t/primer3.t

   1 # -*-Perl-*- mode (to keep my emacs happy)
   2 ## $Id$
   3
   4 # test for Bio::Tools::Primer3.pm
   5 # written by Rob Edwards
   6 # and Chad Matsalla
   7
   8 use strict;
   9 use vars qw($NUMTESTS $DEBUG $ERROR $XML_ERROR);
  10
  11
  12 BEGIN {
  13     eval { require Test; };
  14     if( $@ ) {
  15         use lib 't','..';
  16     }
  17     use Test;
  18     $NUMTESTS  = 24;
  19
  20     plan tests => $NUMTESTS;
  21
  22     eval {  require Clone; };
  23     if ( $@ ) {
  24         warn("Clone not installed. This means that the module is not usable. Skipping tests\n");
  25         $ERROR = 1;
  26     }
  27 }
  28
  29 END {
  30         foreach ( $Test::ntest..$NUMTESTS) {
  31         skip("Missing dependencies. Skipping tests",1);
  32     }
  33 }
  34
  35 exit 0 if $ERROR;
  36
  37 require Bio::Tools::Primer3;
  38 ok(1);
  39
  40 my ($p3, $num, $primer);
  41
  42 ok $p3 = Bio::Tools::Primer3->new(-file => File::Spec->catfile(qw(t data primer3_output.txt)));
  43 ok $num = $p3->number_of_results;
  44 ok $num, 5, "Got $num";
  45 ok $num = $p3->all_results;
  46 ok defined $num, 1, "Can't get all results";
  47 ok $num = $p3->primer_results(1);
  48 ok defined $num, 1, "Can't get results for 1";
  49 ok $primer = $p3->next_primer;
  50 ok ref($primer) eq "Bio::Seq::PrimedSeq", 1,
  51   "reference for primer stream is not right";
  52
  53 # get the left primer
  54 my $left_primer = $primer->get_primer('left');
  55
  56 # get the sequence for that primer. This is a test to verify behavior
  57 # on the bioperl list in or about 050315
  58 my $seqobj = $left_primer->seq();
  59
  60 my $seq = $seqobj->seq();
  61
  62 my $other_left_primer = $primer->get_primer();
  63
  64 # a different way to access the primers in the stream
  65 my $alt = $p3->primer_results(0,'PRIMER_LEFT_INPUT');
  66
  67 # next one
  68 ok $primer = $p3->next_primer;
  69 # get the left primer
  70 my $left_primer_seq = $primer->get_primer('left')->seq;
  71 ok $left_primer_seq->seq, "GAGGGTAACACGCTGGTCAT";