t/seqfeaturePrimer.t

   1 # -*-Perl-*-
   2 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   3 ## $Id$
   4 #
   5 # modeled after the t/Allele.t test script
   6
   7 use strict;
   8 #use Dumpvalue qw(dumpValue);
   9
  10 BEGIN {
  11     # to handle systems with no installed Test module
  12     # we include the t dir (where a copy of Test.pm is located)
  13     # as a fallback
  14     eval { require Test; };
  15     if( $@ ) {
  16         use lib 't';
  17     }
  18     use Test;
  19     plan tests => 8;
  20 }
  21
  22 my $DEBUG = $ENV{'BIOPERLDEBUG'};
  23 #my $dumper = new Dumpvalue();
  24
  25 print("Checking to see if Bio::SeqFeature::Primer is available.\n") if $DEBUG;
  26 use Bio::SeqFeature::Primer;
  27 ok(1);
  28 print("Checking to see if a BSFP object can be created:\n") if $DEBUG;
  29      # yes sure, but first scope a few variables
  30 my $seqsequence = "gcatcgatctagctagcta";
  31 my $primersequence = "aaaaaacgatcgatcgtagctagct";
  32
  33 my $seqname = "chads_nifty_sequence";
  34 my $primername = "chads_nifty_primer";
  35      # ok, and what about variables governing where the feature is located?
  36      # check the primer3docs, luke...
  37 # TARGET=513,26
  38 # PRIMER_FIRST_BASE_INDEX=1
  39 # PRIMER_LEFT=484,20
  40
  41
  42 print("Checking to see if the BSFP object can be constructed with a bio::seq object\n") if $DEBUG;
  43 my $seq = new Bio::Seq( -seq => $seqsequence, -id =>$seqname);
  44 my $bsfp_seq = new Bio::SeqFeature::Primer( -sequence => $seq,
  45                                              -TARGET => '5,3' );
  46 ok(ref($bsfp_seq) eq "Bio::SeqFeature::Primer");
  47
  48 print("Checking to see if the BSFP object can be constructed with scalars\n") if $DEBUG;
  49
  50 my $bsfp_scalar = new Bio::SeqFeature::Primer( -sequence => $primersequence,
  51                                         -id => $primername,
  52                                              -TARGET => '5,3' );
  53 ok(ref($bsfp_scalar) eq "Bio::SeqFeature::Primer");
  54
  55 print("Checking to see that seq() returns a Bio::Seq object and that the object is the right one.\n") if $DEBUG;
  56 ok(ref($bsfp_scalar->seq()) eq "Bio::Seq");
  57 print("First for the scalar-ily created one.\n") if $DEBUG;
  58 print("id ok?\n") if $DEBUG;
  59 ok($bsfp_scalar->seq()->id() eq $primername);
  60 print("sequence ok?\n") if $DEBUG;
  61 ok($bsfp_scalar->seq()->seq() eq $primersequence);
  62 print("Now for the seq-ily created one\n") if $DEBUG;
  63 print("id ok?\n") if $DEBUG;
  64 ok($bsfp_seq->seq()->display_id() eq $seqname);
  65 print("sequence ok?\n") if $DEBUG;
  66 ok($bsfp_seq->seq()->seq() eq $seqsequence);
  67
  68 print("Here is the structure of the BSFP_scalar object:\n") if $DEBUG;
  69 # $dumper->dumpValue($bsfp_scalar);
  70
  71