update Changes (first of a few)
[bioperl-live.git] / Changes
blob35dc52d46be2b6e447af599952b003b082755a78
1 ---------------------------------------------------------
2 Revision history for BioPerl core modules
3 ---------------------------------------------------------
4 The comprehensive history and ongoing development of BioPerl:
6    http://github.com/bioperl/bioperl-live
8 Some of that history is also highlighted on our wiki:
10    http://www.bioperl.org/wiki/Change_log
11    http://www.bioperl.org/wiki/History_of_BioPerl
13 Bugs and requested features list:
15    https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues
17 CPAN releases are branched from 'master'.
18 ---------------------------------------------------------
20 Philosophy for 1.7.x:
22 In order to reduce the number of dependencies, we are actively encouraging
23 developers wanting to submit new code with additional dependencies to release
24 code in a separate repository and release it on CPAN. We can help assist in this
25 process and can also place this under the 'bioperl' Github organization (and
26 similarly under the bioperl umbrella account in CPAN), though this is not
27 required.
29 We will also be moving additonal code to other repositories and will release
30 them separately on CPAN. Modules considered obsolute (relies on a dead web
31 service or utilizes strict dependencies that are also considered obsolete) will
32 be removed.
34 1.7.0 - "Disney"
36     [New site]
37     
38     * We have migrated to Github Pages. This was actually planned, but the
39       recent OBF server compromise forced our hand.
40       
41       Brian Osborne [bosborne] took this under his wing to move docs and has
42       done a tremendous amount of work formatting the site and working out some
43       of the idiosyncracies with the new Jekyll-based design.  Mark Jensen, Paul
44       Cantalupo and Franscison Ossandon also helped.  Kudos!!
46     [Code changes]
47     
48     * Previously deprecated modules removed
49       * Bio::Tools::Infernal, Bio::Tools::ERPIN, Bio::Tools::RNAMotif
50     * Bio::DB::SeqHound has been removed due to the service no longer being
51       available
52     * Bio::Tools::Analysis::Protein::Mitoprot has been removed for security
53       reasons due to the server no longer having a valid cert
54     * Bio::EUtilities, Bio::Biblio are now separate releases on CPAN
55     * Bio::Coordinate, Bio::SearchIO::blastxml,
56       Bio::SearchIO::Writer::BSMLResultWriter is now a separate release to be
57       added on CPAN
59     [New features]
61     * Bio::SearchIO::infernal
62       - Issue #131: added CMSEARCH parsing support for Infernal 1.1 [pcantalupo]
63     * Bio::Search::HSP::ModelHSP
64       - Added a 'noncanonical_string' method to retrieve the NC line from CMSEARCH
65         reports [pcantalupo]
66     * Bio::Search::Result::INFERNALResult
67       - Added new module to represent features of Infernal reports [pcantalupo]
68     * WrapperBase quoted option values [majensen]
69     * Various documentation fixes and updates [bosborne]
70     
71    [Bug Fixes]
72    
73     * Fixes in Bio::Root::Build to deal with META.json/yml for CPAN indexing [cjfields]
74     * Bio::SeqFeature::Generic spliced_seq() bug fix [Eric Snyder, via bosborne]
75     * NeXML parser fixes [fjossandon]
76     * Bug fix for Bio::DB::SeqFeature memory adapter [lstein]
77     * RT 103272 : SeqFeature database deletion skipped features with a decimal -
78       Joshua Fortriede (Xenbase)
79     * RT 98374: AlignIO issues with sequence names not correctly parsing - Xiaoyu Zhuo
80     * Issue #70: CONTIG parsing in GenBank output fixed [fjossandon]
81     * Issue #76: Circular genome fixes with Bio::Location::Split [fjossandon]
82     * Issue #80: Fix lack of caching issue with Bio::DB::Taxonomy [fjossandon]
83     * Issue #81: Small updates to make sure possible memory leaks are detected [cjfields]
84     * Issue #84: EMBL format wrapping problem [nyamned]
85     * Issue #90: Missing entries for translation tables 24 and 25 [fjossandon]
86     * Issue #95: Speed up of Bio::DB::Fasta::subseq by using a compiled regex
87       or compiled C code (when Inline::C is installed) [rocky]
88     * Fix various Bio::Tools::Analysis remote server config problems [cjfields]
89     * Added several missing 'Data::Stag' and 'LWP::UserAgent' requirements [fjossandon]
90     * Added a workaround in Bio::DB::Registry to get Username in Windows [fjossandon]
91     * For HMMer report parsing, changed "$hsp->bits" to return 0 instead of undef
92       to be consistent with "$hit->bits" behaviour [fjossandon]
93     * Fixed a bug in HMMer3 parsing, where an homology line ending in CS or RF
94       aminoacids made "next_seq" confused and broke the parser [fjossandon]
95     * Adjusted FTLocationFactory.pm to comply with current GenBank Feature Table
96       Definition, so now "join(complement(C..D),complement(A..B))" is equivalent
97       to "complement(join(A..B,C..D))" [fjossandon]
99 1.6.924
101     [Significant changes]
103     * Bug/feature issue tracking has moved to GitHub Issues:
104           https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues
105     * DB_File has been demoted from "required" to "recommended",
106       which should make easier for Windows users to install BioPerl
107       if they don't need that module.
109     [New features]
111     * Bio::Search::HSP::GenericHSP
112         - Bug #3370, added a "posterior_string" method to retrieve the
113           posterior probability lines (PP) from HMMER3 reports [fjossandon]
114         - Added a "consensus_string" method to retrieve the consensus
115           structure lines (CS|RF) from HMMER2 and HMMER3 reports when available [fjossandon]
116     * Bio::SearchIO::hmmer2
117         - The number of identical and conserved residues are now calculated
118           directly from the homology line [fjossandon]
119         - Now the Query Length and Hit Length are reported when the alignment
120           runs until the end of the sequence/model ('.]' or '[]') [fjossandon]
121         - Implemented the capture of the consensus structure lines [fjossandon]
122     * Bio::SearchIO::hmmer3
123         - The number of identical and conserved residues are now calculated
124           directly from the homology line [fjossandon]
125         - Now the Hit Length is reported when the alignment runs until the end
126           of the sequence/model ('.]' or '[]') [fjossandon]
127         - Implemented the capture of the consensus structure lines [fjossandon]
128         - Implemented the capture of the posterior probability lines [fjossandon]
129         - Completed the development of NHMMER parsing, including alignments [fjossandon]
130     * Bio::SearchIO::SearchResultEventBuilder & Bio::SearchIO::IteratedSearchResultEventBuilder
131         - Feature #2615, moved "_init_parse_params", "max_significance, "signif",
132           "min_score", "min_bits, and "hit_filter" methods from
133           'IteratedSearchResultEventBuilder' to parent 'SearchResultEventBuilder'.
134           This means that the Bio::SearchIO->new() parameters '-signif', '-score',
135           '-bits' and '-hit_filter' will now work with other Bio::SearchIO formats
136           besides Blast, instead of being ignored. Added tests for all moved methods
137           using HMMER outputs and run the full test suite and everything pass [fjossandon]
138     * Bio::SeqIO::MultiFile
139         - Autodetection of file format [fangly]
140     * Bio::Tools::GuessSeqFormat:
141         - Format detection from non-seekable filehandles such as STDIN [fangly]
143     [Bug fixes]
145     * Fix problems when using Storable as backend for cloning [v1.6.x branch, tsibley]
146     * Fix potential problems with Storable in Bio::DB::SeqFeature::Store [tsibley]
147     * SeqFeature::Lite: Fixed wrong strand when using "+", "-", or "." [nathanweeks]
148     * Abstract: Fixed ActivePerl incapability of removing temporary files
149       because of problems closing tied filehandles [fjossandon]
150     * IndexedBase: For Windows' ActivePerl, several LocalDB tests were failing
151       because ActivePerl were producing a ".index.pag" and ".index.dir"
152       files instead of a single ".index" file (like Strawberry Perl).
153       Now those temporary files are correctly considered and deleted. [fjossandon]
154     * Test files: Added missing module requirements (DB_File and Data::Stag)
155       to several tests files that were failing because those modules were
156       not present. Now those test files are correctly skipped instead. [fjossandon]
157     * Blast: Added support to changes in bl2seq from BLAST+ output, which
158       now uses "Subject=" instead of ">" to start hit lines [yschensandiego]
159     * Phylip: Return undef in "next_aln" at file end to avoid
160       an infinite loop [yschensandiego]
161     * HMMER3: When a hit description is too long, it is truncated in
162       the Scores table. In those cases, the more complete description from
163       the Annotation line (>>) will be used [fjossandon]
164     * GenericHSP: Added '.' to gap symbols in "_pre_gaps" (except for ERPIN),
165       since it is now used by HMMER3 format in alignments [fjossandon]
166     * GenericHit: Changed "frac_aligned_query" and "frac_aligned_hit"
167       to return undef if the query/hit length is unknown (like in some
168       HMMER outputs), to avoid division by 0 crashes. Also "query_length"
169       now is set to 0 if its undefined, to be consistent with hit "length" [fjossandon]
170     * HMMER: fixed many bugs in the parsing of Hmmer2 and Hmmer3 outputs,
171       added support to multi-query reports, reduced code redundancy,
172       and eliminated the automatic removal of hits below "inclusion threshold" [fjossandon]
173     * [3369] - Fixed reported bugs in parse from HMMSEARCH3 reports [fjossandon]
174     * [3446] - Fixed wrong marker position in Bio::Map::Physical [fjossandon]
175     * [3455] - Fixed wrong print of DBLink in Genbank file [bosborne]
176     * Fixed some Bio::Root::Utilities subroutines [fjossandon]
177     * Double-quotes on paths are needed in some places [fjossandon]
178     * [3453] - Allow multiple homologies and products in Entrezgene [fjossandon]
179     * Use "NUL" instead of"/dev/null" when running in Windows [fjossandon]
180     * Updated all files from Bio-Root, Bio-Coordinate and Bio-SearchIO-blastxml
181       with the latest changes made in their own repositories [fjossandon]
182     * General synching of files with the master branch [fjossandon]
183     * Fixed tests failing in Windows because of using Linux commands [fjossandon]
184     * Closed many open filehandles that prevented temporary files deletion [fjossandon]
185     * Fixed broken MeSH parser [fjossandon]
186     * Fixed missing detection of format in SeqIO when given a -string [fangly]
188 1.6.923
189     
190     * Major Windows support updates! [fjossandon]
191     * MAKER update to allow for stricter standard codon table [cjfields]
192     * Better support for circular sequences [fjossandon]
193     * Fixes for some complex location types [fjossandon]
194     * Address CONTIG bug in GenBank format, bug #3448 [cjfields]
195     * Fix bug #2978 related to BLAST report type [fjossandon]
196     * Deobfuscator fixes [DaveMessina]
198 1.6.922
200     * Address CPAN test failures [cjfields]
201     * Add BIOPROJECT support for Genbank files [hyphaltip]
202     * Better regex support for HMMER3 output [bosborne]
204 1.6.921
206     * Minor update to address CPAN test failures
208 1.6.920
210     * Remove Bio::Biblio and related files [carandraug]
211       - this cause version clashes with an independently-released
212         version of Bio::Biblio
214 1.6.910
216     [New features]
218     * Hash randomization fixes for perl 5.18.x
219       - Note: at least one module (Bio::Map::Physical) still has a failing test;
220         this is documented in bug #3446 and has been TODO'd; we will be pulling
221         Bio::Map and similar modules out of core into separate distributions in the
222         1.7.x release series [cjfields]
224     [New features]
226     * Bio::Seq::SimulatedRead
227         - New module to represent reads taken from other sequences [fangly]
228     * Bio::Root::Root
229         - Support of Clone::Fast as a faster cloning alternative [fangly]
230     * Bio::Root::IO
231         - Moved the format() and variant() methods from Bio::*IO modules to
232           Bio::Root::IO [fangly]
233         - Can now use format() to get the type of IO format in use [fangly]
234     * Bio::Tools::IUPAC
235         - New regexp() method to create regular expressions from IUPAC sequences
236           [fangly]
237     * Bio::SeqFeature::Primer and Bio::Seq::PrimedSeq:
238         - Code refresh [fangly]
239     * Bio::DB::Taxonomy
240         - Added support for the Greengenes and Silva taxonomies [fangly]
241     * Bio::Tree::TreeFunctionsI
242         - get_lineage_string() represents a lineage as a string [fangly]
243         - add_trait() returns instead of reporting an error when the column
244           number is exceeded in add_trait() [fangly]
245         - Option to support tree leaves without trait [fangly]
246         - Allow ID of 0 in trait files [fangly]
247     * Bio::DB::Taxonomy::list
248         - Misc optimizations [fangly]
249         - Option -names of get_taxon() to help with ambiguous taxa [fangly]
250     * Bio::DB::Taxonomy::*
251         - get_num_taxa() returns the number of taxa in the database [fangly]
252     * Bio::DB::Fasta and Bio::DB::Qual
253         - support indexing an arbitrary list of files [fangly]
254         - user can supply an arbitrary index file name [fangly]
255         - new option to remove index file at the end [fangly]
256     * Bio::DB::Fasta
257         - now handles IUPAC degenerate residues [fangly]
258     * Bio::PrimarySeq and Bio::PrimarySeqI
259         - speed improvements for large sequences [Ben Woodcroft, fangly]
260     * Bio::PrimaryQual
261         - tightened and optimized quality string validation [fangly]
262     * Bio::SeqIO::fasta
263         - new method and option 'block', to create FASTA output with space
264           intervaled blocks (similar to genbank or EMBL) has been implemented.
