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[bioperl-live.git] / DEPENDENCIES
bloba74403fce26c6e3293243af023694c422888dece
1 BioPerl Dependencies
3 NOTE : This file was auto-generated by the helper script
4 maintenance/dependencies.pl. Do not edit directly!
6 The following packages are used by BioPerl. While not all are required for
7 BioPerl to operate properly, some functionality will be missing without them.
8 You can easily choose to install all of these during the normal installation
9 process. Note that the PPM version of the BioPerl packages always tries to
10 install all dependencies.
12 The DBD::mysql, DB_File and XML::Parser modules require other applications or
13 databases: MySQL, Berkeley DB, and expat respectively.
15 NB: This list of packages is not authoritative. See the 'requires',
16 'build_requires' and 'recommends' sections of Build.PL instead.
18  ==============================================================================
19 | Distribution              | Module used - Description            | Min. ver. |
20 |---------------------------+--------------------------------------+-----------|
21 | AcePerl                   | * Ace - Interface to ACEDB (Popular  |   None    |
22 |                           |   Genome DB)                         |           |
23 |                           | * Ace::Sequence::Homol - NA          |           |
24 |==============================================================================|
25 | Used by:                                                                     |
26 |------------------------------------------------------------------------------|
27 | * Bio::DB::Ace - Ace                                                         |
28 | * Bio::DB::GFF::Adaptor::ace - Ace                                           |
29 | * Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::mysqlace - Ace::Sequence::Homol                |
30 | * Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::oracleace - Ace::Sequence::Homol               |
31  ==============================================================================
32  ==============================================================================
33 | Distribution              | Module used - Description            | Min. ver. |
34 |---------------------------+--------------------------------------+-----------|
35 | Algorithm-Munkres         | * Algorithm::Munkres - Solution to   |   None    |
36 |                           |   classical Assignment Problem       |           |
37 |==============================================================================|
38 | Used by:                                                                     |
39 |------------------------------------------------------------------------------|
40 | * Bio::PhyloNetwork - Algorithm::Munkres                                     |
41  ==============================================================================
42  ==============================================================================
43 | Distribution              | Module used - Description            | Min. ver. |
44 |---------------------------+--------------------------------------+-----------|
45 | Archive-Tar               | * Archive::Tar - Read, write and     |   None    |
46 |                           |   manipulate tar files               |           |
47 |==============================================================================|
48 | Used by:                                                                     |
49 |------------------------------------------------------------------------------|
50 | * Bio::Root::Build - Archive::Tar                                            |
51  ==============================================================================
52  ==============================================================================
53 | Distribution              | Module used - Description            | Min. ver. |
54 |---------------------------+--------------------------------------+-----------|
55 | Array-Compare             | * Array::Compare - Class to compare  |   None    |
56 |                           |   two arrays                         |           |
57 |==============================================================================|
58 | Used by:                                                                     |
59 |------------------------------------------------------------------------------|
60 | * Bio::PhyloNetwork - Array::Compare                                         |
61  ==============================================================================
62  ==============================================================================
63 | Distribution              | Module used - Description            | Min. ver. |
64 |---------------------------+--------------------------------------+-----------|
65 | Bio-ASN1-EntrezGene       | * Bio::ASN1::EntrezGene - Parser     |   None    |
66 |                           |   for NCBI Entrez Gene (ASN.1-       |           |
67 |                           |   format)                            |           |
68 |==============================================================================|
69 | Used by:                                                                     |
70 |------------------------------------------------------------------------------|
71 | * Bio::SeqIO::entrezgene - Bio::ASN1::EntrezGene                             |
72  ==============================================================================
73  ==============================================================================
74 | Distribution              | Module used - Description            | Min. ver. |
75 |---------------------------+--------------------------------------+-----------|
76 | Compress-Zlib             | * Compress::Zlib - Interface to      |   None    |
77 |                           |   zlib compression library           |           |
78 |==============================================================================|
