t/AlignUtil.t

   1 # -*-Perl-*-
   2 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   3 ## $Id$
   4
   5 # Before `make install' is performed this script should be runnable with
   6 # `make test'. After `make install' it should work as `perl test.t'
   7
   8 my $error = 0;
   9
  10 use strict;
  11 BEGIN {
  12     # to handle systems with no installed Test module
  13     # we include the t dir (where a copy of Test.pm is located)
  14     # as a fallback
  15     eval { require Test; };
  16     if( $@ ) {
  17         use lib 't';
  18     }
  19
  20     use Test;
  21     plan tests => 16;
  22 }
  23
  24 if( $error == 1 ) {
  25     exit(0);
  26 }
  27
  28 my $debug = -1;
  29
  30 use Bio::Align::Utilities qw(aa_to_dna_aln bootstrap_replicates);
  31 use Bio::AlignIO;
  32 use Bio::Root::IO;
  33 use Bio::SeqIO;
  34
  35 my $in = new Bio::AlignIO(-format => 'clustalw',
  36                           -file   => Bio::Root::IO->catfile
  37                           ('t','data','pep-266.aln'));
  38 my $aln = $in->next_aln();
  39 ok($aln);
  40 $in->close();
  41
  42 my $seqin = new Bio::SeqIO(-format => 'fasta',
  43                            -file   => Bio::Root::IO->catfile
  44                            ('t','data','cds-266.fas'));
  45 # get the cds sequences
  46 my %cds_seq;
  47 while( my $seq = $seqin->next_seq ) {
  48     $cds_seq{$seq->display_id} = $seq;
  49 }
  50
  51 my $cds_aln = &aa_to_dna_aln($aln,\%cds_seq);
  52
  53 my @aa_seqs = $aln->each_seq;
  54
  55 for my $cdsseq ( $cds_aln->each_seq ) {
  56     my $peptrans = $cdsseq->translate();
  57     my $aaseq = shift @aa_seqs;
  58     ok($peptrans->seq(),$aaseq->seq());
  59 }
  60
  61 my $bootstraps = &bootstrap_replicates($aln,10);
  62
  63 ok(scalar @$bootstraps, 10);