t/Scansite.t

   1 # This is -*-Perl-*- code
   2 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   3 ##
   4 # $Id: Scansite.t,v 1.1 2003/11/18
   5 # Before `make install' is performed this script should be runnable with
   6 # `make test'. After `make install' it should work as `perl test.t'
   7
   8 use strict;
   9 use vars qw($NUMTESTS $DEBUG $ERROR);
  10 $DEBUG = $ENV{'BIOPERLDEBUG'} || 0;
  11 BEGIN {
  12         # to handle systems with no installed Test module
  13         # we include the t dir (where a copy of Test.pm is located)
  14         # as a fallback
  15         eval { require Test; };
  16         $ERROR = 0;
  17         if( $@ ) {
  18                 use lib 't';
  19         }
  20         use Test;
  21
  22         $NUMTESTS = 12;
  23         plan tests => $NUMTESTS;
  24
  25         eval {
  26                 require IO::String;
  27                 require LWP::UserAgent;
  28         };
  29         if( $@ ) {
  30                 warn("IO::String or LWP::UserAgent not installed. This means that the module is not usable. Skipping tests");
  31                 $ERROR = 1;
  32         }
  33 }
  34
  35 END {
  36         if ($DEBUG) {
  37                 foreach ( $Test::ntest..$NUMTESTS) {
  38                         skip('unable to run all of the Scansite tests',1);
  39                 }
  40         } else {
  41                 foreach ( $Test::ntest..$NUMTESTS) {
  42                         skip('set env BIOPERLDEBUG to run tests over web',1);
  43                 }
  44         }
  45 }
  46
  47 exit 0 if $ERROR ==  1;
  48
  49 use Data::Dumper;
  50
  51 require Bio::Tools::Analysis::Protein::Scansite;
  52 use Bio::SeqIO;
  53 use Bio::PrimarySeq;
  54 require Bio::WebAgent;
  55
  56 ok 1;
  57
  58 my $verbose = 0;
  59 $verbose = 1 if $DEBUG;
  60
  61 ok my $tool = Bio::WebAgent->new(-verbose =>$verbose);
  62
  63
  64 my $seqio=new Bio::SeqIO( -verbose => $verbose,
  65                   -format => 'swiss',
  66                   -file   => Bio::Root::IO->catfile('t','data', 'swiss.dat'));
  67
  68 my $seq = $seqio->next_seq();
  69 ok $tool = Bio::Tools::Analysis::Protein::Scansite->new(
  70                                         -seq=>$seq->primary_seq);
  71 ok $tool->stringency('Low');
  72 ok $tool->stringency(), 'Low';
  73 ok $tool->protein_id(), $tool->seq->display_id();
  74 exit unless $DEBUG;
  75 ok $tool->run ();
  76 exit if $tool->status eq 'TERMINATED_BY_ERROR';
  77 ok my $raw = $tool->result('');
  78 print $raw if $verbose;
  79 ok my $parsed = $tool->result('parsed');
  80 ok $parsed->[0]{'site'}, 'T101';
  81 ok my @res = $tool->result('Bio::SeqFeatureI');
  82 ok $res[0]->start, 101;