79 | Used by:                                                                     |
80 |------------------------------------------------------------------------------|
81 | * Bio::DB::SeqFeature::Store - Compress::Zlib                                |
82  ==============================================================================
83  ==============================================================================
84 | Distribution              | Module used - Description            | Min. ver. |
85 |---------------------------+--------------------------------------+-----------|
86 | Convert-Binary-C          | * Convert::Binary::C - Binary Data   |   None    |
87 |                           |   Conversion using C Types           |           |
88 |==============================================================================|
89 | Used by:                                                                     |
90 |------------------------------------------------------------------------------|
91 | * Bio::SeqIO::strider - Convert::Binary::C                                   |
92  ==============================================================================
93  ==============================================================================
94 | Distribution              | Module used - Description            | Min. ver. |
95 |---------------------------+--------------------------------------+-----------|
96 | DBI                       | * DBI - Generic Database Interface   |   None    |
97 |                           |   (see DBD modules)                  |           |
98 |==============================================================================|
99 | Used by:                                                                     |
100 |------------------------------------------------------------------------------|
101 | * Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi - DBI                                           |
102 | * Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::caching_handle - DBI                           |
103 | * Bio::DB::SeqFeature::Store::DBI::mysql - DBI                               |
104 | * Bio::DB::SeqFeature::Store::DBI::Pg - DBI                                  |
105  ==============================================================================
106  ==============================================================================
107 | Distribution              | Module used - Description            | Min. ver. |
108 |---------------------------+--------------------------------------+-----------|
109 | Data-Stag                 | * Data::Stag - NA                    |   None    |
110 |                           | * Data::Stag::XMLWriter - NA         |           |
111 |==============================================================================|
112 | Used by:                                                                     |
113 |------------------------------------------------------------------------------|
114 | * Bio::Annotation::TagTree - Data::Stag                                      |
115 | * Bio::SeqIO::chaosxml - Data::Stag::XMLWriter                               |
116  ==============================================================================
117  ==============================================================================
118 | Distribution              | Module used - Description            | Min. ver. |
119 |---------------------------+--------------------------------------+-----------|
120 | Graph                     | * Graph::Directed - NA               |   None    |
121 |                           | * Graph::Undirected - NA             |   None    |
122 |==============================================================================|
123 | Used by:                                                                     |
124 |------------------------------------------------------------------------------|
125 | * Bio::PhyloNetwork - Graph::Directed                                        |
126 | * Bio::Ontology::SimpleGOEngine::GraphAdaptor - Graph::Directed              |
127 | * Bio::Assembly::Tools::ContigSpectrum - Graph::Undirected                   |
128  ==============================================================================
129  ==============================================================================
130 | Distribution              | Module used - Description            | Min. ver. |
131 |---------------------------+--------------------------------------+-----------|
132 | HTML-Parser               | * HTML::HeadParser -  Parse <HEAD>   |   None    |
133 |                           |   section of HTML documents          |           |
134 |==============================================================================|
135 | Used by:                                                                     |
136 |------------------------------------------------------------------------------|
137 | * Bio::Tools::Analysis::DNA::ESEfinder - HTML::HeadParser                    |
138 | * Bio::Tools::Analysis::Protein::ELM - HTML::HeadParser                      |
139  ==============================================================================
140  ==============================================================================
141 | Distribution              | Module used - Description            | Min. ver. |
142 |---------------------------+--------------------------------------+-----------|
143 | IO-String                 | * IO::String - IO::File interface    |   None    |
144 |                           |   for in-core strings                |           |
145 |==============================================================================|
146 | Used by:                                                                     |
147 |------------------------------------------------------------------------------|
148 | * Bio::PhyloNetwork - IO::String                                             |
