t/Tools/Analysis/Protein/Sopma.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 0,
  11                -requires_modules => [qw(IO::String
  12                                         LWP::UserAgent)]);
  13                -requires_networking => 1);
  14
  15     use_ok('Bio::PrimarySeq');
  16     use_ok('Bio::Tools::Analysis::Protein::Sopma');
  17 }
  18
  19 my $verbose = test_debug();
  20
  21 ok my $tool = Bio::WebAgent->new(-verbose =>$verbose);
  22
  23 my $seq = Bio::PrimarySeq->new(
  24     -seq => 'MSADQRWRQDSQDSFGDSFDGDPPPPPPPPFGDSFGDGFSDRSRQDQRS',
  25     -display_id => 'test2'
  26 );
  27 ok $tool = Bio::Tools::Analysis::Protein::Sopma->new( -seq=>$seq,
  28                                                      #-verbose => $verbose,
  29                                                       -window_width => 15);
  30
  31 SKIP: {
  32     ok $tool->run();
  33     skip "Tool was terminated by some error: problem connecting to server?", 11 if $tool->status eq 'TERMINATED_BY_ERROR';
  34
  35     ok my $raw    = $tool->result('');
  36     ok my $parsed = $tool->result('parsed');
  37     is ($parsed->[0]{'helix'}, '102');
  38     ok my @res  = $tool->result('Bio::SeqFeatureI');
  39     ok my $meta = $tool->result('meta', "ww15");
  40
  41     ok $tool->window_width(21);
  42     ok $tool->clear();
  43     ok $tool->run;
  44     ok my $meta2 = $tool->result('meta', "ww21");
  45
  46     SKIP: {
  47         test_skip(-tests => 2, -requires_module => 'Bio::Seq::Meta::Array');
  48         is $meta->named_submeta_text('Sopma_helix|ww15',1,2), '102 195';
  49         is $meta->seq, 'MSADQRWRQDSQDSFGDSFDGDPPPPPPPPFGDSFGDGFSDRSRQDQRS';
  50     }
  51 }