t/Seg.t

   1 # Bio::Tools::Seg test script
   2
   3 use strict;
   4 use Test;
   5
   6 BEGIN { plan tests => 15 }
   7
   8 use Bio::Tools::Seg;
   9 use File::Spec;
  10
  11 ok my $infile = File::Spec->catfile(qw(t data seg.out));
  12 ok my $parser = Bio::Tools::Seg->new(-file=>$infile);
  13
  14 my @feat;
  15 while ( my $feat = $parser->next_result ) {
  16   push @feat, $feat;
  17 }
  18
  19 ok @feat == 3;
  20
  21 #>LBL_0012(32-46) complexity=2.47 (12/2.20/2.50)
  22 #gdggwtfegwggppe
  23
  24 ok $feat[0]->seq_id, 'LBL_0012';
  25 ok $feat[0]->start,  32;
  26 ok $feat[0]->end,    46;
  27 ok $feat[0]->score,  2.47;
  28
  29 #>LBL_0012(66-80) complexity=2.31 (12/2.20/2.50)
  30 #kfssrasakavakks
  31
  32 ok $feat[1]->seq_id, 'LBL_0012';
  33 ok $feat[1]->start,  66;
  34 ok $feat[1]->end,    80;
  35 ok $feat[1]->score,  2.31;
  36
  37 #>LBL_0012(123-138) complexity=2.31 (12/2.20/2.50)
  38 #svivsqsqgvvkgvgv
  39
  40 ok $feat[2]->seq_id, 'LBL_0012';
  41 ok $feat[2]->start,  123;
  42 ok $feat[2]->end,    138;
  43 ok $feat[2]->score,  2.31;