149 | * Bio::DB::CUTG - IO::String                                                 |
150 | * Bio::DB::WebDBSeqI - IO::String                                            |
151 | * Bio::Index::Blast - IO::String                                             |
152 | * Bio::Index::BlastTable - IO::String                                        |
153 | * Bio::Index::Hmmer - IO::String                                             |
154 | * Bio::SearchIO::Writer::BSMLResultWriter - IO::String                       |
155 | * Bio::SeqIO::game::gameWriter - IO::String                                  |
156 | * Bio::Tools::Analysis::DNA::ESEfinder - IO::String                          |
157 | * Bio::Tools::Analysis::Protein::Domcut - IO::String                         |
158 | * Bio::Tools::Analysis::Protein::ELM - IO::String                            |
159 | * Bio::Tools::Analysis::Protein::GOR4 - IO::String                           |
160 | * Bio::Tools::Analysis::Protein::HNN - IO::String                            |
161 | * Bio::Tools::Analysis::Protein::NetPhos - IO::String                        |
162 | * Bio::Tools::Analysis::Protein::Scansite - IO::String                       |
163 | * Bio::Tools::Analysis::Protein::Sopma - IO::String                          |
164 | * Bio::Tools::Phylo::Molphy - IO::String                                     |
165 | * Bio::Tools::Phylo::PAML - IO::String                                       |
166 | * Bio::Tools::Run::RemoteBlast - IO::String                                  |
167 | * Bio::TreeIO::cluster - IO::String                                          |
168 | * Bio::TreeIO::nexus - IO::String                                            |
169 | * Bio::Variation::IO::xml - IO::String                                       |
170  ==============================================================================
171  ==============================================================================
172 | Distribution              | Module used - Description            | Min. ver. |
173 |---------------------------+--------------------------------------+-----------|
174 | Math-Random               | * Math::Random - Random Number       |   None    |
175 |                           |   Generators                         |           |
176 |==============================================================================|
177 | Used by:                                                                     |
178 |------------------------------------------------------------------------------|
179 | * Bio::PhyloNetwork::RandomFactory - Math::Random                            |
180  ==============================================================================
181  ==============================================================================
182 | Distribution              | Module used - Description            | Min. ver. |
183 |---------------------------+--------------------------------------+-----------|
184 | Memoize                   | * Memoize - Automatically cache      |   None    |
185 |                           |   results of functions               |           |
186 |==============================================================================|
187 | Used by:                                                                     |
188 |------------------------------------------------------------------------------|
189 | * Bio::DB::SeqFeature::Store::DBI::mysql - Memoize                           |
190 | * Bio::DB::SeqFeature::Store::DBI::Pg - Memoize                              |
191  ==============================================================================
192  ==============================================================================
193 | Distribution              | Module used - Description            | Min. ver. |
194 |---------------------------+--------------------------------------+-----------|
195 | Module-Build              | * Module::Build - Build, test, and   |  0.2805   |
196 |                           |   install Perl modules               |           |
197 |                           | * Module::Build::PPMMaker - NA       |           |
198 |==============================================================================|
199 | Used by:                                                                     |
200 |------------------------------------------------------------------------------|
201 | * Bio::Root::Build - Module::Build                                           |
202 | * Bio::Root::Test - Module::Build                                            |
203 | * Bio::Root::Build - Module::Build::PPMMaker                                 |
204  ==============================================================================
205  ==============================================================================
206 | Distribution              | Module used - Description            | Min. ver. |
207 |---------------------------+--------------------------------------+-----------|
208 | PostScript                | * PostScript::TextBlock - Objects    |   None    |
209 |                           |   used by PS::Document               |           |
210 |==============================================================================|
211 | Used by:                                                                     |
212 |------------------------------------------------------------------------------|
213 | * Bio::Tree::Draw::Cladogram - PostScript::TextBlock                         |
214  ==============================================================================
215  ==============================================================================
216 | Distribution              | Module used - Description            | Min. ver. |
217 |---------------------------+--------------------------------------+-----------|
218 | SVG                       | * SVG - Generate SVG images and      |   2.26    |
219 |                           |   files                              |           |
