t/GraphAdaptor.t

   1 # -*-Perl-*-
   2 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   3 # $Id$
   4
   5 # Before `make install' is performed this script should be runnable with
   6 # `make test'. After `make install' it should work as `perl test.t'
   7
   8 use strict;
   9 BEGIN {
  10     # to handle systems with no installed Test module
  11     # we include the t dir (where a copy of Test.pm is located)
  12     # as a fallback
  13     eval { require Test; };
  14     if( $@ ) {
  15         use lib 't';
  16     }
  17     use Test;
  18
  19     eval { require 'Graph.pm' };
  20     if( $@ ) {
  21             print STDERR "\nGraph.pm doesn't seem to be installed on this system -- the GO Parser needs it...\n\n";
  22             plan tests => 1;
  23             ok( 1 );
  24             exit( 0 );
  25     }
  26
  27     plan tests => 18;
  28 }
  29
  30 use Bio::Ontology::SimpleGOEngine::GraphAdaptor;
  31
  32 my $g=new Bio::Ontology::SimpleGOEngine::GraphAdaptor;
  33 my $graph_version=( defined($Graph::VERSION) && $Graph::VERSION >= 0.5 )  ? 'new' : 'old';
  34 my $adaptor_class=$graph_version eq 'new' ?
  35   'Bio::Ontology::SimpleGOEngine::GraphAdaptor' : 'Bio::Ontology::SimpleGOEngine::GraphAdaptor02';
  36 ok (ref $g, $adaptor_class);
  37
  38 $g->add_vertex('vertex0');
  39 ok($g->has_vertex('vertex0'));
  40 ok(!$g->has_vertex('vertex1'));
  41 my @v=$g->vertices;
  42 ok (@v==1 && $v[0] eq 'vertex0') ;
  43
  44 $g->add_edge('vertex0','vertex1');
  45 ok($g->has_edge('vertex0','vertex1'));
  46 ok(!$g->has_edge('vertex0','vertex'));
  47 my @e=$g->edges;
  48 ok (@e==1 && $e[0]->[0] eq 'vertex0' && $e[0]->[1] eq 'vertex1') ;
  49
  50 @e=$g->edges_at('vertex0');
  51 ok (@e==1 && $e[0]->[0] eq 'vertex0' && $e[0]->[1] eq 'vertex1') ;
  52
  53 @v=$g->predecessors('vertex1');
  54 ok (@v==1 && $v[0] eq 'vertex0');
  55
  56 @v=$g->successors('vertex0');
  57 ok (@v==1 && $v[0] eq 'vertex1');
  58
  59 @v=$g->source_vertices;
  60 ok (@v==1 && $v[0] eq 'vertex0');
  61
  62 @v=$g->sink_vertices;
  63 ok (@v==1 && $v[0] eq 'vertex1');
  64
  65 $g->set_vertex_attribute('vertex0','ATTR0','vertex0_ATTR0');
  66 $g->set_vertex_attribute('vertex0','ATTR1','vertex0_ATTR1');
  67 $g->set_vertex_attribute('vertex1','ATTR0','vertex1_ATTR0');
  68 $g->set_vertex_attribute('vertex1','ATTR1','vertex1_ATTR1');
  69 ok ($g->get_vertex_attribute('vertex0','ATTR0'),'vertex0_ATTR0');
  70 ok ($g->get_vertex_attribute('vertex0','ATTR1'),'vertex0_ATTR1');
  71 ok ($g->get_vertex_attribute('vertex1','ATTR0'),'vertex1_ATTR0');
  72 ok ($g->get_vertex_attribute('vertex1','ATTR1'),'vertex1_ATTR1');
  73
  74 $g->set_edge_attribute('vertex0','vertex1','ATTR0','vertex0_vertex1_ATTR0');
  75 $g->set_edge_attribute('vertex0','vertex1','ATTR1','vertex0_vertex1_ATTR1');
  76 ok ($g->get_edge_attribute('vertex0','vertex1','ATTR0'),'vertex0_vertex1_ATTR0');
  77 ok ($g->get_edge_attribute('vertex0','vertex1','ATTR1'),'vertex0_vertex1_ATTR1');
  78
  79