t/Phenotype.t

   1 # -*-Perl-*-
   2 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   3 ## $Id$
   4
   5 # Before `make install' is performed this script should be runnable with
   6 # `make test'. After `make install' it should work as `perl test.t'
   7
   8 use strict;
   9 BEGIN {
  10     # to handle systems with no installed Test module
  11     # we include the t dir (where a copy of Test.pm is located)
  12     # as a fallback
  13     eval { require Test; };
  14     if( $@ ) {
  15         use lib 't';
  16     }
  17     use Test;
  18     plan tests => 109;
  19 }
  20
  21 use Bio::Phenotype::Phenotype;
  22 use Bio::Species;
  23 use Bio::Annotation::Reference;
  24 use Bio::Map::CytoPosition;
  25 use Bio::Phenotype::Correlate;
  26 use Bio::Phenotype::Measure;
  27 use Bio::Annotation::DBLink;
  28
  29
  30 my $obj = Bio::Phenotype::Phenotype->new();
  31
  32 ok( $obj->isa( "Bio::Phenotype::PhenotypeI" ) );
  33 ok( $obj->isa( "Bio::Phenotype::Phenotype" ) );
  34
  35 ok( $obj->name( "r1" ) );
  36 ok( $obj->name(), "r1" );
  37
  38 ok( $obj->description( "This is ..." ) );
  39 ok( $obj->description(), "This is ..." );
  40
  41 my $mouse = Bio::Species->new();
  42 $mouse->classification( qw( musculus Mus ) );
  43 ok( $obj->species( $mouse ) );
  44 ok( $obj->species()->binomial(), "Mus musculus" );
  45
  46 ok( $obj->comment( "putative" ) );
  47 ok( $obj->comment(), "putative" );
  48
  49
  50
  51 ok( $obj->each_gene_symbol(), 0 );
  52
  53 ok( $obj->add_gene_symbols( ( "A", "B" ) ) );
  54 ok( $obj->each_gene_symbol(), 2 );
  55 my @gs = $obj->each_gene_symbol();
  56 ok( $gs[ 0 ], "A" );
  57 ok( $gs[ 1 ], "B" );
  58 ok( $obj->each_gene_symbol(), 2 );
  59
  60 my @gs2 = $obj->remove_gene_symbols();
  61 ok( $gs2[ 0 ], "A" );
  62 ok( $gs2[ 1 ], "B" );
  63
  64 ok( $obj->each_gene_symbol(), 0 );
  65 ok( $obj->remove_gene_symbols(), 0 );
  66
  67
  68
  69 my $v1 = Bio::Variation::VariantI->new();
  70 my $v2 = Bio::Variation::VariantI->new();
  71
  72 $v1->length( "123" );
  73
  74 ok( $obj->each_Variant(), 0 );
  75
  76 ok( $obj->add_Variants( ( $v1, $v2 ) ) );
  77 ok( $obj->each_Variant(), 2 );
  78 my @vs = $obj->each_Variant();
  79 ok( $vs[ 0 ], $v1 );
  80 ok( $vs[ 1 ], $v2 );
  81 ok( $vs[ 0 ]->length(), "123" );
  82 ok( $obj->each_Variant(), 2 );
  83
  84 my @vs2 = $obj->remove_Variants();
  85 ok( $vs2[ 0 ], $v1 );
  86 ok( $vs2[ 1 ], $v2 );
  87
  88 ok( $obj->each_Variant(), 0 );
  89 ok( $obj->remove_Variants(), 0 );
  90
  91
  92
  93
  94 my $r1 = Bio::Annotation::Reference->new();
  95 my $r2 = Bio::Annotation::Reference->new();
  96
  97 $r1->title( "title" );
  98
  99 ok( $obj->each_Reference(), 0 );
 100
 101 ok( $obj->add_References( ( $r1, $r2 ) ) );
 102 ok( $obj->each_Reference(), 2 );
 103 my @rs = $obj->each_Reference();
 104 ok( $rs[ 0 ], $r1 );
 105 ok( $rs[ 1 ], $r2 );
 106 ok( $rs[ 0 ]->title(), "title" );
 107 ok( $obj->each_Reference(), 2 );
 108
 109 my @rs2 = $obj->remove_References();
 110 ok( $rs2[ 0 ], $r1 );
 111 ok( $rs2[ 1 ], $r2 );
 112
 113 ok( $obj->each_Reference(), 0 );
 114 ok( $obj->remove_References(), 0 );
 115
 116
 117
 118
 119 my $c1 = Bio::Map::CytoPosition->new();
 120 my $c2 = Bio::Map::CytoPosition->new();
 121
 122 $c1->chr( "12" );
 123
 124 ok( $obj->each_CytoPosition(), 0 );
