t/TreeBuild.t

   1 # -*-Perl-*-
   2 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   3 ## $Id$
   4
   5 # Before `make install' is performed this script should be runnable with
   6 # `make test'. After `make install' it should work as `perl test.t'
   7
   8 my $error = 0;
   9
  10 use strict;
  11 BEGIN {
  12     # to handle systems with no installed Test module
  13     # we include the t dir (where a copy of Test.pm is located)
  14     # as a fallback
  15     eval { require Test; };
  16     if( $@ ) {
  17         use lib 't';
  18     }
  19
  20     use Test;
  21     plan tests => 7;
  22 }
  23
  24 if( $error == 1 ) {
  25     exit(0);
  26 }
  27
  28 my $debug = -1;
  29
  30 use Bio::Align::DNAStatistics;
  31 use Bio::Align::ProteinStatistics;
  32 use Bio::Align::Utilities qw(:all);
  33 use Bio::AlignIO;
  34 use Bio::Root::IO;
  35 use Bio::Tree::DistanceFactory;
  36 use Bio::TreeIO;
  37
  38 my $in = new Bio::AlignIO(-format => 'clustalw',
  39                           -file   => Bio::Root::IO->catfile('t', 'data',
  40                                                             'pep-266.aln'));
  41 my $aln = $in->next_aln();
  42 ok($aln);
  43 my $pstats = new Bio::Align::ProteinStatistics(-verbose => $debug);
  44 my $matrix = $pstats->distance(-method => 'Kimura',
  45                                -align  => $aln);
  46 ok($matrix);
  47
  48 my $treebuilder = Bio::Tree::DistanceFactory->new(-method => 'NJ');
  49 my $tree = $treebuilder->make_tree($matrix);
  50 ok($tree);
  51
  52 my ($cn) = $tree->find_node('183.m01790');
  53
  54 # brlens checked against tree generated by PHYLIP NJ
  55 ok($tree->find_node('AN2438.1')->branch_length, '0.28221');
  56 ok($tree->find_node('FG05298.1')->branch_length, '0.20593');
  57
  58 # simple topology test - make sure these 2 are sister
  59 ok($tree->find_node('YOR262W')->ancestor->id,
  60    $tree->find_node('Smik_Contig1103.1')->ancestor->id);
  61
  62 # TODO
  63 # UPGMA tests
  64
  65
  66 # test the bootstrap
  67 my $replicates = &bootstrap_replicates($aln,10);
  68 ok(scalar @$replicates, 10);