t/MeSH.t

   1 # This is -*-Perl-*- code
   2 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   3 ##
   4 # $Id$
   5
   6 # Before `make install' is performed this script should be runnable with
   7 # `make test'. After `make install' it should work as `perl test.t'
   8
   9 use strict;
  10 use vars qw($NUMTESTS $DEBUG);
  11 $DEBUG = $ENV{'BIOPERLDEBUG'} || 0;
  12
  13 my $error;
  14
  15 BEGIN {
  16     # to handle systems with no installed Test module
  17     # we include the t dir (where a copy of Test.pm is located)
  18     # as a fallback
  19         eval { require Test; };
  20         $error = 0;
  21         if( $@ ) {
  22                 use lib 't';
  23         }
  24         use Test;
  25         $NUMTESTS = 23;
  26
  27         plan tests => $NUMTESTS;
  28
  29         eval { require IO::String;
  30                          require LWP::UserAgent;
  31                          require HTTP::Request::Common;
  32        };
  33         if( $@ ) {
  34                 print STDERR "IO::String or LWP::UserAgent or HTTP::Request not installed. This means the MeSH modules are not usable. Skipping tests.\n";
  35                 for( 1..$NUMTESTS ) {
  36                         skip("IO::String, LWP::UserAgent,or HTTP::Request not installed",1);
  37                 }
  38                 $error = 1;
  39         }
  40 }
  41 # For tests of Bio::DB::MeSH see t/DB.t
  42
  43 if( $error ==  1 ) {
  44     exit(0);
  45 }
  46
  47 END {
  48         foreach ( $Test::ntest..$NUMTESTS) {
  49                 skip('unable to run all of the MeSH.t tests, skipping',1);
  50     }
  51 }
  52
  53 require Bio::Phenotype::MeSH::Term;
  54 require Bio::Phenotype::MeSH::Twig;
  55 require Bio::DB::MeSH;
  56 ok 1;
  57
  58 my $verbose = 0;
  59
  60 ok my $term = Bio::Phenotype::MeSH::Term->new(-verbose =>$verbose);
  61 ok $term->id('D000001'), 'D000001';
  62 ok $term->id, 'D000001';
  63 ok $term->name('Dietary Fats'), 'Dietary Fats';
  64 ok $term->name, 'Dietary Fats';
  65 ok $term->description('dietary fats are...'), 'dietary fats are...';
  66 ok $term->description, 'dietary fats are...';
  67
  68 ok my $twig = Bio::Phenotype::MeSH::Twig->new(-verbose =>$verbose);
  69 ok $twig->parent('Fats'), 'Fats';
  70 ok $twig->parent(), 'Fats';
  71
  72
  73 ok $term->add_twig($twig);
  74 ok $term->each_twig(), 1;
  75 ok $twig->term, $term;
  76
  77 ok $twig->add_sister('Bread', 'Candy', 'Cereals'), 3;
  78 ok $twig->add_sister('Condiments', 'Dairy Products'), 2;
  79 ok $twig->each_sister(), 5;
  80 ok $twig->purge_sisters();
  81 ok $twig->each_sister(), 0;
  82
  83 ok $twig->add_child('Butter', 'Margarine'), 2;
  84 ok $twig->each_child(), 2;
  85 ok $twig->purge_children();
  86 ok $twig->each_child(), 0;
  87
  88