t/bsml_sax.t

   1 # -*-Perl-*-
   2 # Bioperl Test Harness Script for Modules
   3 # $Id$
   4 #
   5 # Before `make install' is performed this script should be runnable with
   6 # `make test'. After `make install' it should work as `perl test.t'
   7
   8 use strict;
   9 use vars qw($error $NUMTESTS);
  10 BEGIN {
  11   $NUMTESTS = 15;
  12   $error = 0;
  13     # to handle systems with no installed Test module
  14     # we include the t dir (where a copy of Test.pm is located)
  15     # as a fallback
  16     eval { require Test; };
  17     if ( $@ ) {
  18         use lib 't';
  19     }
  20     # bsml_sax uses XML::SAX
  21     eval {require XML::SAX;
  22           require XML::SAX::Writer;
  23           require XML::SAX::Base;
  24           1;
  25       };
  26     if ( $@ ) {
  27         $error = 1;
  28         warn "XML::SAX::Base or XML::SAX or XML::SAX::Writer not found - skipping bsml_sax tests\n";
  29    }
  30     use Test;
  31     plan tests => $NUMTESTS;
  32 }
  33
  34 END {
  35    foreach ( $Test::ntest..$NUMTESTS) {
  36       skip('Unable to run BSML_sax tests because XML::SAX is not installed',1);
  37    }
  38 }
  39
  40
  41 if ( $error == 1 ) {
  42   exit(0);
  43 }
  44
  45
  46 use Bio::SeqIO;
  47 use Bio::Root::IO;
  48
  49 my $verbose = $ENV{'BIOPERLDEBUG'};
  50 ok(1);
  51
  52 my $str = Bio::SeqIO->new(-format => 'bsml_sax',
  53                           -verbose => $verbose,
  54                           -file => Bio::Root::IO->catfile
  55                           (qw(t data U83300.bsml) ));
  56 ok(my $seq = $str->next_seq);
  57 my @refs = $seq->annotation->get_Annotations('reference');
  58 ok(@refs, 2);
  59 ok($seq->display_id,'MIVN83300');
  60 ok($seq->molecule ,'dna');
  61 ok(! $seq->is_circular);
  62 ok($seq->get_dates,2);
  63 ok($seq->accession_number, 'U83300');
  64 ok($seq->seq_version,1);
  65 my @feats = $seq->get_SeqFeatures;
  66 ok(@feats, 2);
  67 ok($feats[1]->start, 1);
  68 ok($feats[1]->end, 946);
  69 ok($feats[1]->get_tag_values('db_xref'), 3);
  70 ok($seq->annotation->get_Annotations('reference'),2);
  71 ok($seq->annotation->get_Annotations('dblink'),2);
  72