220 |==============================================================================|
221 | Used by:                                                                     |
222 |------------------------------------------------------------------------------|
223 | * Bio::Draw::Pictogram - SVG                                                 |
224  ==============================================================================
225  ==============================================================================
226 | Distribution              | Module used - Description            | Min. ver. |
227 |---------------------------+--------------------------------------+-----------|
228 | SVG-Graph                 | * SVG::Graph - Series of Modules to  |   None    |
229 |                           |   produce SVG graphs                 |           |
230 |                           | * SVG::Graph::Data - NA              |           |
231 |                           | * SVG::Graph::Data::Node - NA        |           |
232 |                           | * SVG::Graph::Data::Tree - NA        |           |
233 |==============================================================================|
234 | Used by:                                                                     |
235 |------------------------------------------------------------------------------|
236 | * Bio::TreeIO::svggraph - SVG::Graph                                         |
237 | * Bio::TreeIO::svggraph - SVG::Graph::Data                                   |
238 | * Bio::TreeIO::svggraph - SVG::Graph::Data::Node                             |
239 | * Bio::TreeIO::svggraph - SVG::Graph::Data::Tree                             |
240  ==============================================================================
241  ==============================================================================
242 | Distribution              | Module used - Description            | Min. ver. |
243 |---------------------------+--------------------------------------+-----------|
244 | Set-Scalar                | * Set::Scalar - Set of scalars (inc  |   None    |
245 |                           |   references)                        |           |
246 |==============================================================================|
247 | Used by:                                                                     |
248 |------------------------------------------------------------------------------|
249 | * Bio::Tree::Compatible - Set::Scalar                                        |
250  ==============================================================================
251  ==============================================================================
252 | Distribution              | Module used - Description            | Min. ver. |
253 |---------------------------+--------------------------------------+-----------|
254 | Spreadsheet-ParseExcel    | * Spreadsheet::ParseExcel - Get      |   None    |
255 |                           |   information from Excel file        |           |
256 |==============================================================================|
257 | Used by:                                                                     |
258 |------------------------------------------------------------------------------|
259 | * Bio::Microarray::Tools::MitoChipV2Parser - Spreadsheet::ParseExcel         |
260 | * Bio::Microarray::Tools::ReseqChip - Spreadsheet::ParseExcel                |
261 | * Bio::SeqIO::excel - Spreadsheet::ParseExcel                                |
262  ==============================================================================
263  ==============================================================================
264 | Distribution              | Module used - Description            | Min. ver. |
265 |---------------------------+--------------------------------------+-----------|
266 | Spreadsheet-WriteExcel    | * Spreadsheet::WriteExcel - Write    |   None    |
267 |                           |   cross-platform Excel binary file.  |           |
268 |==============================================================================|
269 | Used by:                                                                     |
270 |------------------------------------------------------------------------------|
271 | * Bio::Microarray::Tools::ReseqChip - Spreadsheet::WriteExcel                |
272  ==============================================================================
273  ==============================================================================
274 | Distribution              | Module used - Description            | Min. ver. |
275 |---------------------------+--------------------------------------+-----------|
276 | Statistics-Frequency      | * Statistics::Frequency - NA         |   None    |
277 |==============================================================================|
278 | Used by:                                                                     |
279 |------------------------------------------------------------------------------|
280 | * Bio::Microarray::Tools::ReseqChip - Statistics::Frequency                  |
281  ==============================================================================
282  ==============================================================================
283 | Distribution              | Module used - Description            | Min. ver. |
284 |---------------------------+--------------------------------------+-----------|
285 | Storable                  | * Storable - Persistent data         |   None    |
286 |                           |   structure mechanism                |           |
287 |==============================================================================|
288 | Used by:                                                                     |
289 |------------------------------------------------------------------------------|
290 | * Bio::DB::SeqFeature::Store - Storable                                      |
