t/rnamotif.t

   1 # -*-Perl-*-
   2 # Bioperl Test Script for RNA Motif Modules
   3 # $Id$
   4
   5 # Before `make install' is performed this script should be runnable with
   6 # `make test'. After `make install' it should work as `perl test.t'
   7
   8 my $error = 0;
   9 use strict;
  10 BEGIN {
  11     # to handle systems with no installed Test module
  12     # we include the t dir (where a copy of Test.pm is located)
  13     # as a fallback
  14     eval { require Test::More; };
  15     if( $@ ) {
  16     use lib 't/lib';
  17     }
  18
  19     use Test::More;
  20     plan tests => 72;
  21 }
  22
  23 if( $error == 1 ) {
  24     exit(0);
  25 }
  26
  27 use Bio::Tools::RNAMotif;
  28 use Bio::Tools::ERPIN;
  29 use Bio::Root::IO;
  30 my $verbose = $ENV{'BIOPERLDEBUG'} || 0;
  31
  32 ### RNAMotif.pm tests ###
  33
  34 my $parser = new Bio::Tools::RNAMotif(
  35                 -verbose => $verbose,
  36         -file => Bio::Root::IO->catfile('t','data','trna.strict.rnamotif'),
  37         -motiftag => 'tRNA_gene',
  38         -desctag => 'tRNA');
  39
  40
  41 my @genes;
  42 while( my $gene = $parser->next_prediction ) {
  43     push @genes, $gene;
  44 }
  45 #tests 1-12
  46 is($genes[1]->display_name, 'tRNA','RNAMotif::display_name()');
  47 is($genes[12]->seq_id, 'M33910','RNAMotif::seq_id()');
  48 is($genes[6]->primary_tag, 'tRNA_gene','RNAMotif::primary_tag()');
  49 is($genes[22]->start, 464,'RNAMotif::start()');
  50 is($genes[8]->end, 585,'RNAMotif::end()');
  51 is($genes[9]->strand, 1,'RNAMotif::strand()');
  52 is($genes[90]->get_Annotations('sequence'),
  53    'cggatt ta ttg ggcg taa a gggct cgtaggc ggctc'.
  54    ' gtcgcgtccggtgtgaaagtc catc gcttaac ggtg gatctg cgcc',
  55    "RNAMotif::get_Annotations('sequence')");
  56 is($genes[84]->get_Annotations('descfile'), 'trna.strict.descr',
  57    "RNAMotif::get_Annotations('descfile')");
  58 is($genes[4]->get_Annotations('descline'),
  59    'gi|173683|gb|M10671|ACSTRW Avian oncornavirus Trp-tRNA',
  60    "RNAMotif::get_Annotations('descline')");
  61 is($genes[26]->get_Annotations('secstructure'),
  62    'h5 ss h5 ss h3 ss h5 ss h3 ss h5 ss h3 h3 ss',
  63    "RNAMotif::get_Annotations('secstructure')");
  64 is($genes[4]->score, '0.000','RNAMotif::score()');
  65 is($genes[4]->source_tag, 'RNAMotif','RNAMotif::source_tag()');
  66
  67 @genes=();
  68
  69 $parser = Bio::Tools::RNAMotif->new(
  70                         -verbose => $verbose,
  71             -file => Bio::Root::IO->catfile('t','data','sprintf.rnamotif'),
  72             -motiftag => 'term',
  73             -desctag => 'stem_loop');
  74
  75 while( my $gene = $parser->next_prediction ) {
  76     push @genes, $gene;
  77 }
  78
  79 #tests 13-24
  80 is($genes[1]->display_name, 'stem_loop','RNAMotif::display_name()');
  81 is($genes[12]->seq_id, 'M82700','RNAMotif::seq_id()');
  82 is($genes[6]->primary_tag, 'term','RNAMotif::primary_tag()');
  83 is($genes[22]->start, 141,'RNAMotif::start()');
  84 is($genes[8]->end, 154,'RNAMotif::end()');
