t/SearchIO/psl.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id: UCSCParsers.t 11525 2007-06-27 10:16:38Z sendu $
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 53);
  11
  12     use_ok('Bio::SearchIO');
  13 }
  14
  15 my $pslparser = Bio::SearchIO->new(-format => 'psl',
  16                                   -file   => test_input_file('sbay_c545-yeast.BLASTZ.PSL'));
  17
  18 my $result = $pslparser->next_result;
  19 is($result->query_name, 'I');
  20 is($result->query_length, 230203);
  21
  22 my $hit    = $result->next_hit;
  23 is($hit->name, 'sbay_c545');
  24 is($hit->length, 28791);
  25 my $hsp    = $hit->next_hsp;
  26 is($hsp->query->start,139871);
  27 is($hsp->query->end,141472);
  28 is($hsp->query->length, 1602);
  29 is($hsp->query->strand, 1);
  30 is($hsp->hit->strand, 1);
  31 my $q_gapblocks = $hsp->gap_blocks('query');
  32 is(scalar @$q_gapblocks, 24);
  33 is($q_gapblocks->[0]->[1],45);
  34 is($q_gapblocks->[1]->[1],10);
  35 is($q_gapblocks->[1]->[0],139921);
  36
  37 $hsp       = $hit->next_hsp;
  38 $hsp       = $hit->next_hsp;
  39 is($hsp->hit->start,27302);
  40 is($hsp->hit->end,27468);
  41 is($hsp->hit->length,167);
  42 is($hsp->query->start, 123814);
  43 is($hsp->query->end, 123972);
  44 is($hsp->query->length, 159);
  45 is($hsp->query->strand,-1);
  46
  47 $q_gapblocks = $hsp->gap_blocks('query');
  48 is(scalar @$q_gapblocks, 4);
  49 is($q_gapblocks->[0]->[1],116);
  50 is($q_gapblocks->[1]->[1],4);
  51 is($q_gapblocks->[1]->[0],123856);
  52
  53 #-----------------------------------
  54
  55 $pslparser = Bio::SearchIO->new(-format => 'psl',
  56                                -file   => test_input_file('blat.psLayout3'));
  57
  58 $result = $pslparser->next_result;
  59 is($result->query_name, 'sequence_10');
  60 is($result->query_length, 1775);
  61
  62 $hit    = $result->next_hit;
  63 is($hit->name, 'sequence_10');
  64 is($hit->length, 1775);
  65 $hsp    = $hit->next_hsp;
  66 is($hsp->query->start,1);
  67 is($hsp->query->end,1775);
  68 is($hsp->query->length,1775);
  69 is($hsp->query->strand,1);
  70 is($hsp->hit->strand,1);
  71 $q_gapblocks = $hsp->gap_blocks('query');
  72 is(scalar @$q_gapblocks, 1);
  73 is($q_gapblocks->[0]->[1],1775);
  74 is($q_gapblocks->[1]->[1],undef);
  75 is($q_gapblocks->[1]->[0],undef);
  76
  77 $hsp       = $hit->next_hsp;
  78 is($hsp->hit->start,841);
  79 is($hsp->hit->end,1244);
  80 is($hsp->query->start, 841);
  81 is($hsp->query->end, 1244);
  82 is($hsp->query->length, 404);
  83 is($hsp->query->strand,-1);
  84 is($hsp->hit->strand,1);
  85
  86 $q_gapblocks = $hsp->gap_blocks('query');
  87 is(scalar @$q_gapblocks, 4);
  88 is($q_gapblocks->[0]->[1],14);
  89 is($q_gapblocks->[1]->[1],21);
  90 is($q_gapblocks->[1]->[0],1152);
  91
  92
  93 is( $hit->next_hsp, undef, 'next_hsp should be undef');
  94 is( $result->next_hit, undef, 'next_hit should be undef');
  95 TODO: {
  96     local $TODO = "next_result should really return undef, not empty string";
  97     is( $pslparser->next_result, undef, 'next_result should be undef');
  98 }
  99
 100 # bug 2850
 101
 102 my $searchio = Bio::SearchIO->new(
 103     -format => 'psl',
 104     -file   => test_input_file('headerless.psl'),
 105 );
 106
 107 lives_ok { my $result = $searchio->next_result };