H1; (l3)#H2;
  52 (#H1,(#H1,(#H2,l1))); ((#H2,l2))#H1; (l3)#H2;
  53 (#H1,(#H1,((#H2,l3),#H2))); (l2)#H1; (l1)#H2;
  54 (#H1,(#H2,(#H1,(l3,#H2)))); (l2)#H1; (l1)#H2;
  55 (#H1,(#H1,(l3,#H2))); ((#H2,l2))#H1; (l1)#H2;
  56 (#H1,(l1,(l3,#H1))); (l2)#H1;
  57 ((((l3,#H1),#H2),#H2),#H1); (l2)#H1; (l1)#H2;
  58 (#H1,((#H1,l3),#H2)); ((l2,#H2))#H1; (l1)#H2;
  59 (#H1,(#H2,(#H2,l1))); (l2)#H1; ((#H1,l3))#H2;
  60 (#H1,(l3,(l1,#H1))); (l2)#H1;
  61 ((((l1,#H1),#H2),#H2),#H1); (l2)#H1; (l3)#H2;
  62 (#H1,((#H1,l1),#H2)); ((l2,#H2))#H1; (l3)#H2;
  63 (#H1,(#H2,(#H2,l3))); (l2)#H1; ((#H1,l1))#H2;
  64 (#H1,(l2,#H1)); ((l1,l3))#H1;
  65 ((#H1,(l2,#H2)),#H1); ((#H2,l1))#H1; (l3)#H2;
  66 (#H1,(#H1,l2)); ((#H2,(#H2,l1)))#H1; (l3)#H2;
  67 (#H1,(#H2,(#H1,l2))); ((#H2,l1))#H1; (l3)#H2;
  68 ((#H1,(l2,#H2)),#H1); ((#H2,l3))#H1; (l1)#H2;
  69 (#H1,(#H1,l2)); ((#H2,(#H2,l3)))#H1; (l1)#H2;
  70 (#H1,(#H2,(#H1,l2))); ((l3,#H2))#H1; (l1)#H2;
  71 ((l2,#H1),(l1,#H1)); (l3)#H1;
  72 (l2,(#H1,(l1,#H1))); (l3)#H1;
  73 ((l2,#H1),(l3,#H1)); (l1)#H1;
  74 (l2,(#H1,(l3,#H1))); (l1)#H1;
  75 (l1,(l3,l2));
  76 (l1,(#H1,(#H1,l3))); (l2)#H1;
  77 ((#H1,((#H1,l3),#H2)),#H2); (l2)#H1; (l1)#H2;
  78 ((#H1,(#H1,(#H2,l3))),#H2); (l2)#H1; (l1)#H2;
  79 (#H2,(#H2,(#H1,(#H1,l3)))); (l2)#H1; (l1)#H2;
  80 ((#H1,(l3,#H1)),#H2); ((#H2,l2))#H1; (l1)#H2;
  81 (#H2,(#H2,l1)); (l2)#H1; (((l3,#H1),#H1))#H2;
  82 ((l1,#H1),(l3,#H1)); (l2)#H1;
  83 ((#H1,(l1,#H2)),#H2); (l2)#H1; ((#H1,l3))#H2;
  84 (#H2,(#H2,(#H1,l1))); (l2)#H1; ((#H1,l3))#H2;
  85 (#H2,(#H2,(#H1,l3))); (l2)#H1; ((#H1,l1))#H2;
  86 (#H2,(#H1,(l3,#H2))); (l2)#H1; ((#H1,l1))#H2;
  87 (#H1,(l1,#H1)); ((l3,l2))#H1;
  88 (#H1,(l1,#H1)); ((#H2,(#H2,l2)))#H1; (l3)#H2;
  89 (l1,(#H1,(l2,#H1))); (l3)#H1;
  90 ((#H1,(#H1,(#H2,l2))),#H2); (l3)#H1; (l1)#H2;
  91 (#H2,(((l2,#H1),#H1),#H2)); (l3)#H1; (l1)#H2;
  92 (#H2,(((l2,#H1),#H2),#H1)); (l3)#H1; (l1)#H2;
  93 ((#H1,(#H1,l2)),#H2); ((l3,#H2))#H1; (l1)#H2;
  94 (#H1,(l3,(l2,#H1))); (l1)#H1;
  95 (#H1,(#H1,(l2,l3))); (l1)#H1;
  96 (#H1,((l3,#H1),l2)); (l1)#H1;
  97 ((l1,l2),l3);
  98 (#H1,(#H1,(l1,l2))); (l3)#H1;
  99 (#H1,(#H1,((#H2,l1),#H2))); (l3)#H1; (l2)#H2;
 100 (#H1,(#H2,(#H1,(#H2,l1)))); (l3)#H1; (l2)#H2;
 101 (#H1,(#H1,((#H2,l2),#H2))); (l3)#H1; (l1)#H2;
 102 (#H1,(#H2,(#H1,(l2,#H2)))); (l3)#H1; (l1)#H2;
 103 (#H1,(l1,(l2,#H1))); (l3)#H1;
 104 ((((l2,#H1),#H2),#H2),#H1); (l3)#H1; (l1)#H2;
 105 (#H1,(#H2,(#H2,l1))); (l3)#H1; ((#H1,l2))#H2;
 106 (#H1,(l2,(l1,#H1))); (l3)#H1;
 107 ((((l1,#H1),#H2),#H2),#H1); (l3)#H1; (l2)#H2;
 108 (#H1,(#H2,(#H2,l2))); (l3)#H1; ((#H1,l1))#H2;
 109 (#H1,(l3,#H1)); ((l1,l2))#H1;
 110 (#H1,(#H1,l3)); ((#H2,(#H2,l1)))#H1; (l2)#H2;
 111 (#H1,(#H1,l3)); ((#H2,(#H2,l2)))#H1; (l1)#H2;
 112 (l3,(#H1,(l1,#H1))); (l2)#H1;
 113 (l3,(#H1,(l2,#H1))); (l1)#H1;