  85 is($genes[9]->strand, -1,'RNAMotif::strand()');
  86 is($genes[90]->get_Annotations('sequence'), 'ggggaag cttg cttcccc',
  87    "RNAMotif::get_Annotations('sequence')");
  88 is($genes[84]->get_Annotations('descfile'), 'sprintf.descr',
  89    "RNAMotif::get_Annotations('descfile')");
  90 is($genes[4]->get_Annotations('descline'),
  91    'gi|173741|gb|M83548|AQF16SRRN Aquifex pyrophilus 16S ribosomal RNA (16S rRNA)',
  92    "RNAMotif::get_Annotations('descline')");
  93 is($genes[26]->get_Annotations('secstructure'), 'h5 ss h3',
  94    "RNAMotif::get_Annotations('secstructure')");
  95 is($genes[4]->score, '-12.100,5,gaaa','RNAMotif::score()');
  96 is($genes[4]->source_tag, 'RNAMotif','RNAMotif::source_tag()');
  97
  98 ### ERPIN.pm tests ###
  99
 100 @genes = ();
 101
 102 my @erpinstats = (
 103 ['30260185','5181155','5181183',1,'CTTT.aacc--.CAACC.CCGTGA.GGTTG.a.GAAG',0,
 104  'gi|30260185|gb|AE016879.1| Bacillus anthracis str. Ames, complete genome',
 105  0,'1.68e-05'],
 106 ['30260185','3709092','3709121',-1,'CTTT.taatt-.CAGTC.CTGTGA.GACCG.g.AAAG',0,
 107  'gi|30260185|gb|AE016879.1| Bacillus anthracis str. Ames, complete genome',
 108  0,'5.61e-05'],
 109 ['30260185','3710524','3710553',-1,'TTTT.aaatg-.TAGTC.CTGTGA.GGCTG.c.CAAA',0,
 110  'gi|30260185|gb|AE016879.1| Bacillus anthracis str. Ames, complete genome',
 111  0,'1.31e-04'],
 112 ['30260185','3711223','3711251',-1,'CTTT.aaca--.CAGCC.CCGTGA.GGTTG.a.GAAG',0,
 113  'gi|30260185|gb|AE016879.1| Bacillus anthracis str. Ames, complete genome',
 114  0,'4.44e-06']
 115 );
 116
 117 $parser = Bio::Tools::ERPIN->new(
 118                         -verbose => $verbose,
 119             -file => Bio::Root::IO->catfile('t','data','testfile.erpin'),
 120             -motiftag => 'protein_bind',
 121                         -desctag =>  'pyrR_BL');
 122
 123 while( my $gene = $parser->next_prediction ) {
 124         my @stats = @{ shift @erpinstats };
 125         is($gene->display_name, 'pyrR_BL','ERPIN::display_name()');
 126         is($gene->seq_id, shift @stats,'ERPIN::seq_id()');
 127         is($gene->primary_tag, 'protein_bind','ERPIN::primary_tag()');
 128         is($gene->start, shift @stats,'ERPIN::start()');
 129         is($gene->end, shift @stats,'ERPIN::end()');
 130         is($gene->strand, shift @stats,'ERPIN::strand()');
 131         is($gene->get_Annotations('sequence'), shift @stats,
 132            "ERPIN::get_Annotations('sequence')");
 133         is($gene->get_Annotations('descfile'), shift @stats,
 134            "ERPIN::get_Annotations('descfile')");
 135         is($gene->get_Annotations('descline'), shift @stats,
 136            "ERPIN::get_Annotations('descline')");
 137         is($gene->get_Annotations('secstructure'), shift @stats,
 138            "ERPIN::get_Annotations('secstructure')");
 139         is($gene->score, shift @stats,'ERPIN::score()');
 140         is($gene->source_tag, 'ERPIN','ERPIN::source_tag()');
 141 }
 142
 143 ### Infernal.pm tests ###
 144 ### FASTR.pm tests ###