t/LinkageMap.t

   1 # -*-Perl-*-
   2 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   3 ## $Id$
   4 #
   5
   6 use strict;
   7
   8 BEGIN {
   9     use vars qw($DEBUG);
  10     $DEBUG = $ENV{'BIOPERLDEBUG'};
  11     # to handle systems with no installed Test module
  12     # we include the t dir (where a copy of Test.pm is located)
  13     # as a fallback
  14     eval { require Test; };
  15     if( $@ ) {
  16         use lib 't';
  17     }
  18     use Test;
  19     plan tests => 16;
  20 }
  21
  22 # END {
  23 # }
  24
  25 require 'dumpvar.pl';
  26
  27 use Bio::Map::LinkagePosition;
  28 use Bio::Map::Microsatellite;
  29 use Bio::Map::LinkageMap;
  30
  31 ok 1 ;
  32 my $verbose = 0;
  33 ok my $map = new Bio::Map::LinkageMap('-verbose' => $verbose,
  34                                    '-name'    => 'Leviathon',
  35                                    '-type'    => 'Genetic',
  36                                    '-units'   => 'cM',
  37                                    '-species' => "Brassica");
  38 ok ref($map), 'Bio::Map::LinkageMap';
  39 ok $map->name, 'Leviathon';
  40 ok $map->type, 'Genetic';
  41 ok $map->units, 'cM';
  42 ok $map->species, 'Brassica';
  43 ok $map->unique_id, '1';
  44
  45 ok my $position = new Bio::Map::LinkagePosition('-order' => 2,
  46                                                 '-map' =>  $map,
  47                                                 '-value' => 22.3
  48                                                 );
  49
  50 ok $position->order, 2;
  51 ok $position->map, $map,
  52 ok $position->value, 22.3;
  53
  54 ok my $o_usat = new Bio::Map::Microsatellite('-name'     => "Chad marker",
  55                                              '-position' => $position);
  56
  57 ok $o_usat->name, 'Chad marker';
  58 ok $o_usat->position, $position ;
  59 ok $map->add_element($o_usat);
  60
  61 #use Data::Dumper; print Dumper($map);
  62 #----------------------------
  63 #ok my $position2 = new Bio::Map::LinkagePosition(-order => qw(3 4 5),
  64 #                                                );
  65 # print("position2 looks like this:\n");
  66 # dumpValue($position2);
  67 #ok(($position2->each_position_value('fakemap'))[0] == 0);
  68 #ok $position2->order, 3;
  69
  70 #-------------
  71 #ok($position->order, 2);
  72 #ok(($position->each_position_value($map))[0], 22.3);
  73         # what should be printed if this was ok?
  74         # ok(1);
  75
  76 #ok my $o_usat = new Bio::Map::Microsatellite('-name'     => "Chad marker",
  77 #                                             '-position' => $position);
  78 #
  79 #ok $o_usat->name, 'Chad marker';
  80 #ok $o_usat->position, $position ;
  81 #ok $map->add_element($o_usat);
  82 # what should be printed if this is ok?
  83 #dumpValue($map);
  84
  85 # add more tests
  86 # see also t/microsatellite.t and t/linkageposition.t