291 | * Bio::Restriction::Enzyme - Storable                                        |
292  ==============================================================================
293  ==============================================================================
294 | Distribution              | Module used - Description            | Min. ver. |
295 |---------------------------+--------------------------------------+-----------|
296 | Test-Exception            | * Test::Exception - Functions for    |   None    |
297 |                           |   testing exception-based code       |           |
298 |==============================================================================|
299 | Used by:                                                                     |
300 |------------------------------------------------------------------------------|
301 | * Bio::Root::Test - Test::Exception                                          |
302  ==============================================================================
303  ==============================================================================
304 | Distribution              | Module used - Description            | Min. ver. |
305 |---------------------------+--------------------------------------+-----------|
306 | Test-Simple               | * Test::Builder - NA                 |   None    |
307 |                           | * Test::More - More functions for    |           |
308 |                           |   writing tests                      |           |
309 |==============================================================================|
310 | Used by:                                                                     |
311 |------------------------------------------------------------------------------|
312 | * Bio::Root::Test::Warn - Test::Builder                                      |
313 | * Bio::Root::Test - Test::More                                               |
314  ==============================================================================
315  ==============================================================================
316 | Distribution              | Module used - Description            | Min. ver. |
317 |---------------------------+--------------------------------------+-----------|
318 | Test-Warn                 | * Test::Warn - NA                    |   None    |
319 |==============================================================================|
320 | Used by:                                                                     |
321 |------------------------------------------------------------------------------|
322 | * Bio::Root::Test - Test::Warn                                               |
323 | * Bio::Root::Test::Warn - Test::Warn                                         |
324  ==============================================================================
325  ==============================================================================
326 | Distribution              | Module used - Description            | Min. ver. |
327 |---------------------------+--------------------------------------+-----------|
328 | Tie-Cacher                | * Tie::Cacher - NA                   |   None    |
329 |==============================================================================|
330 | Used by:                                                                     |
331 |------------------------------------------------------------------------------|
332 | * Bio::DB::SeqFeature::Store - Tie::Cacher                                   |
333  ==============================================================================
334  ==============================================================================
335 | Distribution              | Module used - Description            | Min. ver. |
336 |---------------------------+--------------------------------------+-----------|
337 | Time-HiRes                | * Time::HiRes - High resolution      |   None    |
338 |                           |   time, sleep, and alarm             |           |
339 |==============================================================================|
340 | Used by:                                                                     |
341 |------------------------------------------------------------------------------|
342 | * Bio::DB::SeqFeature::Store::Loader - Time::HiRes                           |
343 | * Bio::DB::SeqFeature::Store::DBI::mysql - Time::HiRes                       |
344 | * Bio::DB::SeqFeature::Store::DBI::Pg - Time::HiRes                          |
345  ==============================================================================
346  ==============================================================================
347 | Distribution              | Module used - Description            | Min. ver. |
348 |---------------------------+--------------------------------------+-----------|
349 | Tree-DAG_Node             | * Tree::DAG_Node - base class for    |   None    |
350 |                           |   trees                              |           |
351 |==============================================================================|
352 | Used by:                                                                     |
353 |------------------------------------------------------------------------------|
354 | * Bio::TreeIO::svggraph - Tree::DAG_Node                                     |
355  ==============================================================================
356  ==============================================================================
357 | Distribution              | Module used - Description            | Min. ver. |
358 |---------------------------+--------------------------------------+-----------|
359 | URI                       | * URI - NA                           |   None    |
360 |                           | * URI::Escape - General URI          |           |
361 |                           |   escaping/unescaping functions      |           |
