t/Molphy.t

   1 # This is -*-Perl-*- code
   2 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   3 ##
   4 # $Id$
   5
   6 # Before `make install' is performed this script should be runnable with
   7 # `make test'. After `make install' it should work as `perl test.t'
   8
   9 use strict;
  10 use vars qw($NUMTESTS $error);
  11
  12 BEGIN {
  13         # to handle systems with no installed Test module
  14         # we include the t dir (where a copy of Test.pm is located)
  15         # as a fallback
  16         eval { require Test; };
  17         $error = 0;
  18         if( $@ ) {
  19                 use lib 't';
  20         }
  21         use Test;
  22
  23         $NUMTESTS = 17;
  24         plan tests => $NUMTESTS;
  25         eval { require IO::String;
  26                          require Bio::Tools::Phylo::Molphy;};
  27         if( $@ ) {
  28                 warn "No IO::String installed\n";
  29                 $error = 1;
  30         }
  31 }
  32
  33 END {
  34         foreach ( $Test::ntest .. $NUMTESTS ) {
  35                 skip("Unable to run the Molphy tests",1);
  36         }
  37 }
  38
  39
  40 exit(0) if( $error );
  41
  42 my $testnum;
  43 my $verbose = 0;
  44
  45 ## End of black magic.
  46 ##
  47 ## Insert additional test code below but remember to change
  48 ## the print "1..x\n" in the BEGIN block to reflect the
  49 ## total number of tests that will be run.
  50
  51 my $inmolphy = new Bio::Tools::Phylo::Molphy(-file => 't/data/lysozyme6.simple.protml');
  52 ok($inmolphy);
  53 my $r = $inmolphy->next_result;
  54 ok($r);
  55 ok($r->model, 'JTT');
  56 ok($r->search_space,50);
  57 my @trees;
  58 while( my $t = $r->next_tree ) {
  59     push @trees, $t;
  60 }
  61 ok(@trees,5);
  62  $inmolphy = new Bio::Tools::Phylo::Molphy(-file => 't/data/lysozyme6.protml');
  63 ok($inmolphy);
  64 $r = $inmolphy->next_result;
  65 ok($r->model, 'JTT');
  66 ok($r->search_space,50);
  67 @trees = ();
  68 while( my $t = $r->next_tree ) {
  69     push @trees, $t;
  70 }
  71 ok(@trees,5);
  72
  73 ok($trees[0]->score, -1047.8);
  74 ok($trees[-1]->id, 9);
  75
  76 my $tpm = $r->transition_probability_matrix;
  77 ok($tpm->{'Val'}->{'Val'}, -122884);
  78 ok($tpm->{'Ala'}->{'Arg'}, 2710);
  79
  80 my $sub_mat = $r->substitution_matrix;
  81 ok($sub_mat->{'Val'}->{'Tyr'}, 50);
  82 ok($sub_mat->{'Arg'}->{'Ile'}, 72);
  83 ok($sub_mat->{'Met'}->{'Met'}, '');
  84
  85 my %fmat = $r->residue_frequencies();
  86 ok($fmat{'D'}->[0], 0.052);