t/largepseq.t

   1 # -*-Perl-*-
   2 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   3 ## $Id$
   4
   5 # Before `make install' is performed this script should be runnable with
   6 # `make test'. After `make install' it should work as `perl test.t'
   7
   8 use strict;
   9 BEGIN {
  10     # to handle systems with no installed Test module
  11     # we include the t dir (where a copy of Test.pm is located)
  12     # as a fallback
  13     eval { require Test; };
  14     if( $@ ) {
  15         use lib 't';
  16     }
  17     use Test;
  18     plan tests => 22;
  19 }
  20 use Bio::Seq::LargePrimarySeq;
  21 use Bio::Seq::LargeSeq;
  22 use Bio::Location::Simple;
  23 use Bio::Location::Fuzzy;
  24 use Bio::Location::Split;
  25
  26 my $pseq = Bio::Seq::LargePrimarySeq->new();
  27 ok $pseq;
  28 $pseq->add_sequence_as_string('ATGGGGTGGGGTGAAACCCTTTGGGGGTGGGGTAAAT');
  29 $pseq->add_sequence_as_string('GTTTGGGGTTAAACCCCTTTGGGGGGT');
  30
  31 ok $pseq->display_id('hello'), 'hello';
  32
  33 ok $pseq->seq, 'ATGGGGTGGGGTGAAACCCTTTGGGGGTGGGGTAAATGTTTGGGGTTAAACCCCTTTGGGGGGT' , "Sequence is " . $pseq->seq;
  34
  35 ok $pseq->subseq(3,7), 'GGGGT', "Subseq is ".$pseq->subseq(3,7);
  36 my $location = new Bio::Location::Simple(-start => 4, -end => 8,
  37                                          -strand => 1);
  38 ok($pseq->subseq($location), 'GGGTG');
  39
  40 my $splitlocation = new Bio::Location::Split;
  41
  42 $splitlocation->add_sub_Location( new Bio::Location::Simple('-start' => 1,
  43                                                             '-end'   => 15,
  44                                                             '-strand' => 1));
  45
  46 $splitlocation->add_sub_Location( new Bio::Location::Simple('-start' => 21,
  47                                                             '-end'   => 27,
  48                                                             '-strand' => -1));
  49
  50 ok( $pseq->subseq($splitlocation), 'ATGGGGTGGGGTGAACCCCCAA');
  51
  52 my $fuzzy = new Bio::Location::Fuzzy(-start => '<10',
  53                                      -end   => '18',
  54                                      -strand => 1);
  55
  56 ok( $pseq->subseq($fuzzy), 'GGTGAAACC');
  57
  58
  59 ok($pseq->trunc(8,15)->seq, 'GGGGTGAA',
  60     'trunc seq was ' . $pseq->trunc(8,15)->seq);
  61
  62
  63 ok $pseq->alphabet('dna'), 'dna'; # so translate will not complain
  64 ok $pseq->translate()->seq, 'MGWGETLWGWGKCLGLNPFGG';
  65
  66
  67 my $seq = new Bio::Seq::LargeSeq(-primaryseq => $pseq );
  68
  69 ok $seq->display_id('hello'), 'hello';
  70
  71 ok $seq->seq, 'ATGGGGTGGGGTGAAACCCTTTGGGGGTGGGGTAAATGTTTGGGGTTAAACCCCTTTGGGGGGT' , "Sequence is " . $seq->seq;
  72
  73 ok $seq->subseq(3,7), 'GGGGT', "Subseq is ".$seq->subseq(3,7);
  74 ok ($seq->trunc(8,15)->seq, 'GGGGTGAA',
  75     'trunc seq was ' . $seq->trunc(8,15)->seq);
  76
  77 ok $seq->alphabet('dna'), 'dna'; # so translate will not complain
  78 ok $seq->translate()->seq, 'MGWGETLWGWGKCLGLNPFGG';
  79
  80 $seq = new Bio::Seq::LargeSeq( -display_id => 'hello');
  81 $seq->seq('ATGGGGTGGGGT');
  82 ok $seq->display_id, 'hello';
  83
  84 ok $seq->seq, 'ATGGGGTGGGGT' , "Sequence is " . $seq->seq;
  85
  86 ok $seq->subseq(3,7), 'GGGGT', "Subseq is ".$seq->subseq(3,7);
  87 ok ($seq->trunc(8,12)->seq, 'GGGGT',
  88     'trunc seq was ' . $seq->trunc(8,12)->seq);
  89
  90 ok $seq->alphabet('dna'), 'dna'; # so translate will not complain
  91 ok $seq->translate()->seq, 'MGWG';