362 |==============================================================================|
363 | Used by:                                                                     |
364 |------------------------------------------------------------------------------|
365 | * Bio::DB::NCBIHelper - URI                                                  |
366 | * Bio::DB::Query::WebQuery - URI                                             |
367 | * Bio::Tools::EUtilities::EUtilParameters - URI                              |
368 | * Bio::DB::CUTG - URI::Escape                                                |
369 | * Bio::DB::Biblio::eutils - URI::Escape                                      |
370 | * Bio::FeatureIO::gff - URI::Escape                                          |
371 | * Bio::FeatureIO::interpro - URI::Escape                                     |
372 | * Bio::SeqFeature::Annotated - URI::Escape                                   |
373  ==============================================================================
374  ==============================================================================
375 | Distribution              | Module used - Description            | Min. ver. |
376 |---------------------------+--------------------------------------+-----------|
377 | WWW-Mechanize             | * WWW::Mechanize - Automates web     |   None    |
378 |                           |   page form & link interaction       |           |
379 |==============================================================================|
380 | Used by:                                                                     |
381 |------------------------------------------------------------------------------|
382 | * Bio::DB::MeSH - WWW::Mechanize                                             |
383  ==============================================================================
384  ==============================================================================
385 | Distribution              | Module used - Description            | Min. ver. |
386 |---------------------------+--------------------------------------+-----------|
387 | Win32                     | * Win32 - NA                         |   None    |
388 |==============================================================================|
389 | Used by:                                                                     |
390 |------------------------------------------------------------------------------|
391 | * Bio::DB::Fasta - Win32                                                     |
392 | * Bio::DB::GFF - Win32                                                       |
393 | * Bio::DB::Qual - Win32                                                      |
394 | * Bio::Root::IO - Win32                                                      |
395  ==============================================================================
396  ==============================================================================
397 | Distribution              | Module used - Description            | Min. ver. |
398 |---------------------------+--------------------------------------+-----------|
399 | XML-DOM                   | * XML::DOM - Implements Level 1 of   |   None    |
400 |                           |   W3's DOM                           |           |
401 |==============================================================================|
402 | Used by:                                                                     |
403 |------------------------------------------------------------------------------|
404 | * Bio::FeatureIO::interpro - XML::DOM                                        |
405 | * Bio::SeqIO::bsml - XML::DOM                                                |
406 | * Bio::SeqIO::interpro - XML::DOM                                            |
407  ==============================================================================
408  ==============================================================================
409 | Distribution              | Module used - Description            | Min. ver. |
410 |---------------------------+--------------------------------------+-----------|
411 | XML-DOM-XPath             | * XML::DOM::XPath - NA               |   None    |
412 |==============================================================================|
413 | Used by:                                                                     |
414 |------------------------------------------------------------------------------|
415 | * Bio::FeatureIO::interpro - XML::DOM::XPath                                 |
416 | * Bio::SeqIO::interpro - XML::DOM::XPath                                     |
417  ==============================================================================
418  ==============================================================================
419 | Distribution              | Module used - Description            | Min. ver. |
420 |---------------------------+--------------------------------------+-----------|
421 | XML-LibXML                | * XML::LibXML - Interface to the     |   None    |
422 |                           |   libxml library                     |           |
423 |                           | * XML::LibXML::Reader - NA           |           |
424 |==============================================================================|
425 | Used by:                                                                     |
426 |------------------------------------------------------------------------------|
427 | * Bio::TreeIO::phyloxml - XML::LibXML                                        |
428 | * Bio::TreeIO::phyloxml - XML::LibXML::Reader                                |
429  ==============================================================================
430  ==============================================================================
431 | Distribution              | Module used - Description            | Min. ver. |
432 |---------------------------+--------------------------------------+-----------|