265         - package variables $WIDTH and $DEFAULT_SEQ_ID_TYPE have been removed
266           in favour of the methods 'width' and 'preferred_id_type` respectively.
267     * Bio::FeatureIO::*
268         - moved from bioperl-live into the separate distribution Bio-FeatureIO
269     * Bio::SeqFeature::Annotated
270         - moved from bioperl-live into the separate distribution Bio-FeatureIO
271     * Bio::Cluster::SequenceFamily
272         - improved performance when using get_members with overlapping multiple
273           criteria
274     * Bio::SearchIO::hmmer3
275         - now supports nhmmer [bosborne]
277     [Bug fixes]
279     * [3302] Fixes bug in Bio::SearchIO::hmmer2.pm to correctly parse
280       multi-query hmmer output [Francisco J. Ossandon, Paul Cantalupo]
281     * [3421] Fixes bug in Bio::SearchIO::hmmer2.pm to correctly parse an HSP
282       with a line full of dashes [Francisco J. Ossandon, Paul Cantalupo]
283     * [3298] Fix bug in Bio::SearchIO::blast.pm where algorithm version
284       information was lost in a multi-result blast file [Paul Cantalupo]
285     * [3343] Fix bug in Bio::SearchIO::blasttable.pm to correctly calculate
286       total gaps [Paul Cantalupo]
287     * [3375] Fix DBLINK parsing bug in Bio::SeqIO::genbank.pm [Paul Cantalupo]
288     * [3376] Fix bug in Bio::SearchIO::hmmer2.pm to correctly handle case
289       when end of domain indicator is split across lines [Paul Cantalupo]
290     * [3240] Bio::AlignIO::stockholm now parses simple sequences [Bernd Web,
291       cjfields]
292     * [3237] Bio::DB::Fasta now allows blank lines between sequences, catches
293       instances where blank lines are within sequences [cjfields]
294     * Bio::DB::Fasta reports correct alphabet for files with multiple sequence
295       types [fangly]
296     * Bio::DB::Fasta rev-comps sequences other than DNA properly [fangly]
297     * [3238] Fixes for Bio::DB::SeqFeature::Store::DBI::Pg [Thomas Burkhard,
298       cjfields]
299     * Various fixes for Stockholm file indexing and processing [bosborne]
300     * Fix edge case in FASTQ parsing where sequence of length 1 and qual of 0
301       breaks parsing [cjfields]
302     * Fix case where Bio::Seq::Meta* objects with no meta information could not
303       be reverse-complemented [fangly]
304     * Fix bug for fields without aliases in Bio::DB::Query::HIVQuery [fangly]
305     * Fix Bio::PopGen::IO::phase: sort values lexically instead of numerically
306       when unsure that values will be numerical [fangly]
307     * Fix undef warnings in Bio::SeqIO::embl [fangly]
308     * Fix undef warnings in Bio::DB::Fasta and Bio::DB::Qual [fangly]
309     * Fix Bio::Tools::IUPAC should accept any sequence object [fangly]
310     * Fix for 'Inappropriate ioctl' in Bio::DB::Store::berkeleydb3 [Olivier
311       Sallou]
312     * Bio::SeqFeature::Generic SeqfeatureI compliance: methods primary_tag,
313       source_tag and display_name must return a string, not undef [fangly]
314     * Bio::SimpleAlign and Bio::Seq compliance with Bio::FeatureHolderI
315       add_SeqFeature takes a single argument [fangly]
316     * Use cross-platform filenames and temporary directory in
317       Bio::DB::Taxonomy::flatfile [fangly]
318     * Fix bug in Bio::DB::Taxonomy::list where taxa with no ancestors were not
319       properly identified as existing taxa in the database [fangly]
320     * Fix issue where a Bio::DB::Taxonomy::list object could not be created
321       without also passing a lineage to store [fangly]
322     * Prevent passing a directory to the gi2taxid option (-g) of
323       bp_classify_hits_kingdom.pl and remove an 'earlier declaration' warning
324       [fangly]
325     * Fixed bp_genbank2gff3.pl crash when missing source feature date [fangly]
326     * Bio::PrimarySeq constructor -direct works for -seq or -ref_to_seq [fangly]
327     * Bio::Cluster::SequenceFamily - checks if the sequence has a Bio::Species
328       object before trying to access, and no longer returns repeated sequences.
331 1.6.901 May 18, 2011
333     [Notes]
335     * Use of AcePerl is deprecated; Ace.pm isn't actively maintained, and
336       modules using Ace will also be deprecated [lds, cjfields]
337     * Minor bug fix release
338     * Bio::SeqIO::gbxml tests require XML::SAX [hartzell]
339     * Address Build.PL issues when DBI is not present [hartzell]
340     * Skip gbxml.t and Interpro tests when modules not installed [cjfields]
341     * Remove deprecated code for perl 5.14.0 compat [cjfields]
342     * Due to schema changes and lack of support for older versions, support
343       for NeXML 0.9 is only (very) partially implemented.
344       See: https://redmine.open-bio.org/issues/3207
346     [Bug fixes]
348     * [3205] - small fix to Bio::Perl blast_sequence() to make compliant with
349       docs [genehack, cjfields]
350     * $VERSION for CPAN/cpanm-based installs was broken; force setting of
351       module version from dist_version (probably not the best way to do this,
352       but it seems to work) [rbuels, cjfields]
355 1.6.900 April 14, 201
357     [Notes]
359     * This will probably be the last release to add significant features to
360       core modules; subsequent releases will be for bug fixes alone.
361       We are planning on a restructuring of core for summer 2011, potentially
362       as part of the Google Summer of Code.  This may become BioPerl 2.0.
363     * Version bump represents 'just prior to v 1.7'.  We may have point
364       releases to deal with bugs, with increments of 1.6.901, 1.6.902, etc.
