t/SearchIO/gmap_f9.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id: gmap_f9.t 14995 2008-11-16 06:20:00Z cjfields $
   3
   4 use strict;
   5 use warnings;
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 54);
  11
  12     use_ok('Bio::SearchIO');
  13 }
  14
  15 my $searchio =
  16     Bio::SearchIO->new(-format => 'gmap_f9',
  17                -file   => test_input_file('gmap_f9.txt'));
  18
  19 my $result = $searchio->next_result;
  20 isa_ok($result, 'Bio::Search::Result::GenericResult', 'Did we get a Result?');
  21 is($result->num_hits(), 1, 'Did we get the expected number of hits?');
  22 is($result->algorithm(), 'gmap', 'Did we get the expected algorithm?');
  23 is($result->query_name(), 'NM_004448', 'Did we get the expected query_name?');
  24
  25 my $hit = $result->next_hit;
  26 isa_ok($hit, 'Bio::Search::Hit::GenericHit', 'Did we get a Hit?');
  27 _check_hit($hit, {name => '17',
  28           length => 4624,
  29           num_hsps => 27,
  30           query_length => 4623
  31          } );
  32
  33 my $hsp = $hit->next_hsp;
  34 _check_hsp($hsp, {algorithm => 'GMAP',
  35           query_gaps => 1,
  36           hit_gaps => 0,
  37           query_length => 310,
  38           hit_length => 311,
  39           qseq => 'GGAGGAGGTGGAGGAGGAGG', # first 20 bases
  40           hseq => 'GGAGGAGGTGGAGGAGGAGG', # ditto
  41           query => {start => 1,
  42                 end => 310,
  43                 strand => 1},
  44           hit => {start => 35109780,
  45               end =>  35110090,
  46               strand => 1},
  47           homology_string => 'GGAGGAGGTGGAGGAGGAGG',
  48           seq_inds_query_gap => [(61)]
  49          } );
  50
  51 my $searchio_rev =
  52     Bio::SearchIO->new(-format => 'gmap_f9',
  53                -file   => test_input_file('gmap_f9-reverse-strand.txt'));
  54 my $result_rev = $searchio_rev->next_result;
  55 isa_ok($result_rev,
  56        'Bio::Search::Result::GenericResult', 'Did we get a Result?');
  57 is($result_rev->num_hits(), 1, 'Did we get the expected number of hits?');
  58 is($result_rev->algorithm(), 'gmap', 'Did we get the expected algorithm?');
  59 is($result_rev->query_name(),
  60    'NM_004448', 'Did we get the expected query_name?');
  61
  62 $hit = $result_rev->next_hit;
  63 _check_hit($hit, {name => '17',
  64           length => 4624,
  65           num_hsps => 27,
  66           query_length => 4623
  67          } );
  68
  69 $hsp = $hit->next_hsp;
  70 _check_hsp($hsp, {algorithm => 'GMAP',
  71           query_gaps => 0,
  72           hit_gaps => 0,
  73           query_length => 974,
  74           hit_length => 974,
  75           qseq => 'TAGCTGTTTTCCAAAATATA', # first 20 bases
  76           hseq => 'TAGCTGTTTTCCAAAATATA', # ditto
  77           query => {start => 1,
  78                 end => 974,
  79                 strand => 1},
  80           hit => {start => 35137468,
  81               end =>  35138441,
  82               strand => -1},
  83           homology_string => 'TAGCTGTTTTCCAAAATATA',
  84           seq_inds_query_gap => [()]
  85          } );
  86
  87
  88 $searchio =  Bio::SearchIO->new(-format => 'gmap_f9',
  89                 -file   => test_input_file('gmap_f9-multiple_results.txt'));
  90
  91 my $result_count = 0;
  92 while (my $result = $searchio->next_result) {
  93     $result_count++;
  94 }
  95
  96 is($result_count, 58, "Can we loop over multiple results properly (expecting 58)?");
  97
  98 # bug 3021
  99
 100 $searchio =  Bio::SearchIO->new(-format => 'gmap_f9',
 101                 -file   => test_input_file('bug3021.gmap'));
 102
 103 $result = $searchio->next_result;
 104
 105 is($result->query_name, 'NM_004448', 'simple query_name now caught, bug 3021');
 106
 107 exit(0);
 108
 109 sub _check_hit {
 110     my ($hit, $info) = @_;
 111
 112     isa_ok($hit, 'Bio::Search::Hit::HitI');
 113     is($hit->name, $info->{name}, 'Check the name');
 114     is($hit->length, $info->{length}, 'Check the hit length');
 115     is($hit->num_hsps, $info->{num_hsps}, 'Check the number of hsps');
 116     is($hit->query_length, $info->{query_length}, 'Check the query length');
 117
 118 }
 119
 120 sub _check_hsp {
 121     my($hsp, $info) = @_;
 122     isa_ok($hsp, 'Bio::Search::HSP::HSPI');
 123     is($hsp->algorithm, $info->{algorithm}, 'Check the algorithm');
 124     is($hsp->gaps('query'), $info->{query_gaps}, 'Count gaps in the query');
 125     is($hsp->gaps('hit'), $info->{hit_gaps}, 'Count gaps in the hit');
 126     is($hsp->length('query'), $info->{query_length}, 'Length of the query');
 127     is($hsp->length('hit'), $info->{hit_length}, 'Length of the hit');
 128     is(substr($hsp->query_string, 0, 20), $info->{qseq}, 'Query sequence');
 129     is(substr($hsp->hit_string, 0, 20), $info->{hseq}, 'Hit sequence');
 130     is($hsp->query->start, $info->{query}->{start}, "Check query start");
 131     is($hsp->query->end, $info->{query}->{end}, "Check query end");
 132     is($hsp->query->strand, $info->{query}->{strand}, "Check query end");
 133     is(substr($hsp->homology_string, 0, 20), $info->{homology_string}, 'Check the homology string');
 134     is_deeply([$hsp->seq_inds('query', 'gap')], $info->{seq_inds_query_gap}, 'Check seq_inds');
 135     is($hsp->hit->start, $info->{hit}->{start}, "Check hit start");
 136     is($hsp->hit->end, $info->{hit}->{end}, "Check hit end");
 137     is($hsp->hit->strand, $info->{hit}->{strand}, "Check hit end");
 138 }