t/SeqWords.t

   1 # -*-Perl-*-
   2 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   3 ## $Id$
   4
   5 ## SeqWords.t, based on SeqStats.t
   6 # Derek Gatherer, 11th November 2003
   7
   8 use strict;
   9 BEGIN {
  10     # to handle systems with no installed Test module
  11     # we include the t dir (where a copy of Test.pm is located)
  12     # as a fallback
  13     eval { require Test; };
  14     if( $@ ) { use lib 't'; }
  15     use Test;
  16     plan tests => 16;
  17 }
  18
  19 use Bio::PrimarySeq;
  20 use Bio::Tools::SeqWords;
  21 use vars ('$DEBUG');
  22
  23 ok 1;
  24
  25 my ($seqobj, $count, $seqobj_stats, $wt);
  26
  27 $seqobj = Bio::PrimarySeq->new(-seq=>'ACTGTGGCGTCAACTGACTGGC',
  28                                -alphabet=>'dna', -id=>'test');
  29 $seqobj_stats  =  Bio::Tools::SeqWords->new(-seq=>$seqobj);
  30
  31 ok defined($seqobj_stats) && ref($seqobj_stats) &&
  32     $seqobj_stats->isa('Bio::Tools::SeqWords');
  33
  34 $count = $seqobj_stats->count_words(4);
  35 ok $count->{'ACTG'}, 3;
  36 ok $count->{'TGGC'}, 1;
  37 ok $count->{'GTCA'}, 1;
  38
  39 $count = $seqobj_stats->count_overlap_words(4);
  40 ok $count->{'ACTG'}, 3;
  41 ok $count->{'TGGC'}, 2;
  42 ok $count->{'GTCA'}, 1;
  43 ok $count->{'GTGG'}, 1;
  44
  45 # now test a protein
  46 $seqobj = Bio::PrimarySeq->new(-seq=>'MQSERGITIDISLWKFETSKYYVTIDISSLWKF',
  47                                -alphabet=>'protein', -id=>'test');
  48 $seqobj_stats  =  Bio::Tools::SeqWords->new('-seq' => $seqobj);
  49 ok defined($seqobj_stats) && ref($seqobj_stats) &&
  50     $seqobj_stats->isa('Bio::Tools::SeqWords');
  51
  52 $count = $seqobj_stats->count_words(4);
  53 ok $count->{'MQSE'}, 1;
  54 ok $count->{'LWKF'}, 1;
  55 ok $count->{'IDIS'}, 2;
  56
  57 $count = $seqobj_stats->count_overlap_words(4);
  58 ok $count->{'MQSE'}, 1;
  59 ok $count->{'LWKF'}, 2;
  60 ok $count->{'IDIS'}, 2;