 125
 126 ok( $obj->add_CytoPositions( ( $c1, $c2 ) ) );
 127 ok( $obj->each_CytoPosition(), 2 );
 128 my @cs = $obj->each_CytoPosition();
 129 ok( $cs[ 0 ], $c1 );
 130 ok( $cs[ 1 ], $c2 );
 131 ok( $cs[ 0 ]->chr(), "12" );
 132 ok( $obj->each_CytoPosition(), 2 );
 133
 134 my @cs2 = $obj->remove_CytoPositions();
 135 ok( $cs2[ 0 ], $c1 );
 136 ok( $cs2[ 1 ], $c2 );
 137
 138 ok( $obj->each_CytoPosition(), 0 );
 139 ok( $obj->remove_CytoPositions(), 0 );
 140
 141
 142
 143
 144 my $co1 = Bio::Phenotype::Correlate->new();
 145 my $co2 = Bio::Phenotype::Correlate->new();
 146
 147 ok( $co1->name( "name" ) );
 148
 149 ok( $obj->each_Correlate(), 0 );
 150
 151 ok( $obj->add_Correlates( ( $co1, $co2 ) ) );
 152 ok( $obj->each_Correlate(), 2 );
 153 my @cos = $obj->each_Correlate();
 154 ok( $cos[ 0 ], $co1 );
 155 ok( $cos[ 1 ], $co2 );
 156 ok( $cos[ 0 ]->name, "name" );
 157 ok( $obj->each_Correlate(), 2 );
 158
 159 my @cos2 = $obj->remove_Correlates();
 160 ok( $cos2[ 0 ], $co1 );
 161 ok( $cos2[ 1 ], $co2 );
 162
 163 ok( $obj->each_Correlate(), 0 );
 164 ok( $obj->remove_Correlates(), 0 );
 165
 166
 167
 168
 169 my $m1 = Bio::Phenotype::Measure->new();
 170 my $m2 = Bio::Phenotype::Measure->new();
 171
 172 ok( $m1->description( "desc" ) );
 173
 174 ok( $obj->each_Measure(), 0 );
 175
 176 ok( $obj->add_Measures( ( $m1, $m2 ) ) );
 177 ok( $obj->each_Measure(), 2 );
 178 my @ms = $obj->each_Measure();
 179 ok( $ms[ 0 ], $m1 );
 180 ok( $ms[ 1 ], $m2 );
 181 ok( $ms[ 0 ]->description, "desc" );
 182 ok( $obj->each_Measure(), 2 );
 183
 184 my @ms2 = $obj->remove_Measures();
 185 ok( $ms2[ 0 ], $m1 );
 186 ok( $ms2[ 1 ], $m2 );
 187
 188 ok( $obj->each_Measure(), 0 );
 189 ok( $obj->remove_Measures(), 0 );
 190
 191
 192
 193 ok( $obj->each_keyword(), 0 );
 194
 195 ok( $obj->add_keywords( ( "A", "B" ) ) );
 196 ok( $obj->each_keyword(), 2 );
 197 my @ks = $obj->each_keyword();
 198 ok( $ks[ 0 ], "A" );
 199 ok( $ks[ 1 ], "B" );
 200 ok( $obj->each_keyword(), 2 );
 201
 202 my @ks2 = $obj->remove_keywords();
 203 ok( $ks2[ 0 ], "A" );
 204 ok( $ks2[ 1 ], "B" );
 205
 206 ok( $obj->each_keyword(), 0 );
 207 ok( $obj->remove_keywords(), 0 );
 208
 209
 210
 211 my $l1 = Bio::Annotation::DBLink->new();
 212 my $l2 = Bio::Annotation::DBLink->new();
 213
 214 ok( $l1->comment( "comment" ) );
 215
 216 ok( $obj->each_DBLink(), 0 );
 217
 218 ok( $obj->add_DBLinks( ( $l1, $l2 ) ) );
 219 ok( $obj->each_DBLink(), 2 );
 220 my @ls = $obj->each_DBLink();
 221 ok( $ls[ 0 ], $l1 );
 222 ok( $ls[ 1 ], $l2 );
 223 ok( $ls[ 0 ]->comment(), "comment" );
 224 ok( $obj->each_DBLink(), 2 );
 225
 226 my @ls2 = $obj->remove_DBLinks();
 227 ok( $ls2[ 0 ], $l1 );
 228 ok( $ls2[ 1 ], $l2 );
 229
 230 ok( $obj->each_DBLink(), 0 );
 231 ok( $obj->remove_DBLinks(), 0 );
 232
 233
 234
 235 ok( $obj->each_Genotype(), 0 );
 236
 237 ok( $obj->add_Genotypes( ( "A", "B" ) ) );
 238 ok( $obj->each_Genotype(), 2 );
 239 my @gts = $obj->each_Genotype();
 240 ok( $gts[ 0 ], "A" );
 241 ok( $gts[ 1 ], "B" );
 242 ok( $obj->each_Genotype(), 2 );
 243
 244 my @gts2 = $obj->remove_Genotypes();
 245 ok( $gts2[ 0 ], "A" );
 246 ok( $gts2[ 1 ], "B" );
 247
 248 ok( $obj->each_Genotype(), 0 );
 249 ok( $obj->remove_Genotypes(), 0 );
 250
 251
 252
 253
 254
 255
 256
 257
 258
 259
 260
 261
 262