t/Tools/Sigcleave.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 18);
  11
  12         use_ok('Bio::PrimarySeq');
  13         use_ok('Bio::Tools::Sigcleave');
  14 }
  15
  16 #load n-terminus of MGR5_HUMAN as test seq
  17 my $protein = "MVLLLILSVLLLKEDVRGSAQSSERRVVAHMPGDIIIGALFSVHHQPTVDKVHERKCGAVREQYGI";
  18
  19 ok my $seq= Bio::PrimarySeq->new(-seq => $protein);
  20
  21 ok my $sig = Bio::Tools::Sigcleave->new();
  22 ok $sig->seq($seq);
  23 ok my $sout = $sig->seq;
  24 is $sout->seq, $protein;
  25 is $sig->threshold, 3.5;
  26 is $sig->threshold(5), 5;
  27 is $sig->matrix, 'eucaryotic';
  28 is $sig->matrix('procaryotic'), 'procaryotic';
  29 is $sig->matrix('eucaryotic'), 'eucaryotic';
  30
  31 like $sig->pretty_print, qr/Maximum score 7/;
  32 ok my %results = $sig->signals;
  33
  34 is $results{9}, 5.2, "unable to get raw sigcleave results";
  35
  36
  37 $sig = Bio::Tools::Sigcleave->new(-seq=>$protein,
  38                                  -threshold=>5);
  39 ok %results = $sig->signals;
  40 is $results{9}, 5.2, "unable to get raw sigcleave results";
  41 is $sig->result_count, 5;