t/Align/AlignUtil.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2
   3 use strict;
   4
   5 BEGIN {
   6     use Bio::Root::Test;
   7
   8     test_begin( -tests => 47 );
   9
  10     use_ok( 'Bio::Align::Utilities',
  11         qw( aa_to_dna_aln bootstrap_replicates cat dna_to_aa_aln ) );
  12     use_ok('Bio::AlignIO');
  13     use_ok('Bio::SeqIO');
  14 }
  15
  16 my $in = Bio::AlignIO->new(
  17     -format => 'clustalw',
  18     -file   => test_input_file('pep-266.aln')
  19 );
  20 my $pep_aln = $in->next_aln();
  21 isa_ok( $pep_aln, 'Bio::Align::AlignI' );
  22 $in->close();
  23
  24 # aa_to_dna_aln
  25 my $seqin = Bio::SeqIO->new(
  26     -format => 'fasta',
  27     -file   => test_input_file('cds-266.fas')
  28 );
  29
  30 my %dna_seq;
  31 while ( my $seq = $seqin->next_seq ) {
  32     $dna_seq{ $seq->display_id } = $seq;
  33 }
  34
  35 my $dna_aln = aa_to_dna_aln( $pep_aln, \%dna_seq );
  36
  37 my @aa_seqs = $pep_aln->each_seq;
  38
  39 for my $dna_seq ( $dna_aln->each_seq ) {
  40     my $peptrans = $dna_seq->translate();
  41     my $aaseq    = shift @aa_seqs;
  42     is( $peptrans->seq(), $aaseq->seq() );
  43 }
  44
  45 # dna_to_aa_aln
  46 my $aa_aln = dna_to_aa_aln($dna_aln);
  47
  48 my @pep_seqs = $aa_aln->each_seq;
  49
  50 for my $dna_seq ( $dna_aln->each_seq ) {
  51     my $peptrans = $dna_seq->translate();
  52     my $aaseq    = shift @pep_seqs;
  53     is( $peptrans->seq, $aaseq->seq );
  54 }
  55
  56 # bootstrap_replicates
  57 my $bootstraps = bootstrap_replicates( $pep_aln, 10 );
  58 is( scalar @$bootstraps, 10 );
  59
  60 # cat
  61 my $sub_aln1 = $pep_aln->slice( 1,   100 );
  62 my $sub_aln2 = $pep_aln->slice( 101, 200 );
  63 my $sub_aln3 = $pep_aln->slice( 1,   200 );
  64 my $cat_aln = cat( $sub_aln1, $sub_aln2 );
  65 my @seq = $sub_aln3->each_seq;
  66 for my $seq ( $cat_aln->each_seq ) {
  67     my $refseq = shift @seq;
  68     is( $seq->seq, $refseq->seq );
  69 }