t/Assembly.t

   1 # This is -*-Perl-*- code
   2 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   3 ##
   4 # $Id$
   5
   6 # Before `make install' is performed this script should be runnable with
   7 # `make test'. After `make install' it should work as `perl test.t'
   8
   9 use strict;
  10 use vars qw($NUMTESTS $DEBUG);
  11 $DEBUG = $ENV{'BIOPERLDEBUG'} || 0;
  12
  13 my $error;
  14
  15 BEGIN {
  16     # to handle systems with no installed Test module
  17     # we include the t dir (where a copy of Test.pm is located)
  18     # as a fallback
  19     eval { require Test; };
  20     $error = 0;
  21     if( $@ ) {
  22         use lib 't';
  23     }
  24     use Test;
  25
  26     $NUMTESTS = 19;
  27     plan tests => $NUMTESTS;
  28     eval { require DB_File };
  29     if( $@ ) {
  30                  print STDERR "DB_File not installed. This means the Assembly modules are not available.  Skipping tests.\n";
  31                  for( 1..$NUMTESTS ) {
  32                          skip("DB_File not installed",1);
  33                  }
  34                  $error = 1;
  35     }
  36 }
  37
  38
  39 END {
  40         foreach ( $Test::ntest..$NUMTESTS) {
  41                 skip('unable to run all of the DB tests',1);
  42         }
  43 }
  44
  45 if( $error ==  1 ) {
  46     exit(0);
  47 }
  48
  49 #syntax test
  50
  51 require Bio::Assembly::IO;
  52 require Bio::Assembly::Scaffold;
  53 require Bio::Assembly::Contig;
  54 require Bio::Assembly::ContigAnalysis;
  55
  56 use Data::Dumper;
  57
  58 ok 1;
  59
  60 #
  61 # Testing IO
  62 #
  63
  64 # -file => ">".Bio::Root::IO->catfile("t","data","primaryseq.embl")
  65
  66 ok my $in = Bio::Assembly::IO->new
  67     (-file=>Bio::Root::IO->catfile
  68      ("t","data","consed_project","edit_dir","test_project.phrap.out"));
  69
  70 ok my $sc = $in->next_assembly;
  71 #print Dumper $sc;
  72
  73 #
  74 # Testing Scaffold
  75 #
  76
  77
  78 ok $sc->id, "NoName";
  79 ok $sc->id('test'), "test";
  80
  81 ok $sc->annotation;
  82 skip "no annotations in Annotation collection?", $sc->annotation->get_all_annotation_keys, 0;
  83 ok $sc->get_nof_contigs, 1;
  84 ok $sc->get_nof_sequences_in_contigs, 2;
  85 skip "should return a number", $sc->get_nof_singlets, 0;
  86 skip $sc->get_seq_ids, 2;
  87 skip $sc->get_contig_ids, 1;
  88 skip "nothing to test", $sc->get_singlet_ids;
  89
  90
  91 #
  92 # Testing Contig
  93 #
  94
  95 #
  96 # Testing ContigAnalysis
  97 #
  98
  99 #
 100 # Testing Ace
 101 #
 102
 103 my $aio = Bio::Assembly::IO->new(
 104     -file=>Bio::Root::IO->catfile
 105      ("t","data","consed_project","edit_dir","test_project.fasta.screen.ace.2"),
 106     -format=>'ace',
 107 );
 108
 109 my $assembly = $aio->next_assembly();
 110 my @contigs = $assembly->all_contigs();
 111
 112 my $direction = $contigs[0]->strand;
 113 ok $direction, 1;
 114
 115 my $features =  $contigs[0]->get_features_collection;
 116 my @contig_features = $features->get_all_features;
 117 ok @contig_features, 8;
 118
 119 my @annotations = grep {$_->primary_tag eq 'Annotation'} @contig_features;
 120 ok @annotations, 2;
 121 my $had_tag = 0;
 122 foreach my $an (@annotations) {
 123         if ($an->has_tag('extra_info')) {
 124                 $had_tag++;
 125                 ok (($an->get_tag_values('extra_info'))[0], "contig extra\ninfo\n");
 126         }
 127         elsif ($an->has_tag('comment')){
 128                 $had_tag++;
 129                 ok (($an->get_tag_values('comment'))[0], "contig tag\ncomment\n");
 130         }
 131 }
 132 ok $had_tag, 2;