365       This code essentially is what is on the github master branch.
367     [New features]
369     * Core code updated for perl 5.12.x [cjfields, Charle Tilford]
370     * Bio::Tree refactor
371         - major overhaul of Bio::Tree code by Greg Jordan, fixes several bugs
372         - removal of Scalar::Util::weaken code, which was causing odd headaches
373           with premature GC, memory leaks with perl 5.10.0, etc [cjfields]
374     * Bio::DB::SeqFeature bug fixes for GBrowse2 compatibility [lds, scottcain,
375           many others]
376     * Bio::SeqIO::msout, Bio::SeqIO::mbsout - parsers for ms and mbs
377           [Warren Kretzschmar]
378     * Bio::SeqIO::gbxml
379         - bug 2515 - new contribution [Ryan Golhar, jhannah]
380     * Bio::Assembly::IO
381         - support for reading Maq, Sam and Bowtie files [maj]
382         - support for reading 454 GS Assembler (Newbler) ACE files [fangly]
383         - bug 2483: support for writing ACE files [Joshua Udall, fangly]
384         - bug 2599: support DBLINK annotation in GenBank files [cjfields]
385         - bug 2726: reading/writing granularity: whole scaffold or one contig
386           at a time [Joshua Udall, fangly]
387     * Bio::OntologyIO
388         - Added parsing of xrefs to OBO files, which are stored as secondary
389             dbxrefs of the cvterm [Naama Menda]
390         - General Interpro-related code refactors [dukeleto, rbuels, cjfields]
391     * PAML code updated to work with PAML 4.4d [DaveMessina]
393     [Bug fixes]
395     * [3198] - sort tabular BLAST hits by score [DaveMessina]
396     * [3196] - fix invalid metadata produced by latest Module::Build [cjfields]
397     * [3190] - RemoteBlast GAPCOSTS regex fix [Ali Walsh, cjfields]
398     * [3185] - Bio::Tools::SeqStats->get_mol_wt now gives correct MW
399                [cjfields]
400     * [3178] - fix tr/// issue in Bio::Range [Andrew Conley, cjfields]
401     * [3172] - Bio::DB::Fasta - catch possibly bad FASTA files [cjfields]
402     * [3164] - TreeFunctionsI syntax  bug [gjuggler]
403     * [3163] - AssemblyIO speedup [fangly]
404     * [3160] - Bio::SearchIO::Writer::TextResultWriter output [Paul Cantalupo,
405                hyphaltip]
406     * [3159] - add SwissPfam support to bp_index.PLS [hyphaltip]
407     * [3158] - fix EMBL file mis-parsing [cjfields]
408     * [3157] - Bio::Restriction::Analysis 'sizes' method fixed [Marc Perry,
409                cjfields]
410     * [3153] - fix SeqIO::swiss TagTree issues [Charles Tilford, cjfields]
411     * [3148] - URL change for UniProt [cjfields]
412     * [3145] - AXT off-by-1 error [Aaron Goodman, cjfields]
413     * [3136] - HMMer3 parser fixes [kblin]
414     * [3126] - catch description [Toshihiko Akiba]
415     * [3122] - Catch instances where non-seekable filehandles were being
416                seek'd w/o checking for status [Stefan Kirov, Roy Chaudhuri]
417     * [3121] - Bio::OntologyIO cannot parse the full InterPro XML file
418                [dukeleto, rbuels, cjfields]
419     * [3120] - bp_seqfeature_gff3.pl round-trip fixes [genehack, David Breimann,
420                jhannah]
421     * [3116,3117] - perl 5.12.x warnings fixed [cjfields, Charles Tilford]
422     * [3110] - Better 'namespace' support for bp_seqfeature_load.PLS [dbolser,
423                cjfields]
424     * [3107] - BLAST alignment column_from_residue_number() [cjfields]
425     * [3104] - Bio::Species single node hierarchies [Charles Tilford, cjfields]
426     * [3092, 3090] - parsing of BLAST HSP stats [Razi Khaja, cjfields]
427     * [3089] - HSPTableWriter missing methods [Robson de Souza, cjfields]
428     * [3086] - EMBL misparsing long tags [kblin, cjfields]
429     * [3085] - CommandExts and array of files [maj, hyphaltip]
430     * [3077] - Bio::SimpleAlign slice() now correctly computes seq coordinates
431                for alignment slices [Ha X. Dang, cjfields]
432     * [3076] - XMFA alignment strand wrong [Ha X., cjfields]
433     * [3073] - fix parsing of GenBank files from RDP [cjfields]
434     * [3068] - FASTQ parse failure with trailing 0 [cjfields]
435     * [3064] - All-gap midline BLAST report issues [cjfields]
436     * [3063] - BLASt report RID [Razi Khaja, cjfields]
437     * [3058] - SearchIO::fasta parsing [DaveMessina, cjfields]
438     * [3053] - LOCUS line formatting [M. Wayne, cjfields]
439     * [3039] - correct Newick output root node branch length [gjuggler,
440                DaveMessina]
441     * [3038] - SELEX alignment error [Bernd, cjfields]
442     * [3033] - PrimarySeq ID setting [Bernd, maj]
443     * [3032] - Fgenesh errors [Wes Barris, hyphaltip]
444     * [3034] - AlignIO::clustal output [Bernd, DaveMessina]
445     * [3031] - Parse algorithm ref for BLAST [Razi Khaja, cjfields]
446     * [3028] - Bio::TreeIO::nexus and FigTree compat [Kevin Balbi, cjfields]
447     * [3025] - Bio::SeqIO::embl infinite loop [Adam Sjøgren, cjfields]
448     * [3040, 3023, 2974, 2921, 2753, 2636, 2482] - PAML parser fixed, works with
449                PAML 4.4d [DaveMessina]
450     * [3015, 3022] - Bio::Restriction withrefm regexp [Emmanuel Quevillon,
451                DaveMessina]
452     * [3020] - GFF3Loader alias attribute [Nathan Weeks, cjfields]
453     * [3018, 3019, 3021] - gmap_f9 parsing [Kiran Mukhyala, cjfields]
454     * [3017] - using threads with Bio::DB::GenBank [cjfields]
455     * [3012] - Bio::Root::HTTPget fixes [maj, cjfields]
456     * [3011] - namespace support for SF::Store::DBI::Pg [Adam Witney, cjfields]
457     * [3002] - Bio::DB::EUtilities NCBI policy updates [cjfields]
458     * [3001] - seq identifier '0' dropped with FASTA [Michael Kuhn, maj]
459     * [2984] - let LocatableSeq decide on length of phylip aln [Adam Witney,
460                cjfields]
461     * [2983] - fix score/percent ID mixup [Alexie Papanicolaou]
462     * [2977] - TreeIO issues [DaveMessina]
463     * [2959] - Bio::SeqUtils->revcom_with_features [Roy Chaudhuri, maj]
464     * [2944] - Bio::Tools::GFF score [cjfields]
465     * [2942] - correct MapTiling output [maj]
466     * [2939] - PDB residue insertion codes [John May, maj]
467     * [2930] - PrimarySeqI term symbol [Adam Sjøgren, maj]
468     * [2928] - GuessSeqFormat raw [maj]
469     * [2926] - Bio:Tools::TandemRepeatsFinder seq_id [takadonet, cjfields]
470     * [2922] - open() directive issue [cjfields]
471     * [2915] - GenBank parser infinite loop [Francisco Ossandon, cjfields]
472     * [2901] - DNAStatistics div by zero error [Janet Young, cjfields]
473     * [2899] - SeqFeature::Store host issues [lstein, dbolser]
474     * [2897] - Add a "mask_below_threshold" method to Seq::Quality [dbolser,
475                cjfields]
476     * [2881] - .scf files don't' roundtrip [Adam Sjøgren, cjfields]
477     * [2876] - CDD search with RemoteBlast [Malcolm Cook]
478     * [2863] - Root::IO::_initialize_io causes crash [rbuels, maj, DaveMessina]
479     * [2845] - Bio::Seq::Quality gives seq with no ID [Tristan Lefebure, cjfields]
480     * [2843] - FeatureIO BED to GFF fails w/ no phase [cassjm cjfields]
481     * [2773] - Bio::Tree::Node premature GC [Morgan Price, cjfields]
482     * [2764] - add ID Tracker helper for SwissProt [heikki, cjfields]
483     * [2758] - Bio::AssemblyIO ace problems [fangly]
484     * [2744] - Bio::LocatableSeq::end [Bernd, cjfields]
485     * [2726] - ace file IO [Josh, fangly]
486     * [2700] - Refactor Build.PL [cjfields]
487     * [2673] - addition of simple Root-based clone() method [cjfields]
488     * [2648] - Bio::Assembly::Scaffold->get_all_seq_ids [dbolser, fangly]
489     * [2599] - support for DBLINK annotation in GenBank files [cjfields]
490     * [2594] - Bio::Species memory leak [cjfields]
491     * [2515] - GenBank XML parser [jhannah]
492     * [2499] - Method "pi" in package Bio::PopGen::Statistics [hyphaltip]
493     * [2483] - Bio::Assembly::IO::ace write_assembly implemented [fangly]
494     * [2350] - ID consistency btwn Bio::SeqI, Bio::Align::AlignI [fangly,
495                cjfields]
496     * [1572] - no docs Bio::Location::Simple/Atomic::trunc [hyphaltip]
498     [Deprecated]
500     * Bio::Expression modules - these were originally designed to go with the
501       bioperl-microarray suite of tools, however they have never been completed
502       and so have been removed from the distribution.  The original code has
503       been moved into the inactive bioperl-microarray suite. [cjfields]
505     [Other]
507     * Repository moved from Subversion (SVN) to
508       http://github.com/bioperl/bioperl-live [cjfields]
509     * Bug database has moved to Redmine (https://redmine.open-bio.org)
510     * Bio::Micrarray - the tools developed for ReSeq chip analysis by Marian
511       Thieme have been moved to their own distribution (Bio-Microarray).
512       [cjfields]
514 1.6.1   Sept. 29, 2009 (point release)
515     * No change from last alpha except VERSION and doc updates [cjfields]
517 1.6.0_6 Sept. 27, 2009 (sixth 1.6.1 alpha)
518     * Fix for silent OBDA bug related to FASTA validation [cjfields]
520 1.6.0_5 Sept. 27, 2009 (fifth 1.6.1 alpha)
521     * Possible fix for RT 49950 (Strawberry Perl installation) [cjfields]
522     * [RT 50048] - removed redundant VERSION, which was borking CPANPLUS
523       [cjfields]
524     * BioPerl.pod -> BioPerl.pm (Perl Best Practices) [cjfields]
526 1.6.0_4 Sept. 25, 2009 (fourth 1.6.1 alpha)
527     * WinXP test fixes [cjfields, maj]
528     * BioPerl.pod added for descriptive information, fixes CPAN indexing
529       [cjfields]
530     * Minor doc fixes [cjfields]
532 1.6.0_3 Sept. 22, 2009 (third 1.6.1 alpha)
533     * Fix tests failing due to merging issues [cjfields]
534     * More documentation updates for POD parsing [cjfields]
536 1.6.0_2 Sept. 22, 2009 (second 1.6.1 alpha)
537     * Bio::Root::Build
538         - fix YAML meta data generation [cjfields]
540 1.6.0_1 Sept. 15, 2009 (first 1.6.1 alpha)
541     * Bio::Align::DNAStatistics
542         - fix divide by zero problem [jason]
543     * Bio::AlignIO::*
544         - bug 2813 - fix faulty logic to detect end-of-stream [cjfields]
545     * Bio::AlignIO::stockholm
546         - bug 2796 - fix faulty logic to detect end-of-stream [cjfields]
547     * Bio::Assembly::Tools::ContigSpectrum
548         - function to score contig spectrum [fangly]
549     * Bio::DB::EUtilities
550         - small updates [cjfields]
551     * Bio::DB::Fasta
552         - berkeleydb database now autoindexes wig files and locks correctly
553           [lstein]
554     * Bio::DB::HIV
555         - various small updates for stability; tracking changes to LANL
556           database interface [maj]
557     * Bio::DB::SeqFeature (lots of updates and changes)
558         - add Pg, SQLite, and faster BerkeleyDB implementations [lstein, scain]
559         - bug 2835 - patch [Dan Bolser]
560         - bug RT 44535 - patch FeatureFileLoader [Cathy Gresham]
561     * Bio::DB::SwissProt
562         - bug 2764 - idtracker() method [cjfields, courtesy Neil Saunders]
563     * Bio::Factory::FTLocationFactory
564         - mailing list bug fix [cjfields]
565     * Bio::LocatableSeq
566         - performance work on column_from_residue_number [hartzell]
567     * Bio::Matrix::IO::phylip
568         - bug 2800 - patch to fix phylip parsing [Wei Zou]
569     * Bio::Nexml
570         - Google Summer of Code project from Chase Miller - parsers for Nexml
571           file format [maj, chmille4]
572     * Bio::PopGen
573         - Make Individual, Population, Marker objects AnnotatableI [maj]
574         - simplify LD code [jason]
575     * Bio::RangeI
576         - deal with empty intersection [jason]
577     * Bio::Restriction
578         - significant overhaul of Bio::Restriction system: complete support for
579           external and non-palindromic cutters. [maj]
580     * Bio::Root::Build
581         - CPANPLUS support, no automatic installation [sendu]
582     * Bio::Root::IO
583         - allow IO::String (regression fix) [cjfields]
584         - catch unintentional undef values [cjfields]
585         - throw if non-fh is passed to -fh [maj]
586     * Bio::Root::Root/RootI
587         - small debugging and core fixes [cjfields]
588     * Bio::Root::Test
589         - bug RT 48813 - fix for Strawberry Perl bug [kmx]
590     * Bio::Root::Utilities
591         - bug 2737 - better warnings [cjfields]
592     * Bio::Search
593         - tiling completely refactored, HOWTO added [maj]
594           NOTE : Bio::Search::Hit::* classes do not use this code directly; we
595           will deprecate usage of the older tiling code in the next BioPerl
596           release
597         - small fixes [cjfields]
598     * Bio::SearchIO
599         - Infernal 1.0 output now parsed [cjfields]
600         - new parser for gmap -f9 output [hartzell]
601         - bug 2852 - fix infinite loop in some output [cjfields]
602         - blastxml output now passes all TODO tests [cjfields]
603         - bug 2346, 2850 - psl and exonerate parsing fixes [rbuels, jhannah, bvecchi, YAPC hackathon]
604         - RT 44782 - GbrowseGFF writer now catches evalues [Allen Day]
605         - bug 2575 - add two columns of additional output to HSPTableWriter [cjfields]
606     * Bio::Seq::LargePrimarySeq
607         - delete tempdirs [cjfields]
608         - bug fixes [rbuels, jhannah, bvecchi, YAPC hackathon]
609     * Bio::Seq::Quality
610         - extract regions based on quality threshold value [Dan Bolser, heikki]
611         - bug 2847 - resolve threshold issue (rbuels, jhannah, bvecchi)
612     * Bio::SeqFeature::Lite
613         - various Bio::DB::SeqFeature-related fixes [lstein]
614     * Bio::SeqFeature::Tools::TypeMapper
615         - additional terms for GenBank to SO map [scain]
616     * Bio::SeqIO::chadoxml
617         - bug 2785 - patch to get this working for bp_seqconvert [cjfields]
618     * Bio::SeqIO::embl
619         - support for CDS records [dave_messina, Sylvia]
620     * Bio::SeqIO::fastq
621         - complete refactoring to handle all FASTQ variants, perform validation,
622           write output. API now conforms with other Bio* parsers and the rest of
