t/SeqHound_DB.t

   1 # This is -*-Perl-*- code
   2 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   3 ##
   4 # This test file is adapted from EMBL_DB.t
   5
   6 # Before `make install' is performed this script should be runnable with
   7 # `make test'. After `make install' it should work as `perl SeqHound_DB.t'
   8
   9 use strict;
  10 use vars qw($NUMTESTS $DEBUG);
  11 $DEBUG = $ENV{'BIOPERLDEBUG'} || 0;
  12
  13 my $error;
  14
  15 BEGIN {
  16         use Test;
  17
  18         $NUMTESTS = 14;
  19         plan tests => $NUMTESTS;
  20         eval { require IO::String;
  21                          require LWP::UserAgent;
  22                  };
  23         if( $@ ) {
  24                 for( $Test::ntest..$NUMTESTS ) {
  25                         skip("IO::String or LWP::UserAgent not installed. This means the Bio::DB::* modules are not usable. Skipping tests",1);
  26                 }
  27                 $error = 1;
  28         }
  29 }
  30 END {
  31         foreach ( $Test::ntest..$NUMTESTS) {
  32                 skip('Unable to run all of the SeqHound_DB tests',1);
  33         }
  34         unlink $Bio::DB::SeqHound::LOGFILENAME if -f $Bio::DB::SeqHound::LOGFILENAME;
  35 }
  36
  37 if( $error ) {
  38     exit(0);
  39 }
  40
  41 use Bio::DB::SeqHound;
  42
  43 my $verbose = -1;
  44
  45 ## End of black magic.
  46 ##
  47 ## Insert additional test code below but remember to change
  48 ## the print "1..x\n" in the BEGIN block to reflect the
  49 ## total number of tests that will be run.
  50
  51 my ($db,$seq,$seqio);
  52 # get a single seq
  53
  54 $seq = $seqio = undef;
  55
  56 eval {
  57     $db = new Bio::DB::SeqHound(-verbose=>$verbose);
  58     ok(defined($seq = $db->get_Seq_by_acc('J00522')));
  59     ok( $seq->length, 408);
  60     ok defined ($db->request_format('fasta'));
  61     ok(defined($seq = $db->get_Seq_by_acc('NP_862707')));
  62     ok( $seq->accession, 'NP_862707');
  63     ok( $seq->length, 227);
  64     ok( defined($db = new Bio::DB::SeqHound(-verbose=>$verbose,
  65                                         -retrievaltype => 'tempfile')));
  66     ok(defined($seqio = $db->get_Stream_by_id(['BTACHRE'])));
  67     undef $db; # testing to see if we can remove db
  68     ok( defined($seq = $seqio->next_seq()));
  69     ok( $seq->length, 1621);
  70 };
  71
  72 if ($@) {
  73     if( $DEBUG ) {
  74         warn "Warning: Couldn't connect to SeqHound with Bio::DB::SeqHound.pm!\n$@";
  75     }
  76     foreach ( $Test::ntest..$NUMTESTS) {
  77          skip('Skip could not connect to seqhound',1);
  78      }
  79     exit(0);
  80 }
  81
  82 $seq = $seqio = undef;
  83
  84 eval {
  85     $db = Bio::DB::SeqHound->new(-verbose => $verbose,
  86                             -retrievaltype => 'tempfile',
  87                             -format => 'genbank'
  88                             );
  89     ok( defined($seqio = $db->get_Stream_by_acc(['J00522', 'AF303112', 'J02231'])));
  90         ok($seqio->next_seq->length, 408);
  91     ok($seqio->next_seq->length, 1611);
  92     ok($seqio->next_seq->length, 200);
  93 };
  94
  95 if ($@) {
  96     if( $DEBUG ) {
  97         warn "Batch access test failed.\nError: $@\n";
  98     }
  99     foreach ( $Test::ntest..$NUMTESTS ) { skip('could not connect to seqhound',1); }
 100 }
 101
 102