t/Matrix.t

   1 # -*-Perl-*-
   2 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   3 ## $Id$
   4 #
   5
   6 use strict;
   7
   8 BEGIN {
   9     use vars qw($DEBUG);
  10     $DEBUG = $ENV{'BIOPERLDEBUG'};
  11     # to handle systems with no installed Test module
  12     # we include the t dir (where a copy of Test.pm is located)
  13     # as a fallback
  14     eval { require Test; };
  15     if( $@ ) {
  16         use lib 't';
  17     }
  18     use Test;
  19     plan tests => 68;
  20 }
  21
  22 #END {
  23 #}
  24
  25 use Bio::Matrix::Generic;
  26 use Bio::Matrix::IO;
  27 use Bio::Root::IO;
  28
  29 my $raw = [ [ 0, 10, 20],
  30             [ 2, 17,  4],
  31             [ 3,  4,  5] ];
  32
  33 my $matrix = new Bio::Matrix::Generic(-values => $raw,
  34                                       -matrix_id  => 'fakeid00',
  35                                       -matrix_name=> 'matname',
  36                                       -rownames   => [qw(A B C)],
  37                                       -colnames   => [qw(D E F)] );
  38
  39 ok($matrix->matrix_name, 'matname');
  40 ok($matrix->matrix_id,   'fakeid00');
  41 ok($matrix->entry('A','F'), $raw->[0]->[2]);
  42 my @colE = $matrix->get_column('E');
  43 ok($colE[0], $raw->[0]->[1]);
  44 ok($colE[1], $raw->[1]->[1]);
  45 ok($colE[2], $raw->[2]->[1]);
  46
  47 my @rowC = $matrix->get_row('C');
  48 ok($rowC[0], $raw->[2]->[0]);
  49 ok($rowC[1], $raw->[2]->[1]);
  50 ok($rowC[2], $raw->[2]->[2]);
  51
  52 ok($matrix->row_num_for_name('A'),0);
  53 ok($matrix->column_num_for_name('D'),0);
  54
  55 ok($matrix->row_header(1),'B');
  56 ok($matrix->column_header(0),'D');
  57
  58 ok($matrix->add_row(1, 'b', [qw(21 13 14)]),4);
  59 ok($matrix->add_column(2, 'f', [qw(71 81 14 3)]),4);
  60
  61 ok($matrix->add_row(4, 'c', [qw(22 11 17)]),5);
  62 ok($matrix->remove_row(4),4);
  63
  64 ok($matrix->add_column(4, 'g', [qw(11 10 100 71)]),5);
  65 ok($matrix->remove_column(4),4);
  66
  67 ok($matrix->row_num_for_name('B'),2);
  68 ok($matrix->row_num_for_name('b'),1);
  69
  70 ok($matrix->column_num_for_name('D'),0);
  71 ok($matrix->column_num_for_name('F'),3);
  72 ok($matrix->column_num_for_name('f'),2);
  73
  74 ok($matrix->row_header(2),'B');
  75
  76 ok($matrix->column_header(3),'F');
  77
  78 ok($matrix->get_entry('b', 'f'), 81);
  79
  80
  81 # read in a scoring matrix
  82
  83 my $io = Bio::Matrix::IO->new(-format => 'scoring',
  84                               -file   => Bio::Root::IO->catfile
  85                               (qw(t data BLOSUM50)));
  86 my $blosum_matrix = $io->next_matrix;
  87 ok($blosum_matrix->isa('Bio::Matrix::Scoring'));
  88 ok($blosum_matrix->entropy, 0.4808);
  89 ok($blosum_matrix->expected_score, -0.3573);
  90 ok($blosum_matrix->scale, '1/3');
  91 ok($blosum_matrix->get_entry('*','A'), -5);
  92 ok($blosum_matrix->get_entry('V','Y'), -1);
  93 ok($blosum_matrix->get_entry('Y','V'), -1);
  94 ok($blosum_matrix->get_entry('L','I'), 2);
  95 my @diag = $blosum_matrix->get_diagonal;
  96 ok($diag[2],7);
  97 my @row = $blosum_matrix->get_row('D');
  98 ok($row[5], $blosum_matrix->get_entry('D','Q'));
  99 ok($blosum_matrix->num_rows,24);
 100 ok($blosum_matrix->num_columns,24);
 101
 102 $io = Bio::Matrix::IO->new(-format => 'scoring',
 103                            -file   => Bio::Root::IO->catfile
 104                            (qw(t data PAM250)));
 105 my $pam_matrix = $io->next_matrix;
 106 ok($pam_matrix->isa('Bio::Matrix::Scoring'));
 107 ok($pam_matrix->entropy, 0.354);
 108 ok($pam_matrix->expected_score, -0.844,);
 109 ok($pam_matrix->scale, 'ln(2)/3');
 110 ok($pam_matrix->num_rows,24);
 111 ok($pam_matrix->get_entry('G','*'), -8);
 112 ok($pam_matrix->get_entry('V','Y'), -2);
 113 ok($pam_matrix->get_entry('Y','V'), -2);
 114 ok($pam_matrix->get_entry('L','I'), 2);
 115 @diag = $pam_matrix->get_diagonal;
 116 ok($diag[2],2);
 117 @row = $pam_matrix->get_row('D');
 118 ok($row[5], $pam_matrix->get_entry('D','Q'));
 119
 120 # test Phylip parsing
 121
 122 $io = new Bio::Matrix::IO(-format  => 'phylip',
 123                           -program => 'phylipdist',
 124                           -file    => Bio::Root::IO->catfile
 125                           (qw(t data phylipdist.out)));
 126
 127 my $phy = $io->next_matrix;
 128 ok $phy->program, 'phylipdist';
 129 ok $phy->get_entry('Alpha','Beta'), '4.23419';
 130 ok $phy->get_entry('Gamma','Alpha'),'3.63330';
 131
 132 my @column =  $phy->get_column('Alpha');
 133 ok $column[0], '0.00000';
 134 ok $column[1], '4.23419';
 135 ok $column[2], '3.63330';
 136 ok $column[3], '6.20865';
 137 ok $column[4], '3.45431';
 138
 139 @row    = $phy->get_row('Gamma');
 140 ok $row[0], '3.63330';
 141 ok $row[1], '3.49289';
 142 ok $row[2], '0.00000';
 143 ok $row[3], '3.68733';
 144 ok $row[4], '5.84929';
 145
 146 @diag   = $phy->get_diagonal;
 147
 148 ok $diag[0], '0.00000';
 149 ok $diag[1], '0.00000';
 150 ok $diag[2], '0.00000';
 151 ok $diag[3], '0.00000';
 152 ok $diag[4], '0.00000';
 153
 154
 155