623           Bio::SeqIO (e.g. write_seq() creates fastq output, not fasta output).
624           [cjfields]
625     * Bio::SeqIO::genbank
626         - bug 2784 - fix DBSOURCE issue [Phillip Garland]
627         - bug RT 44536 - support for UniProt/UniProtKB tests [cjfields]
628     * Bio::SeqIO::largefasta
629         - parser returns a Bio::Seq::LargePrimarySeq [jhannah]
630     * Bio::SeqIO::raw
631         - add option for 'single' and 'multiple'
632     * Bio::SeqIO::scf
633         - bug 2881 - fix scf round-tripping [Adam Søgren]
634     * Bio::SeqUtils
635         - bug 2766, 2810 - copy over tags from features, doc fixes [David
636           Jackson]
637     * Bio::SimpleAlign
638         - bug 2793 - patch for add_seq index issue [jhannah, maj]
639         - bug 2801 - throw if args are required [cjfields]
640         - bug 2805 - uniq_seq returns SimpleAlign and hash ref of sequence types
641           [Tristan Lefebure, maj]
642         - bug fixes from YAPC hackathon [rbuels, jhannah, bvecchi]
643         - fix POD and add get_SeqFeatures filter [maj]
644     * Bio::Tools::dpAlign
645         - add support for LocatableSeq [ymc]
646         - to be moved to a separate distribution [cjfields, rbuels]
647     * Bio::Tools::EUtilities
648         - fix for two bugs from mail list [Adam Whitney, cjfields]
649         - add generic ItemContainerI interface for containing same methods
650           [cjfields]
651     * Bio::Tools::HMM
652         - fix up code, add more warnings [cjfields]
653         - to be moved to a separate distribution [cjfields, rbuels]
654     * Bio::Tools::Primer3
655         - bug 2862 - fenceposting issue fixed [maj]
656     * Bio::Tools::Run::RemoteBlast
657         - tests for remote RPS-BLAST [mcook]
658     * Bio::Tools::SeqPattern
659         - bug 2844 - backtranslate method [rbuels, jhannah, bvecchi]
660     * Bio::Tools::tRNAscanSE
661         - use 'gene' and 'exon' for proper SO, ensure ID is unique [jason]
662     * Bio::Tree::*
663         - bug 2456 - fix reroot_tree(), added create_node_on_branch() [maj]
664     * Bio::Tree::Statistics
665         - several methods for calculating Fitch-based score, internal trait
666           values, statratio(), sum of leaf distances [heikki]
667     * Bio::Tree::Tree
668         - bug 2869 - add docs indicating edge case where nodes can be
669           prematurely garbage-collected [cjfields]
670         - add as_text() function to create Tree as a string in specified format
671           [maj]
672     * Bio::Tree::TreeFunctionsI
673         - bug 2877 - fix bug where bootstrap assigned to the wrong node [Tristan
674           Lefebure, maj]
675     * Bio::TreeIO::newick
676         - fix small semicolon issue [cjfields]
677     * scripts
678         - update to bp_seqfeature_load for SQLite [lstein]
679         - hivq.pl - commmand-line interface to Bio::DB::HIV [maj]
680         - fastam9_to_table - fix for MPI output [jason]
681         - gccalc - total stats [jason]
682     * General Stuff
683         - POD cleanup re: FEEDBACK section [maj, cjfields]
684         - cleanup or fix dead links [cjfields]
685         - Use of no_* methods (indicating 'number of something') is deprecated
686           in favor of num_* [cjfields]
687         - lots of new tests for the above bugs and refactors [everyone!]
688         - new template for Komodo text editor [cjfields]
690 1.6.0 Winter 2009
691     * Feature/Annotation rollback
692         - Problematic changes introduced prior to the 1.5 release have been
693           rolled back. These changes led to subtle bugs involving operator
694           overloading and interface methods.
695         - Behavior is very similar to that for BioPerl 1.4, with tag values
696           being stored generically as simple scalars. Results in a modest
697           speedup.
698     * Bio::Graphics
699         - Split into a separate distribution on CPAN, primarily so development
700           isn't reliant on a complete BioPerl release.
701         - Bio::Graphics::Pictogram has been renamed to Bio::Draw::Pictogram but
702           is only available via Subversion (via bioperl-live main trunk)
703     * Bio::Root::Test
704         - Common test bed for all BioPerl modules
705     * Bio::Root::Build
706         - Common Module::Build-based subclass for all BioPerl modules
707     * Bio::DB::EUtilities
708         - Complete refactoring to split up parsing (Bio::Tools::EUtilities),
709           parameter handling (Bio::Tools::EUtilities::EUtilParameters),
710           and user agent request posting and retrieval
711     * Test implementation and reorganization
712         - Tests have been reorganized into groups based on classes or use
713           cases.
714         - Automated test coverage is now online:
715           http://www.bioperl.org/wiki/Test_Coverage
716         - After this release, untested modules will be moved into a
717           separate developer distribution until tests can be derived.
718           Also, new modules to be added are expected to have a test suite
719           and adequate test coverage.
721 1.5.2 Developer release
723     Full details of changes since 1.5.1 are available online at:
724     http://www.bioperl.org/wiki/Change_log
725     The following represents a brief overview of the most important changes.
727     o Bio::Map
728       - Overhaul. Brand new system fully allows markers to have multiple
729         positions on multiple maps, and to have relative positions. Should be
730         backward compatible.
732     o Bio::Taxonomy
733       - This module and all the modules in the Taxonomy directory now
734         deprecated in favour of Bio::Taxon and Bio::Tree::Tree
736     o Bio::DB::Taxonomy
738       - Taxonomy.pm
739         * get_Taxonomy_Node() eventually to be deprecated, renamed get_taxon().
741         * New methods ancestor(), each_Descendent() and _handle_internal_id().
743         * Allows for different database modules to create Bio::Taxon objects
744           with the same internal id when the same taxon is requested from each.
746       - flatfile.pm
747         * get_Children_Taxids() is deprecated, superceded by each_Descendent().
749         * No longer includes the fake root node 'root'; there are multiple roots
750           now (10239, 12884, 12908, 29384 and 131567). Consistent with entrez.pm
752       - entrez.pm
753         * get_node() has new option -full
755         * Caches data retrieved from website
757     o Bio::Species
758       - Now a Bio::Taxon. Carries out the species name -> specific name munging
759         that Bio::DB::Taxonomy modules and SeqIO modules used to do, for
760         backward compatability in species() method.
762     o Bio::Search and Bio::SearchIO
763       - Overhaul. The existing system has been sped up via some minor changes
764         (mostly gain-of-function to the API). Bio::PullParserI is introduced
765         as a potential eventual replacment for the existing system, though as
766         yet only a Hmmpfam parser exists written using it.
769 1.5.1 Developer release
771     o Major problem with how Annotations were written out with
772       Bio::Seq is fixed by reverting to old behavior for
773       Bio::Annotation objects.
775     o Bio::SeqIO
777      - genbank.pm
778        * bug #1871; REFLOOP' parsing loop, I changed the pattern to
779          expect at l east 9 spaces at the beginning of a line to
780          indicate line wrapping.
782        * Treat multi-line SOURCE sections correctly, this defect broke
783          both common_name() and classification()
785        * parse swissprot fields in genpept file
787        * parse WGS genbank records
789      - embl.pm
790         * Changed regexp for ID line. The capturing parentheses are
791           the same, the difference is an optional repeated-not-semi-
792           colon expression following the captured \S+. This means the
793           regexp works when the division looks like /PRO;/ or when the
794           division looks like /ANG ;/ - the latter is from EMBL
795           repbase
797         * fix ID line parsing: the molecule string can have spaces in
798           it. Like: "genomic DNA"
800      - swiss.pm: bugs  #1727, #1734
802      - entrezgene.pm
803         * Added parser for entrezgene ASN1 (text format) files.
804           Uses Bio::ASN1::EntrezGene as a low level parser (get it from CPAN)
806     o Bio::AlignIO
808      -  maf.pm coordinate problem fixed
810     o Bio::Taxonomy and Bio::DB::Taxonomy
812      - Parse NCBI XML now so that nearly all the taxonomy up-and-down
813        can be done via Web without downloading all the sequence.
815     o Bio::Tools::Run::RemoteBlast supports more options and complies
816       to changes to the NCBI interface. It is reccomended that you
817       retrieve the data in XML instead of plain-text BLAST report to
818       insure proper parsing and retrieval of all information as NCBI
819       fully expects to change things in the future.
821     o Bio::Tree and Bio::TreeIO
823       - Fixes so that re-rooting a tree works properly
825       - Writing out nhx format from a newick/nexus file will properly output
826         bootstrap information.  The use must move the internal node labels over
827         to bootstraps.
