t/PhylipDist.t

   1 # -*-Perl-*-
   2 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   3
   4
   5 use strict;
   6 BEGIN {
   7     eval { require Test; };
   8     if( $@ ) {
   9         use lib 't';
  10     }
  11     use Test;
  12     use vars qw($NTESTS);
  13     $NTESTS = 19;
  14     plan tests => $NTESTS;
  15 }
  16 use Bio::Matrix::PhylipDist;
  17
  18 END {
  19     for ( $Test::ntest..$NTESTS ) {
  20         skip("Error in PhylipDist.pm",1);
  21     }
  22 }
  23 use Bio::Tools::Phylo::Phylip::ProtDist;
  24
  25 my $inputfilename= Bio::Root::IO->catfile("t","data","phylipdist.out");
  26 my $parser = Bio::Tools::Phylo::Phylip::ProtDist->new(-program => 'phylipdist',
  27                                                       -file => $inputfilename);
  28
  29 my $phy = $parser->next_matrix;
  30 ok $phy->program, 'phylipdist';
  31 ok $phy->get_entry('Alpha','Beta'), '4.23419';
  32 ok $phy->get_entry('Gamma','Alpha'),'3.63330';
  33 my @column =  $phy->get_column('Alpha');
  34 ok $column[0] = '0.00000';
  35 ok $column[1] = '4.23419';
  36 ok $column[2] = '3.63330';
  37 ok $column[3] = '6.20865';
  38 ok $column[4] = '3.45431';
  39
  40 my @row    = $phy->get_row('Gamma');
  41 ok $row[0] = '3.63330';
  42 ok $row[1] = '3.49289';
  43 ok $row[2] = '0.00000';
  44 ok $row[3] = '3.68733';
  45 ok $row[4] = '5.84929';
  46
  47 my @diag   = $phy->get_diagonal;
  48
  49
  50 ok $diag[0] = '0.00000';
  51 ok $diag[1] = '0.00000';
  52 ok $diag[2] = '0.00000';
  53 ok $diag[3] = '0.00000';
  54 ok $diag[4] = '0.00000';
  55
  56 my $matrix =<<END;
  57     5
  58 Alpha          0.00000  4.23419  3.63330  6.20865  3.45431
  59 Beta           4.23419  0.00000  3.49289  3.36540  4.29179
  60 Gamma          3.63330  3.49289  0.00000  3.68733  5.84929
  61 Delta          6.20865  3.36540  3.68733  0.00000  4.43345
  62 Epsilon        3.45431  4.29179  5.84929  4.43345  0.00000
  63 END
  64 ;
  65 ok $phy->print_matrix , $matrix;
  66
  67
  68
  69