433 | XML-Parser                | * XML::Parser - Flexible fast        |   None    |
434 |                           |   parser with plug-in styles         |           |
435 |==============================================================================|
436 | Used by:                                                                     |
437 |------------------------------------------------------------------------------|
438 | * Bio::Biblio::IO::medlinexml - XML::Parser                                  |
439  ==============================================================================
440  ==============================================================================
441 | Distribution              | Module used - Description            | Min. ver. |
442 |---------------------------+--------------------------------------+-----------|
443 | XML-SAX                   | * XML::SAX - NA                      |   None    |
444 |==============================================================================|
445 | Used by:                                                                     |
446 |------------------------------------------------------------------------------|
447 | * Bio::ClusterIO::dbsnp - XML::SAX                                           |
448 | * Bio::SearchIO::blastxml - XML::SAX                                         |
449 | * Bio::SeqIO::bsml_sax - XML::SAX                                            |
450 | * Bio::SeqIO::tigrxml - XML::SAX                                             |
451  ==============================================================================
452  ==============================================================================
453 | Distribution              | Module used - Description            | Min. ver. |
454 |---------------------------+--------------------------------------+-----------|
455 | XML-SAX-Writer            | * XML::SAX::Writer - NA              |   None    |
456 |==============================================================================|
457 | Used by:                                                                     |
458 |------------------------------------------------------------------------------|
459 | * Bio::SeqIO::tigrxml - XML::SAX::Writer                                     |
460  ==============================================================================
461  ==============================================================================
462 | Distribution              | Module used - Description            | Min. ver. |
463 |---------------------------+--------------------------------------+-----------|
464 | XML-Simple                | * XML::Simple - Easy API to          |   None    |
465 |                           |   maintain XML (esp config files)    |           |
466 |==============================================================================|
467 | Used by:                                                                     |
468 |------------------------------------------------------------------------------|
469 | * Bio::DB::HIV::HIVQueryHelper - XML::Simple                                 |
470 | * Bio::DB::Query::HIVQuery - XML::Simple                                     |
471 | * Bio::Tools::EUtilities - XML::Simple                                       |
472  ==============================================================================
473  ==============================================================================
474 | Distribution              | Module used - Description            | Min. ver. |
475 |---------------------------+--------------------------------------+-----------|
476 | XML-Twig                  | * XML::Twig - A module for easy      |   None    |
477 |                           |   processing of XML                  |           |
478 |==============================================================================|
479 | Used by:                                                                     |
480 |------------------------------------------------------------------------------|
481 | * Bio::DB::Biblio::eutils - XML::Twig                                        |
482 | * Bio::DB::Taxonomy::entrez - XML::Twig                                      |
483 | * Bio::Variation::IO::xml - XML::Twig                                        |
484  ==============================================================================
485  ==============================================================================
486 | Distribution              | Module used - Description            | Min. ver. |
487 |---------------------------+--------------------------------------+-----------|
488 | XML-Writer                | * XML::Writer - Module for writing   |    0.4    |
489 |                           |   XML documents                      |           |
490 |==============================================================================|
491 | Used by:                                                                     |
492 |------------------------------------------------------------------------------|
493 | * Bio::SearchIO::Writer::BSMLResultWriter - XML::Writer                      |
494 | * Bio::SeqIO::agave - XML::Writer                                            |
495 | * Bio::SeqIO::chadoxml - XML::Writer                                         |
496 | * Bio::SeqIO::tinyseq - XML::Writer                                          |
497 | * Bio::SeqIO::game::gameWriter - XML::Writer                                 |
498 | * Bio::Variation::IO::xml - XML::Writer                                      |
499  ==============================================================================
500  ==============================================================================
501 | Distribution              | Module used - Description            | Min. ver. |
502 |---------------------------+--------------------------------------+-----------|
503 | bioperl-ext               | * Bio::Ext::Align - NA               |   None    |