828          for my $node ( grep { ! $_->is_Leaf } $tree->get_nodes ) {
829             $node->bootstrap($node->id);
830             $node->id('');
831          }
832       - Nexus parsing is much more flexible now, does not care about
833         LF.
835       - Cladogram drawing module in Bio::Tree::Draw
837       - Node height and depth now properly calculated
839       - fix tree pruning algorithm so that node with 1 child gets merged
841     o Graphics tweaks.  Glyph::xyplot improved.  Many other small-medium sized
842       bugs and improvements were added, see Gbrowse mailing list for most of
843       these.
845     o Bio::DB::GFF partially supports GFF3.  See information about
846       gff3_munge flag in scripts/Bio-DB-GFF/bulk_load_gff.pl.
848     o Better location parsing in Bio::Factory::FTLocationFactory -
849       this is part of the engine for parsing EMBL/GenBank feature table
850       locations.  Nested join/order-by/complement are allowed now
852     o Bio::PrimarySeqI->translate now takes named parameters
854     o Bio::Tools::Phylo::PAML - parsing RST (ancestral sequence
855       reconstruction) is now supported.  Parsing different models and
856       branch specific parametes are now supported.
858     o Bio::Factory::FTLocationFactory - parse hierarchical locations
859       (joins of joins)
861     o Bio::Matrix::DistanceMatrix returns arrayrefs instead of arrays
862       for getter/setter functions
864     o Bio::SearchIO
866       - blast bug #1739; match scientific notation in score
867         and possible e+ values
869       - blast.pm reads more WU-BLAST parameters and parameters, match
870         a full database pathname,
872       - Handle NCBI WEB and newer BLAST formats specifically
873         (Query|Sbjct:) match in alignment blocks can now be (Query|Sbjct).
875       - psl off-by-one error fixed
877       - exonerate parsing much improved, CIGAR and VULGAR can be parsed
878         and HSPs can be constructed from them.
880       - HSPs query/hit now have a seqdesc field filled out (this was
881         always available via $hit->description and
882         $result->query_description
884       - hmmer.pm can parse -A0 hmmpfam files
886       - Writer::GbrowseGFF more customizeable.
888     o Bio::Tools::Hmmpfam
889       make e-value default score displayed in gff, rather than raw score
890       allow parse of multiple records
893 1.5 Developer release
895     o Bio::Align::DNAStatistics and Bio::Align::ProteinStatistics
896       provide Jukes-Cantor and Kimura pairwise distance methods,
897       respectively.
899     o Bio::AlignIO support for "po" format of POA, and "maf";
900       Bio::AlignIO::largemultifasta is a new alternative to
901       Bio::AlignIO::fasta for temporary file-based manipulation of
902       particularly large multiple sequence alignments.
904     o Bio::Assembly::Singlet allows orphan, unassembled sequences to
905       be treated similarly as an assembled contig.
907     o Bio::CodonUsage provides new rare_codon() and probable_codons()
908       methods for identifying particular codons that encode a given
909       amino acid.
911     o Bio::Coordinate::Utils provides new from_align() method to build
912       a Bio::Coordinate pair directly from a
913       Bio::Align::AlignI-conforming object.
915     o Bio::DB::Biblio::eutils is a class for querying NCBI's Eutils.
916       Send a Pubmed, Pubmed Central, Entrez, or other query to NCBI's
917       web service using standard Pubmed query syntax, and retrieve
918       results as XML.
920     o Bio::DB::GFF has various sundry bug fixes.
922     o Bio::FeatureIO is a new SeqIO-style subsystem for
923       writing/reading genomic features to/from files.  I/O classes
924       exist for BED, GTF (aka GFF v2.5), and GFF v3.  Bio::FeatureIO
925       classes only read/write Bio::SeqFeature::Annotated objects.
926       Notably, the GFF v3 class requires features to be typed into the
927       Sequence Ontology.
929     o Bio::Graph namespace contains new modules for manipulation and
930       analysis of protein interaction graphs.
932     o Bio::Graphics has many bug fixes and shiny new glyphs.
934     o Bio::Index::Hmmer and Bio::Index::Qual provide multiple-file
935       indexing for HMMER reports and FASTA qual files, respectively.
937     o Bio::Map::Clone, Bio::Map::Contig, and Bio::Map::FPCMarker are
938       new objects that can be placed within a Bio::Map::MapI-compliant
939       genetic/physical map; Bio::Map::Physical provides a new physical
940       map type; Bio::MapIO::fpc provides finger-printed clone mapping
941       import.
943     o Bio::Matrix::PSM provide new support for postion-specific
944       (scoring) matrices (e.g. profiles, or "possums").
946     o Bio::Ontology::Ontology and Bio::Ontology::Term objects can now
947       be instantiated without explicitly using Bio::OntologyIO.  This
948       is possible through changes to Bio::Ontology::OntologyStore to
949       download ontology files from the web as necessary.  Locations of
950       ontology files are hard-coded into
951       Bio::Ontology::DocumentRegistry.
953     o Bio::PopGen includes many new methods and data types for
954       population genetics analyses.
956     o New constructor to Bio::Range, unions().  Given a list of
957       ranges, returns another list of "flattened" ranges --
958       overlapping ranges are merged into a single range with the
959       mininum and maximum coordinates of the entire overlapping group.
961     o Bio::Root::IO now supports -url, in addition to -file and -fh.
962       The new -url argument allows one to specify the network address
963       of a file for input.  -url currently only works for GET
964       requests, and thus is read-only.
966     o Bio::SearchIO::hmmer now returns individual Hit objects for each
967       domain alignment (thus containing only one HSP); previously
968       separate alignments would be merged into one hit if the domain
969       involved in the alignments was the same, but this only worked
970       when the repeated domain occured without interruption by any
971       other domain, leading to a confusing mixture of Hit and HSP
972       objects.
974     o Bio::Search::Result::ResultI-compliant report objects now
975       implement the "get_statistics" method to access
976       Bio::Search::StatisticsI objects that encapsulate any
977       statistical parameters associated with the search (e.g. Karlin's
978       lambda for BLAST/FASTA).
980     o Bio::Seq::LargeLocatableSeq combines the functionality already
981       found in Bio::Seq::LargeSeq and Bio::LocatableSeq.
983     o Bio::SeqFeature::Annotated is a replacement for
984       Bio::SeqFeature::Generic.  It breaks compliance with the
985       Bio::SeqFeatureI interface because the author was sick of
986       dealing with untyped annotation tags.  All
987       Bio::SeqFeature::Annotated annotations are Bio::AnnotationI
988       compliant, and accessible through Bio::Annotation::Collection.
990     o Bio::SeqFeature::Primer implements a Tm() method for primer
991       melting point predictions.
993     o Bio::SeqIO now supports AGAVE, BSML (via SAX), CHAOS-XML,
994       InterProScan-XML, TIGR-XML, and NCBI TinySeq formats.
996     o Bio::Taxonomy::Node now implements the methods necessary for
997       Bio::Species interoperability.
999     o Bio::Tools::CodonTable has new reverse_translate_all() and
1000       make_iupac_string() methods.
1002     o Bio::Tools::dpAlign now provides sequence profile alignments.
1004     o Bio::Tools::GFF now parses GFF version 2.5 (a.k.a. GTF).
1006     o Bio::Tools::Fgenesh, Bio::Tools::tRNAscanSE are new report
1007       parsers.
1009     o Bio::Tools::SiRNA includes two new rulesets (Saigo and Tuschl)
1010       for designing small inhibitory RNA.
1012     o Bio::Tree::DistanceFactory provides NJ and UPGMA tree-building
1013       methods based on a distance matrix.
1015     o Bio::Tree::Statistics provides an assess_bootstrap() method to
1016       calculate bootstrap support values on a guide tree topology,
1017       based on provided bootstrap tree topologies.
1019     o Bio::TreeIO now supports the Pagel (PAG) tree format.
1021 1.4 branch
1023 1.4.1
1025   o Improvements to Bio::AlignIO::nexus for parsing TreeBase nexus files
1027   o Bio::Graphics will work with gd1 or gd2
1029   o Bio::SearchIO
1030    - hmmer.pm Better hmmpfam parsing, fix bug for small number of alignment outputs
1031      (RF lines alone)
1032    - blast.pm Parse multi-line query fields properly
1033    - small speed improvements to blasttable.pm and others
1035   o Bio::DB::Taxonomy has better support for hierarchy traversal so that
1036     Bio::Taxonomy::Node can be as simple as Bio::Species object while still
1037     supporting more complex queries
1040 1.4. Stable major release
1042 Since initial 1.2.0, 3000 separate changes have been made to make this release.
1044    o installable scripts
1046    o global module version from Bio::Root:Version
1048    o Bio::Graphics
1049       - major improvements; SVG support
1051    o Bio::Popgen
1052      - population genetics
1053      - support several population genetics types of questions.
1054      - Tests for statistical neutrality of mutations
1055        (Fu and Li's D/F, Tajima's D) are in Bio::PopGen::Statistics.
1056        Tests of population structure (Wright's F-statistic: Fst) is in
1057        Bio::PopGen::PopStats. Calculating composite linkage
1058        disequilibrium (LD) is available in Bio::PopGen::Statistics as
1059        well.
1060      - Bio::PopGen::IO for reading in prettybase (SeattleSNPs)
1061        and csv (comma delimited formatted) data.
1063      - a directory for implementing population simulations has
1064        been added Bio::PopGen::Simulation and 2 simulations - a
1065        Coalescent and a simple single-locus multi-allele genetic drift
1066        simulation have been provided.  This replaces the code in
1067        Bio::Tree::RandomTree which has been deprecated until proper
1068        methods for generating random phylogenetic trees are
1069        implemented.
1071    o Bio::Restriction
1072       - new restrion analysis modules
1074    o Bio::Tools::Analysis
1075       - web based DNA and Protein analysis framework and several
1076         implementations
1078    o Bio::Seq::Meta
1079      - per residue annotable sequences
1081    o Bio::Matrix
1082       - Bio::Matrix::PSM - Position Scoring Matrix
1083       - Bio::Matrix::IO has been added for generalized parsing of
1084         matrix data.  Matrix::IO::scoring and Matrix::IO::phylip are
1085         initial implementations for parsing BLOSUM/PAM and Phylip
1086         Distance matricies respectively.  A generic matrix
1087         implementation for general use was added in
1088         Bio::Matrix::Generic.
1090    o Bio::Ontology
1091      - major changes
1093    o Bio:Tree
1095    o Bio::Tools::SiRNA, Bio::SeqFeature::SiRNA
1096      - small inhibitory RNA
1098    o Bio::SeqFeature::Tools
1099      - seqFeature mapping tools
1100      - Bio::SeqFeature::Tools::Unflattener.pm
1101        -- deal with mapping GenBank feature collections into
1102           Chado/GFF3 processable feature sets (with SO term mappings)
1104    o Bio::Tools::dpAlign
1105      - pure perl dynamic programming sequence alignment
1106      - needs Bioperl-ext
1108    o new Bio::SearchIO formats
1109      - axt and psl:  UCSC formats.
