t/Genewise.t

   1 # -*-Perl-*-
   2 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   3
   4
   5 use strict;
   6 BEGIN {
   7     eval { require Test; };
   8     if( $@ ) {
   9         use lib 't';
  10     }
  11     use Test;
  12     use vars qw($NTESTS);
  13     $NTESTS = 51;
  14     plan tests => $NTESTS;
  15 }
  16 use Bio::Tools::Genewise;
  17 use Bio::SeqIO;
  18 use Bio::SearchIO;
  19 use Bio::Root::IO;
  20
  21 END {
  22         for ( $Test::ntest..$NTESTS ) {
  23                 skip("Cannot run remaining Genewise tests, skipping.",1);
  24         }
  25 }
  26
  27 my $inputfilename= Bio::Root::IO->catfile("t","data","genewise.out");
  28 my $parser = Bio::Tools::Genewise->new(-file => $inputfilename);
  29 my @gene;
  30 while (my $gene= $parser->next_prediction){
  31     push @gene, $gene;
  32 }
  33 my @t = $gene[0]->transcripts;
  34 my @e = $t[0]->exons;
  35
  36 ok ($t[0]->seq_id, 'Scaffold_2042.1');
  37 ok ($e[0]->seq_id, 'Scaffold_2042.1');
  38 ok ($t[0]->source_tag, 'genewise');
  39 ok ($e[0]->source_tag, 'genewise');
  40 ok ($t[0]->primary_tag, 'transcript');
  41 ok ($e[0]->primary_tag, 'exon');
  42
  43 ok (scalar($t[0]->exons), 18);
  44 ok ($t[0]->start, 22265);
  45 ok ($t[0]->end, 37062);
  46 ok ($e[0]->start,22265);
  47 ok ($e[0]->end, 22396);
  48 my ($phase) = $e[0]->each_tag_value('phase');
  49 ok ($phase,0);
  50 my ($sf)= $e[0]->each_tag_value('supporting_feature');
  51 ok ($sf->feature1->seq_id,'Scaffold_2042.1');
  52 ok ($sf->feature1->start,22265);
  53 ok ($sf->feature1->end,22396);
  54 ok ($sf->feature2->seq_id,'SINFRUP00000067802');
  55 ok ($sf->feature2->start,1);
  56 ok ($sf->feature2->end,44);
  57 ok ($sf->feature1->end,22396);
  58
  59 open(FH,$inputfilename);
  60 $parser = Bio::Tools::Genewise->new(-fh=>\*FH);
  61 while (my $gene= $parser->next_prediction){
  62     push @gene, $gene;
  63 }
  64 @t = $gene[0]->transcripts;
  65 @e = $t[0]->exons;
  66
  67 ok (scalar($t[0]->exons), 18);
  68 ok ($t[0]->start, 22265);
  69 ok ($t[0]->end, 37062);
  70 ok ($e[0]->start,22265);
  71 ok ($e[0]->end, 22396);
  72 ($phase) = $e[0]->each_tag_value('phase');
  73 ok ($phase,0);
  74 ($sf)= $e[0]->each_tag_value('supporting_feature');
  75 ok ($sf->feature1->seq_id,'Scaffold_2042.1');
  76 ok ($sf->feature1->start,22265);
  77 ok ($sf->feature1->end,22396);
  78 ok ($sf->feature2->seq_id,'SINFRUP00000067802');
  79 ok ($sf->feature2->start,1);
  80 ok ($sf->feature2->end,44);
  81 ok ($sf->feature1->end,22396);
  82
  83 $parser = new Bio::SearchIO(-file =>
  84                             Bio::Root::IO->catfile(qw(t data genewise.out)),
  85                             -format   => 'wise',
  86                             -wisetype => 'genewise');
  87 my $result = $parser->next_result;
  88 skip(1,'swapping query/name need to reconsider how this done');
  89 #ok($result->query_name, 'SINFRUP00000067802');
  90 my $hit = $result->next_hit;
  91 skip(1,'swapping query/name need to reconsider how this done');
  92 #ok($hit->name, 'Scaffold_2042.1');
  93 ok($hit->score, 2054.68);
  94 my $hsp = $hit->next_hsp;
  95
  96 ok($hsp->query->start,22265);
  97 ok($hsp->query->end,22396);
  98 ok($hsp->query->strand,1);
  99 ok($hsp->query->score, 2054.68);
 100
 101 ok($hsp->hit->start,1);
 102 ok($hsp->hit->end,44);
 103 ok($hsp->hit->strand,0);
 104 ok($hsp->hit->score, 2054.68);
 105
 106 $hsp = $hit->next_hsp;
 107
 108 ok($hsp->query->start,24224);
 109 ok($hsp->query->end,24328);
 110
 111 ok($hsp->hit->start,45);
 112 ok($hsp->hit->end,79);
 113
 114 $hsp = $hit->next_hsp;
 115
 116 ok($hsp->query->start,24471);
 117 ok($hsp->query->end,24513);
 118
 119 ok($hsp->hit->start,80);
 120 ok($hsp->hit->end,93);