t/interpro.t

   1 # -*-Perl-*-
   2 # Bioperl Test Harness Script for Modules
   3 # $Id$
   4 #
   5 # Before `make install' is performed this script should be runnable with
   6 # `make test'. After `make install' it should work as `perl test.t'
   7
   8 use strict;
   9 BEGIN {
  10   use vars qw($error $NUMTESTS);
  11   $error = 0;
  12   # to handle systems with no installed Test module
  13   # we include the t dir (where a copy of Test.pm is located)
  14   # as a fallback
  15   eval { require Test; };
  16   if ( $@ ) {
  17     use lib 't';
  18   }
  19   # interpro uses XML::DOM
  20   eval {require XML::DOM::XPath};
  21   if ( $@ ) {
  22     $error = 1;
  23     warn "XML::DOM::XPath not found - skipping interpro tests\n";
  24   }
  25   $NUMTESTS = 17;
  26   use Test;
  27   plan tests => $NUMTESTS;
  28 }
  29
  30 END {
  31   foreach ( $Test::ntest..$NUMTESTS) {
  32     skip('Unable to run interpro tests because XML::DOM::XPath is not installed',1);
  33   }
  34 }
  35
  36 if ( $error == 1 ) {
  37         exit(0);
  38 }
  39
  40 use Bio::SeqIO;
  41
  42 my $verbose = $ENV{'BIOPERLDEBUG'};
  43 ok(1);
  44
  45 my $t_file = Bio::Root::IO->catfile("t","data","test.interpro");
  46 my $a_in = Bio::SeqIO->new( -file => $t_file,
  47                                                                          -verbose => $verbose,
  48                                                                          -format => 'interpro');
  49
  50 my $seq = $a_in->next_seq();
  51 ok($seq);
  52 ok($seq->isa('Bio::Seq::RichSeq'));
  53 ok(scalar( $seq->get_SeqFeatures() ) == 6);
  54
  55 my($feat) = $seq->get_SeqFeatures();
  56 ok($feat->isa('Bio::SeqFeature::Generic'));
  57
  58 ok($feat->display_name eq 'Retinoblastoma-associated protein, B-box');
  59
  60 ok($seq = $a_in->next_seq());
  61 ok(scalar( $seq->get_SeqFeatures() ) == 40);
  62
  63 ok(!($seq = $a_in->next_seq()));
  64
  65 # Bug 1908 (enhancement)
  66 $t_file = Bio::Root::IO->catfile("t","data","interpro_ebi.xml");
  67 my $b_in = Bio::SeqIO->new( -file => $t_file,
  68                                                                          -verbose => $verbose,
  69                                                                          -format => 'interpro');
  70 $seq = $b_in->next_seq();
  71 ok($seq);
  72
  73 my @features = $seq->get_SeqFeatures;
  74 ok scalar @features,2;
  75 ok $features[0]->primary_tag, 'region';
  76 ok $features[0]->display_name,'Protein of unknown function DUF1021';
  77 ok $features[0]->location->end,78;
  78
  79 my @dblinks = $features[0]->annotation->get_Annotations('dblink');
  80 ok (scalar @dblinks,3);
  81 ok $dblinks[1]->primary_id,'IPR009366';
  82 ok $dblinks[2]->primary_id,'PF06257.1';
  83
  84 __END__
  85