1110      - blasttable: NCBI -m 8 or -m 9 format from blastall
1112    o new Bio::SeqIO formats
1113      - chado, tab, kegg, tigr, game
1114      - important fixes for old modules
1116    o Bio::AlignIO: maf
1118    o improved Bio::Tools::Genewise
1120    o Bio::SeqIO now can recongnize sequence formats automatically from
1121      stream
1123    o new parsers in Bio::Tools:
1124       Blat, Geneid, Lagan, Mdust, Promoterwise, PrositeScan,
1126    o Bio::DB::Registry bugs fixed
1127      - BerkeleyDB-indexed flat files can be used by the OBDA system
1128      - Multiple seqdatabase.ini locations in OBDA_SEARCH_PATH are all
1129        used by the OBDA system
1131    o several new HOWTOs
1132      - SimpleWebAnalysis, Trees, Feature Annotation, OBDA Access, Flat
1133        Databases
1135    o hundreds of new and improved files
1138    o
1139    o Bio::Tree::AlleleNode has been updated to be a container of
1140      an Bio::PopGen::Individual object for use in the Coalescent simulations.
1143 1.2 Branch
1145 1.2.3 Stable release update
1146     o Bug #1475 - Fix and add speedup to spliced_seq for remote location
1147                   handling.
1148     o Bug #1477 - Sel --> Sec abbreviation fixed
1149     o Fix bug #1487 where paring in-between locations when
1150       end < start caused the FTLocationFactory logic to fail.
1151     o Fix bug #1489 which was not dealing with keywords as an
1152       arrayref properly (this is fixed on the main trunk because
1153       keywords returns a string and the array is accessible via
1154       get_keywords).
1155     o Bio::Tree::Tree memory leak (bug #1480) fixed
1156       Added a new initialization option -nodelete which
1157       won't try and cleanup the containing nodes if this
1158       is true.
1159      o Bug with parsing labeled nodes with Bio::TreeIO::newick fixed
1160        this was only present on the branch for the 1.2.1 and 1.2.2 series
1161        - Also merged main trunk changes to the branch which make
1162          newick -> nhx round tripping more effective (storing branch length
1163          and bootstrap values in same locate for NodeNHX and Node
1164          implementations.)  Fixes to TreeIO parsing for labeled internal
1165          also required small changes to TreeIO::nhx.  Improved
1166          tests for this module as well.
1167     o Bio::SearchIO
1168       - Fixed bugs in BLAST parsing which couldn't parse NCBI
1169         gapped blast properly (was losing hit significance values due to
1170         the extra unexpeted column).
1171       - Parsing of blastcl3 (netblast from NCBI) now can handle case of
1172         integer overflow (# of letters in nt seq dbs is > MAX_INT)
1173         although doesn't try to correct it - will get the negative
1174         number for you.  Added a test for this as well.
1175       - Fixed HMMER parsing bug which prevented parsing when a hmmpfam report
1176         has no top-level family classification scores but does have scores and
1177         alignments for individual domains.
1178       - Parsing FASTA reports where ungapped percent ID is < 10 and the
1179         regular expression to match the line was missing the possibility of
1180         an extra space.  This is rare, which is why we probably did not
1181         catch it before.
1182       - BLAST parsing picks up more of the statistics/parameter fields
1183         at the bottom of reports.  Still not fully complete.
1184       - SearchIO::Writer::HTMLResultWriter and TextResultWriter
1185         were fixed to include many improvements and added flexiblity
1186         in outputting the files.  Bug #1495 was also fixed in the process.
1187      o Bio::DB::GFF
1188       - Update for GFF3 compatibility.
1189       - Added scripts for importing from UCSC and GenBank.
1190       - Added a 1.2003 version number.
1191      o Bio::Graphics
1192       - Updated tutorial.
1193       - Added a 1.2003 version number.
1194      o SeqIO::swiss Bug #1504 fixed with swiss writing which was not
1195        properly writing keywords out.
1196      o Bio::SeqIO::genbank
1197       - Fixed bug/enhancement #1513 where dates of
1198         the form D-MMM-YYYY were not parsed.  Even though this is
1199         invalid format we can handle it - and also cleanup the date
1200         string so it is properly formatted.
1201       - Bug/enhancement #1517 fixed so that SEGMENT line can be parsed
1202         and written with Genbank format.  Similarly bug #1515 is fixed to
1203         parse in the ORIGIN text.
1204      o Bio::SeqIO::fasta, a new method called preferred_id_type allows you
1205        to specify the ID type, one of (accession accession.version
1206        display primary).  See Bio::SeqIO::preferred_id_type method
1207        documentation for more information.
1208      o Unigene parsing updated to handle file format changes by NCBI
1210 1.2.2 Stable release update
1212     o A series of bug fixes of the Bio::OntologyIO dagflat-related parsers:
1213       - auto-discover ontology name
1214       - bug in parsing relationships when certain characters are in the term
1215       - fixed hard-coded prefix for term identifiers
1216       - various smaller issues
1218     o Fixed bug in Bio::Annotation::OntologyTerm of not implementing all
1219       of Bio::Ontology::TermI
1221     o brought the OBDA Registry code up to latest specs
1223     o Bio::DB::GenBank
1224       - eutils URL change
1225       - accession number retrieval fixed
1227     o Bio::SearchIO::blast - fix bug #1443 (missing last hits), parse megablast
1229     o Bio::SearchIO::Writer::(HTML|Text)ResultWriter fix bugs #1458,
1230       #1459 which now properly report alignment start/end info
1231       for translated BLAST/FASTA searches.
1233     o Bio::TreeIO::newick can parse labeled internal nodes
1235     o Bio::Tools::BPbl2seq can properly report strand info for HSPs
1236       for BLASTX if if you provide -report_type => 'BLASTX' when
1237       initializing a BPbl2seq object.  Bioperl 1.3 will have better
1238       support for bl2seq in the SearchIO system.
1240     o Bio::Root::IO support a -noclose boolean flag which will not
1241       close a filehandle upon object cleanup - useful when sharing
1242       a filehandle among objects.  Additionally code added s.t.
1243       STDOUT/STDIN/STDERR will never be closed by Root::IO cleanup.
1245     o Bio::Tools::Genemark bug #1435 fixed which was missing last prediction
1247     o Bio::SeqIO::genbank
1248       - bug #1456 fixed which generated extra sequence lines
1249       - write moltype correctly for genpept
1251 1.2.1 Stable release update
1253     o Inclusion of WrapperBase, a needed component for StandAloneBlast
1255     o Addition from main trunk of Ontology objects, principly to allow
1256       BioSQL releases against 1.2.1
1258     o Fixes and cleanup of Bio::Coordinate modules
1260     o A fix to Bio::Index::EMBL allowing  retrieval of entries using
1261       the primary accession number
1263     o Other bug fixes, including bpindex GenBank fix
1265     o Bio::SeqIO::genbank bug #1389 fixed
1267 1.2  Stable major release
1269     o More functionality added to Bio::Perl, the newbie module
1271     o Bug fixes in Bio::TreeIO::newick fixes bug introduced in 1.0.2
1272       Support for New Hampshire Extended (NHX) format parsing.
1274     o Bio::Tools added support for parsing Genomewise, Pseudowise, Est2Genome,
1275       Tmhmm, SignalP, Seg, RepeatMasker, FootPrinter, and a lightweight
1276       Hmmpfam parser.
1278     o New ontology parsing Bio::Ontology
1280     o Bug fixes in Bio::SearchIO for HMMer parsing, support for
1281       multi-report (mlib) fasta reports, support for waba and exonerate.
1283     o Bio::ClusterIO for parsing Unigene clusters
1285     o Bio::Assembly added for representing phrap and ace assembly clusters.
1287     o Rudimentary support for writing Chado XML (see
1288       GMOD project: www.gmod.org for more information)
1290     o Bio::Coordinate for mapping between different coordinate systems such
1291       as protein -> cDNA -> Exon -> DNA and back.  Useful for mapping
1292       features into different coordinate systems.
1294     o Bio::DB::GenBank/Bio::DB::GenPept now support Entrez queries
1295       with the get_Stream_by_query method and supports the latest
1296       NCBI eutils interface.
1298     o Bugs fixed in Bio::SeqFeature::Collection an in-memory fast
1299       object for extracting subsets of features : currently only
1300       supports extraction by location.
1302 1.1.1 Developer release
1304     o Deprecated modules are now listed in the DEPRECATED file
1306     o New HowTo documents located in doc/howto describing
1307       a domain of Bioperl.
1309     o Note that bugs are now stored at redmine.open-bio.org/projects/bioperl/
1310       and all old bugs are searchable through the bugzilla interface.
1312     o Several reported bugs in Bio::Tools::Sigcleave and Bio::SimpleAlign
1313       have been addressed.
1315     o Support for Genewise parsing in Bio::Tools::Genewise
1317     o Start of Ontology framework with Bio::Ontology
1319     o Speedup to the Bio::Root::Root object method _rearrange.
1320       A global _load_module method was implemented to simplify the
1321       dynamic loading of modules ala Bio::SeqIO::genbank.  This
1322       method is now used by all the XXIO (AlignIO,TreeIO,SearchIO,SeqIO,
1323       etc).
1325     o Several performance improvements to sequence parsing in Bio::SeqIO.
1326       Attempt to speedup by reducing object creation overhead.
1328     o Bio::DB::GenBank and Bio::DB::GenPept use the NCBI's approved
1329       method for sequence retrieval with their E-utils CGI scripts.
1330       More work to support Entrez queries to their fullest is planned
1331       before 1.2 release.
1333     o Numerous fixes to Bio::SearchIO and sequence parsing (swissprot)
1335 1.1 Developer release
1337     o Bio::Tools::Run has been broken off into a new pkg bioperl-run,
1338       this separation removes some of the complexity in our test suite
1339       and separates the core modules in bioperl from those that need
1340       external programs to run.
1342     o With latest ExtUtils::MakeMaker module installed SGI/IRIX should
1343       not run into trouble running the makefile
1345     o Bio::Location and Bio::SeqIO::FTHelper are fixed to properly
1346       read,create,and write locations for grouped/split locations
1347       (like mRNA features on genomic sequence).
1349     o Bio::Tools::Phlyo added for wrappers for parsing Molphy (protml)
1350       and PAML (codeml,aaml, etc) parsing.
1352     o Bio::Tree:: objects expanded to handle testing monophyly,
1353       paraphyly, least common ancestor, etc.
1355     o Bio::Coordinate for mapping locations from different coordinate spaces
1357     o Bio::SearchIO::waba added for parsing WABA, Bio::SearchIO::hmmer
1358       added for parsing hmmpfam and hmmsearch output.
