t/Allele.t

   1 # -*-Perl-*-
   2 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   3 ## $Id$
   4
   5 use strict;
   6
   7 BEGIN {
   8     # to handle systems with no installed Test module
   9     # we include the t dir (where a copy of Test.pm is located)
  10     # as a fallback
  11     eval { require Test; };
  12     if( $@ ) {
  13         use lib 't';
  14     }
  15     use Test;
  16     plan tests => 15 }
  17
  18 use Bio::Variation::Allele;
  19
  20 ok(1);
  21
  22 my($a,$trunc,$rev);
  23
  24 $a = Bio::Variation::Allele->new(-seq=>'ACTGACTGACTG',
  25                         -display_id => 'new-id',
  26                         -alphabet => 'dna',
  27                         -accession_number => 'X677667',
  28                         -desc=>'Sample Bio::Seq object');
  29 ok defined $a,
  30 ok ref($a), 'Bio::Variation::Allele';
  31
  32 ok $a->accession_number(), 'X677667';
  33 ok $a->seq(), 'ACTGACTGACTG';
  34 ok $a->display_id(),'new-id' ;
  35 ok $a->desc, 'Sample Bio::Seq object';
  36 ok $a->alphabet(), 'dna';
  37
  38 ok defined($trunc = $a->trunc(1,4));
  39 ok $trunc->seq(), 'ACTG', "Expecting ACTG. Got ". $trunc->seq();
  40
  41 ok defined($rev = $a->revcom());
  42 ok $rev->seq(), 'CAGTCAGTCAGT';
  43
  44 $a->is_reference(1);
  45 ok $a->is_reference;
  46
  47 $a->repeat_unit('ACTG');
  48 ok $a->repeat_unit, 'ACTG';
  49
  50 $a->repeat_count(3);
  51 ok $a->repeat_count, 3;
  52