504 |                           | * Bio::SeqIO::staden::read - NA      |           |
505 |==============================================================================|
506 | Used by:                                                                     |
507 |------------------------------------------------------------------------------|
508 | * Bio::SearchDist - Bio::Ext::Align                                          |
509 | * Bio::Tools::AlignFactory - Bio::Ext::Align                                 |
510 | * Bio::Tools::dpAlign - Bio::Ext::Align                                      |
511 | * Bio::Tools::pSW - Bio::Ext::Align                                          |
512 | * Bio::SeqIO::abi - Bio::SeqIO::staden::read                                 |
513 | * Bio::SeqIO::alf - Bio::SeqIO::staden::read                                 |
514 | * Bio::SeqIO::ctf - Bio::SeqIO::staden::read                                 |
515 | * Bio::SeqIO::exp - Bio::SeqIO::staden::read                                 |
516 | * Bio::SeqIO::pln - Bio::SeqIO::staden::read                                 |
517 | * Bio::SeqIO::ztr - Bio::SeqIO::staden::read                                 |
518  ==============================================================================
519  ==============================================================================
520 | Distribution              | Module used - Description            | Min. ver. |
521 |---------------------------+--------------------------------------+-----------|
522 | libwww-perl               | * HTTP::Request - Class              |   5.64    |
523 |                           |   encapsulating HTTP Requests        |           |
524 |                           | * HTTP::Request::Common - Functions  |           |
525 |                           |   that generate HTTP::Requests       |           |
526 |                           | * HTTP::Response - Class             |           |
527 |                           |   encapsulating HTTP Responses       |           |
528 |                           | * LWP - Libwww-perl                  |           |
529 |                           | * LWP::Simple - Simple procedural    |           |
530 |                           |   interface to libwww-perl           |           |
531 |                           | * LWP::UserAgent - A WWW UserAgent   |           |
532 |                           |   class                              |           |
533 |==============================================================================|
534 | Used by:                                                                     |
535 |------------------------------------------------------------------------------|
536 | * Bio::Tools::EUtilities::EUtilParameters - HTTP::Request                    |
537 | * Bio::DB::DBFetch - HTTP::Request::Common                                   |
538 | * Bio::DB::HIV - HTTP::Request::Common                                       |
539 | * Bio::DB::NCBIHelper - HTTP::Request::Common                                |
540 | * Bio::DB::SwissProt - HTTP::Request::Common                                 |
541 | * Bio::DB::WebDBSeqI - HTTP::Request::Common                                 |
542 | * Bio::DB::Query::WebQuery - HTTP::Request::Common                           |
543 | * Bio::Tools::Run::RemoteBlast - HTTP::Request::Common                       |
544 | * Bio::DB::WebDBSeqI - HTTP::Response                                        |
545 | * Bio::Tools::Protparam - LWP                                                |
546 | * Bio::Tools::Run::RemoteBlast - LWP                                         |
547 | * Bio::DB::Biblio::eutils - LWP::Simple                                      |
548 | * Bio::Root::IO - LWP::Simple                                                |
549 | * Bio::DB::GenericWebAgent - LWP::UserAgent                                  |
550 | * Bio::DB::MeSH - LWP::UserAgent                                             |
551 | * Bio::DB::WebDBSeqI - LWP::UserAgent                                        |
552 | * Bio::DB::Query::WebQuery - LWP::UserAgent                                  |
553 | * Bio::Root::Build - LWP::UserAgent                                          |
554  ==============================================================================
555  ==============================================================================
556 | Distribution              | Module used - Description            | Min. ver. |
557 |---------------------------+--------------------------------------+-----------|
558 | libxml-perl               | * XML::Parser::PerlSAX - NA          |   None    |
559 |==============================================================================|
560 | Used by:                                                                     |
561 |------------------------------------------------------------------------------|
562 | * Bio::OntologyIO::InterProParser - XML::Parser::PerlSAX                     |
563 | * Bio::SeqIO::tinyseq - XML::Parser::PerlSAX                                 |
564 | * Bio::SeqIO::game::gameSubs - XML::Parser::PerlSAX                          |
565  ==============================================================================
566  ==============================================================================
567 | Distribution              | Module used - Description            | Min. ver. |
568 |---------------------------+--------------------------------------+-----------|
569 | mod_perl                  | * Apache2::SubProcess - NA           |   None    |
570 |==============================================================================|
571 | Used by:                                                                     |
572 |------------------------------------------------------------------------------|
573 | * Bio::DB::WebDBSeqI - Apache2::SubProcess                                   |
574  ==============================================================================