1360     o Bio::SearchIO::Writer::TextResultWriter for outputting
1361       a pseudo-blast textfile format
1364 1.0.2 Bug fix release
1366     o Note: The modules Bio::DB::GenBank and Bio::DB::GenPept provided
1367       in this release will not work after December 2002 when NCBI
1368       shuts off the old Entrez cgi scripts.  We have already fixed
1369       on our main development branch and the functionality will be
1370       available in the next stable bioperl release (1.2) slated for
1371       Fall 2002.
1373     o Numerous parsing bugs in Bio::SearchIO::fasta found through
1374       testset by Robin Emig.  These were fixed as was the get_aln
1375       method in Bio::Search::HSP::GenericHSP to handle the extra
1376       context sequence that is provided with a FastA alignment.
1378     o Migrating differences between Bio::Search::XX::BlastXX to
1379       Bio::Search::XX::GenericXX objects.  This included mechanism
1380       to retrieve whole list of HSPs from Hits and whole list of Hits from
1381       Results in addition to the current next_XX iterator methods that
1382       are available.  Added seq_inds() method to GenericHSP which identifies
1383       indexes in the query or hit sequences where conserved,identical,gaps,
1384       or mismatch residues are located (adapted from Steve Chervitz's
1385       implementation in BlastHSP).
1387     o Bio::DB::GFF bugs fixed and are necessary for latest GBrowse release.
1388       Bio::DB::GFF::RelSegment is now Bio::SeqI compliant.
1390     o Bio::Graphics glyph set improved and extended for GBrowse release
1392     o Bio::Tree::Tree get_nodes implementation improvement thanks
1393       to Howard Ross notice performance problem when writing out
1394       unbalanced trees.
1396     o Bio::Location::Fuzzy::new named parameter -loc_type became
1397       -location_type, Bio::Location::Simple::new named parameter
1398       -seqid becamse -seq_id.
1400     o Fixed major Bio::AlignIO::emboss parsing bug on needle output,
1401       was mis-detecting that gaps should be placed at the beginning of
1402       the alignment when the best alignment starts internally in the
1403       sequence.
1405 1.0.1 Bug fix release
1407     o Minor bug fixes to Bio::DB:GFF.  Glyph sets improved.
1409     o Parser fixes in SearchIO blast, fasta for more complete WU BLAST
1410       and mixed (3.3 - 3.4) versions of FASTA.
1412     o Small API change to add methods for completeness across
1413       implementations of Bio::Search objects.  These new methods
1414       in the interface are implemented by the GenericXX object as well
1415       as the BlastXX objects.
1416         * Bio::Search::Result::ResultI
1417          - hits() method returns list of all Hits (next_hit is an
1418            iterator method)
1420         * Bio::Search::Hit::HitI
1421          - hsps() method returns list of all HSPs (next_hsp is an
1422            iterator method)
1424     o The Bio::SearchIO::Writer classes have been fixed to handle results
1425        created from either psiblast (Search::BlastXX objects) or
1426        blast|fasta|blastxml objects (Search::GenericXX objects).  More work
1427        has to be done here to make it work properly and will nee major
1428        API changes.
1430     o Bugs in Bio::Tools::HMMER fixed, including
1431        * #1178 - Root::IO destructor wasn't being called
1432        * #1034 - filter_on_cutoff now behaves properly
1434     o Bio::SeqFeature::Computation initialization args fixed and
1435       tests added.
1437     o Tests are somewhat cleaner, flat.t now properly cleans up after itsself,
1439     o Updated FAQ with more example based answers to typical questions
1441     o Bug #1202 was fixed which would improperly join together qual values
1442       parsed by Bio::SeqIO::qual when a trailing space was not present before
1443       the newline.
1445 1.0.0 Major Stable Release
1447   This represents a major release of bioperl with significant
1448   improvements over the 0.7.x series of releases.
1450     o Bio::Tools::Blast is officially deprecated.  Please see
1451       Bio::SearchIO for BLAST and FastA parsing.
1453     o The methods trunc() and subseq() in Bio::PrimarySeqI now accepts
1454       Bio::LocationI objects as well as start/end.
1456     o Bio::Biblio contains modules for Bibliographic data.
1457       Bio::DB::Biblio contains the query modules.  Additionally one can
1458       parse medlinexml from the ebi bibliographic query service (BQS)
1459       system and Pubmed xml from NCBI.  See Martin Senger's
1460       documentation in Bio::Biblio for more information.
1462     o Bio::DB::Registry is a sequence database registry part of
1463       Open Bioinformatics Database Access.  See
1464       http://obda.open-bio.org for more information.
1466     o File-based and In-Memory Sequence caching is provided by
1467       Bio::DB::InMemoryCache and Bio::DB::FileCache which acts like a
1468       local database.
1470     o Bio::Graphics for rendering sequences as PNG,JPG, or GIFs has
1471       been added by Lincoln Stein.
1473     o XEMBL SOAP service access in provided in Bio::DB::XEMBL.
1475     o A FAQ has been started and is included in the release to provide
1476       a starting point for frequent questions and issues.
1478 0.9.3 Developer's release
1480     o Event based parsing system improved (SearchIO).  With parsers for
1481       XML Blast (blastxml), Text Blast (blast), and FASTA results (fasta).
1482       Additionally a lazy parsing system for text and html blast reports was
1483       added and is called psiblast (name subject to change in future releases).
1485     o Bio::Search objects improved and standardized with associated Interfaces
1486       written.  The concept of a search "Hit" was standardized to be called
1487       "hit" consistently and the use of "subject" was deprecated in all active
1488       modules.
1490     o Bio::Structure added (since 0.9.1) for Protein structure objects
1491       and PDB parser to retrieve and write these structures from data files.
1493     o Several important Bio::DB::GFF bug fixes for handling features that
1494       are mapped to multiple reference points.  Updated mysql adaptor
1495       so as to be able to store large (>100 megabase) chunks of DNA into
1496       Bio::DB::GFF databases.
1498 0.9.2 Developer's release
1500     o Bio::Search and Bio::SearchIO system introduced for event based
1501       parsing of Blast,Fasta reports Bio::SearchIO supports ncbi BLAST
1502       in text and XML and FASTA reports in standard output format.
1504     o Bio::Tree and Bio::TreeIO for phylogenetic trees.  A Random tree
1505       generator is included in Bio::TreeIO::RandomTrees and a
1506       statistics module for evaluating.
1508     o Bio::DB::GFF, Lincoln Stein's GFF database suitable as a DB
1509       server for DAS servers.
1511     o Bio::Tools::BPlite is provides more robust parsing of BLAST
1512       files.  The entire BPlite system migrated to using Bio::Root::IO
1513       for the data stream.
1515     o Bio::Tools::Alignment for Consed and sequence Trimming
1516       functionality.
1518     o Bio::Structure for Protein structure information and parsing
1520     o Bio::DB::GenBank/Bio::DB::GenPept updated to new NCBI Entrez
1521       cgi-bin entry point which should be more reliable.
1523     o Bio::Map and Bio::MapIO for biological map navigation and a
1524       framework afor parsing them in.  Only preliminary work here.
1526     o Interface for executing EMBOSS programs locally in Bio::Factory::EMBOSS
1527       Future work will integrate Pise and allow submission of analysis on
1528       remote servers.
1530     o Bio::AnnotationCollectionI and Bio::Annotation::Collection
1531       introduced as new objects for handling Sequence Annotation
1532       information (dblinks, references, etc) and is more robust that
1533       previous system.
1535     o Bio::Tools::FASTAParser introduced.
1537     o Scripts from the bioperl script submission project and new
1538       scripts from bioperl authors are included in "scripts" directory.
1540     o Factory objects and interfaces are being introduced and are more
1541       strictly enforced.
1543     o Bio::Root::Root introduced as the base object while
1544       Bio::Root::RootI is now simply an interface.
1546     o Bio::DB::RefSeq provides database access to copy of the NCBI
1547       RefSeq database using the EBI dbfetch script.
1549 0.9.0 Developer's release
1551     o perl version at least 5.005 is now required instead of perl 5.004
1553     o Bio::Tools::Run::RemoteBlast is available for running remote
1554       blast jobs at NCBI.
1556     o Bio::Tools::BPbl2seq was fixed to handle multiple HSPs.
1558     o Bio::SeqFeature::GeneStructure migrated to Bio::SeqFeature::Gene.
1559       Also added are related modules UTR3, UTR5, Exon, Intron,
1560       Promotor, PolyA and Transcript.
1562     o Speedup of translate method in PrimarySeq
1564     o Bio::SimpleAlign has new methods: location_from_column(), slice(),
1565       select(), dot(), get_seq_by_pos(), column_from_residue_number()
1567     o Various fixes to Variation toolkit
1569     o Bio::DB::EMBL provides database access to EMBL sequence data.
1570       Bio::DB::Universal provides a central way to point to indexes
1571       and dbs in a single interface.
1573     o Bio::DB::GFF - a database suitable for running DAS servers locally.
1575     o Bio::Factory::EMBOSS is still in design phase as is
1576       Bio::Factory::ApplicationFactoryI
1578     o Dia models for bioperl design are provided in the models/ directory
1580 0.7.2 Bug fix release
1582     o documentation fixes in many modules - SYNOPSIS code verified
1583       to be runnable in many (but not all modules)
1585     o corrected MANIFEST file from 0.7.1 release
1587     o Bug fix in Bio::SeqIO::FTHelper to properly handle
1588       split locations
1590     o Bio::SeqIO::genbank
1591         * Correct parsing and writing of genbank format with protein data
1592         * moltype and molecule separation
1594     o Bio::SeqIO::largefasta fix to avoid inifinite loops
1596     o Bio::SimpleAlign fixed to correctly handle consensus
1597       sequence calculation
1599     o Bio::Tools::HMMER supports hmmer 2.2g
1601     o Bio::Tools::BPlite to support report type specific parsing.  Most
1602       major changes are not on the 0.7 branch.
1604     o Bio::Tools::Run::StandAloneBlast exists_blast() fixed and works
1605       with File::Spec
1607     o Bio::Variation::AAChange/RNAChange corrected labels and mutated alleles
1608         in several types of mutations:
1609         1.) AA level: deletion, complex
1610         2.) AA level: complex, inframe
1611         3.) RNA level: silent
1613     o  BPbl2seq parsing of empty reports will not die, but will return
1614        a valid, empty, Bio::SeqFeature::SimilarityFeature for
1615        $report->query() and $report->subject() methods.  So an easy
1616        way to test if report was empty is to see if
1617        $report->query->seqname is undefined.
1619 0.7.1 Bug fix release
1621     o Better parsing of genbank/EMBL files especially fixing bugs
1622       related to Feature table parsing and locations on remote
1623       sequences.  Additionally, species name parsing was better.
1625     o Bio::SeqIO::genbank can parse now NCBI produced genbank database
1626       which include a number of header lines.
1628     o More strict genbank and EMBL format writing (corrected number of
1629       spaces where appropriate).
1631     o Bio::Tools::BPlite can better parse BLASTX reports - see BUGS
1632       for related BPlite BUGS that are unresolved in this release.
1634     o Bio::DB::GenBank, Bio::DB::GenPept have less problems
1635       downloading sequences from NCBI via HTTP.  Bio::DB::SwissProt can
1636       use expasy mirrors or EBI dbfetch cgi-script.
1638     o A moderate number of documentation improvements were made as
1639       well to provide a better code synopsis in each module.
1642 0.7  Large number of changes, including refactoring of the
1643      Object system, new parsers, new functionality and
1644      all round better system. Highlights are:
1647      o Refactored root of inheritance: moved to a lightweight Bio::Root::RootI;
1648        Bio::Root::IO for I/O and file/handle capabilities.
1650      o Imported BPlite modules from Ian Korf for BLAST
1651        parsing. This is considered the supported BLAST parser;
1652        Bio::Tools::Blast.pm will eventually phase out due to lack of support.
1654      o Improved Sequence Feature model. Added complete location
1655        modelling (with fuzzy and compound locations).  See
1656        Bio::LocationI and the modules under Bio/Location.  Added
1657        support in Genbank/EMBL format parsing to completely parse
1658        feature tables for complex locations.
1660      o Moved special support for databanks etc to specialized modules under
1661        Bio/Seq/. One of these supports very large sequences through
1662        a temporary file as a backend.
1664      o Explicit Gene, Transcript and Exon SeqFeature objects, supporting
1665        CDS retrieval and exon shuffling.
1667      o More parsers: Sim4, Genscan, MZEF, ESTScan, BPbl2seq, GFF
1669      o Refactored Bio/DB/GenBank+GenPept. There is now also DB/SwissProt and
1670        DB/GDB (the latter has platform-specific limitations).
1672      o New analysis parser framework for HT sequence annotation (see
1673        Bio::SeqAnalysisParserI and Bio::Factory::SeqAnalysisParserFactory)
1675      o New Alignment IO framework
1677      o New Index modules (Swissprot)
1679      o New modules for running Blast within perl
1680        (Bio::Tools::Run::StandAloneBlast). Added modules for running
1681        Multiple Sequence Alignment tools ClustalW and TCoffee
1682        (Bio::Tools::Run::Alignment).
1684      o New Cookbook-style tutorial (see bptutorial.pl). Improved
1685        documentation across the package.
1687      o Much improved cross platform support. Many known incompatibilities
1688        have been fixed; however, NT and Mac do not work across the entire
1689        setup (see PLATFORMS).
1691      o Many bug fixes, code restructuring, etc. Overall stability and
1692        maintainability benefit a lot.
1694      o A total of 957 automatic tests
1697 0.6.2
1699    There are very few functionality changes but a large
1700    number of software improvements/bug fixes across the package.
1702    o The EMBL/GenBank parsing are improved.
1704    o The Swissprot reading is improved. Swissprot writing
1705      is disabled as it doesn't work at all. This needs to
1706      wait for 0.7 release
1708    o BLAST reports with no hits are correctly parsed.
1710    o Several other bugs of the BLAST parser (regular expressions, ...)
1711      fixed.
1713    o Old syntax calls have been replaced with more modern syntax
1715    o Modules that did not work at all, in particular the Sim4
1716      set have been removed
1718    o Bio::SeqFeature::Generic and Bio::SeqFeature::FeaturePair
1719      have improved compliance with interface specs and documentation
1721    o Mailing list documentation updated throughout the distribution
1723    o Most minor bug fixes have happened.
1725    o The scripts in /examples now work and have the modern syntax
1726      rather than the deprecated syntax
1729 0.6.1  Sun April 2 2000
1731    o Sequences can have Sequence Features attached to them
1732         - The sequence features can be read from or written to
1733           EMBL and GenBank style flat files
1735    o Objects for Annotation, including References (but not
1736      full medline abstracts), Database links and Comments are
1737      provided
1739    o A Species object to represent nodes on a taxonomy tree
1740      is provided
1742    o The ability to parse HMMER and Sim4 output has been added
1744    o The Blast parsing has been improved, with better PSI-BLAST
1745      support and better overall behaviour.
1747    o Flat file indexed databases provide both random access
1748      and sequential access to their component sequences.
1750    o A CodonTable object has been written with all known
1751      CodonTables accessible.
1753    o A number of new lightweight analysis tools have been
1754      added, such as molecular weight determination.
1756     The 0.6 release also has improved software engineering
1758    o The sequence objects have been rewritten, providing more
1759      maintainable and easier to implement objects. These
1760      objects are backwardly compatible with the 0.05.1 objects
1762    o Many objects are defined in terms of interfaces and then
1763      a Perl implementation has been provided. The interfaces
1764      are found in the 'I' files (module names ending in 'I').
1766      This means that it is possible to wrap C/CORBA/SQL access
1767      as true "bioperl" objects, compatible with the rest of
1768      bioperl.
1770    o The SeqIO system has been overhauled to provide better
1771      processing and perl-like automatic interpretation of <>
1772      over arguments.
1774    o Many more tests have been added (a total of 172 automatic
1775      tests are now run before release).
1779 0.05.1 Tue Jun 29 05:30:44 1999
1780         - Central distribution now requires Perl 5.004. This was
1781           done to get around 5.003-based problems in Bio/Index/*
1782           and SimpleAlign.
1783         - Various bug fixes in the Bio::Tools::Blast modules
1784           including better exception handling and PSI-Blast
1785           support. See Bio/Tools/Blast/CHANGES for more.
1786         - Fixed the Parse mechanism in Seq.pm to use readseq.
1787           Follow the instructions in README for how to install
1788           it (basically, you have to edit Parse.pm).
1789         - Improved documentation of Seq.pm, indicating where
1790           objects are returned and where strings are returned.
1791         - Fixed uninitialized warnings in Bio::Root::Object.pm
1792           and Bio::Tools::SeqPattern.pm.
1793         - Bug fixes for PR#s: 30,31,33-35,41,42,44,45,47-50,52.
1795 0.05  Sun Apr 25 01:14:11 1999
1796         - Bio::Tools::Blast modules have less memory problems
1797           and faster parsing. Webblast uses LWP and supports
1798           more functionality. See Bio/Tools/Blast/CHANGES for more.
1799         - The Bio::SeqIO system has been started, moving the
1800           sequence reformatting code out of the sequence object
1801         - The Bio::Index:: system has been started, providing
1802           generic index capabilities and specifically works for
1803           Fasta formatted databases and EMBL .dat formatted
1804           databases
1805         - The Bio::DB:: system started, providing access to
1806           databases, both via flat file + index (see above) and
1807           via http to NCBI
1808         - The scripts/ directory, where industrial strength scripts
1809           are put has been started.
1810         - Many changes - a better distribution all round.
1812 0.04.4  Wed Feb 17 02:20:13 1999
1813         - Bug fixes in the Bio::Tools::Blast modules and postclient.pl
1814           (see Bio::Tools::Blast::CHANGES).
1815         - Fixed a bug in Bio::Tools::Fasta::num_seqs().
1816         - Beefed up the t/Fasta.t test script.
1817         - Small fix in Bio::Seq::type() (now always returns a string).
1818         - Changed Bio::Root::Utilities::get_newline_char() to
1819           get_newline() since it could return more than one char.
1820         - Added $NEWLINE and $TIMEOUT_SECS to Bio::Root::Global.
1821         - Changed default timeout to 20 seconds (was 3).
1822         - Moved lengthy modification notes to the bottom of some files.
1823         - Fixed SimpleAlign write_fasta bug.
1824         - Beefed up SimpleAlign.t test
1826 0.04.3  Thu Feb  4 07:48:53 1999
1827         - Bio::Root::Object.pm and Global.pm now detect when
1828           script is run as a CGI and suppress output that is only
1829           appropriate when running interactively.
1830         - Bio::Root::Err::_set_context() adds name of script ($0).
1831         - Added comments in Bio::Tools::WWW.pm and Bio::Root::Utilities.pm
1832           regarding the use of the static objects via the qw(:obj) tag.
1833         - Fixed the ambiguous reverse calls in Seq.pm and UnivAln.pm to
1834           CORE::reverse, avoiding Perl warnings.
1835         - Bug fixes in Bio::Tools::Blast modules (version 0.074) and
1836           example scripts (see Bio::Tools::Blast::CHANGES).
1837         - examples/seq/seqtools.pl no longer always warns about using
1838           -prot or -nucl command-line arguments; only when using the
1839           -debug argument.
1840         - Methods added to Bio::Root::Utilities: create_filehandle(),
1841           get_newline_char(), and taste_file() to generalize filehandle
1842           creation and autodetect newline characters in files/streams
1843           (see bug report #19).
1844         - Bio::Root::IOManager::read() now handles timeouts and uses
1845           Utilities::create_filehandle().
1846         - Bio::Tools::Fasta.pm uses Utilities::get_newline_char() instead
1847           of hardwiring in "\n".
1848         - Bug fixes in the Bio::SimpleAlign and Bio::Tools::pSW
1850 0.04.2  Wed Dec 30 02:27:36 1998
1851         - Bug fixes in Bio::Tools::Blast modules, version 0.073
1852           (see Bio::Tools::Blast::CHANGES).
1853         - Changed reverse calls in Bio/Seq.pm and Bio/UnivAln.pm
1854           to CORE::reverse (prevents ambiguous warnings with 5.005).
1855         - Appending '.tmp.bioperl' to temporary files created by
1856           Bio::Root::Utilities::compress() or uncompress() to
1857           make it easy to identify & cleanup these files as needed.
1858         - Developers: Created CVS branch release-0-04-bug from
1859           release-0-04-1. Before making bug fixes to the 0.04.1 release,
1860           be sure to cvs checkout this branch into a clean area.
1862 0.04.1  Wed Dec 16 05:39:15 1998
1863         - Bug fixes in Bio::Tools::Blast modules, version 0.072
1864           (see Bio::Tools::Blast::CHANGES).
1865         - Compile/SW/Makefile.PL now removes *.o and *.a files
1866           with make clean.
1868 0.04  Tue Dec  8 07:49:19 1998
1869         - Lots of new modules added including:
1870            * Ewan Birney's Bio::SimpleAlign.pm, Bio::Tools::AlignFactory.pm,
1871              and Bio/Compile directory containing XS-linked C code for
1872              creating Smith-Waterman sequence alignments from within Perl.
1873            * Steve Chervitz's Blast distribution has been incorporated.
1874            * Georg Fuellen's Bio::UnivAln.pm for multiple alignment objects.
1875         - Bio/examples directory for demo scripts for all included modules.
1876         - Bio/t directory containing test suit for all included modules.
1877         - For changes specific to the Blast-related modules prior to
1878           incorporation in this central distribution, see the CHANGES
1879           file in the Bio/Tools/Blast directory.
1881 0.01  Tue Sep  8 14:23:22 1998
1882         - original version from central CVS tree; created by h2xs 1.18