t/RemoteDB/EMBL.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 16,
  11                -requires_modules    => [qw(IO::String
  12                                            LWP::UserAgent
  13                                            HTTP::Request::Common)],
  14                -requires_networking => 1);
  15
  16     use_ok('Bio::DB::EMBL');
  17 }
  18
  19 my $verbose = test_debug();
  20
  21 my ($db,$seq,$seqio);
  22 # get a single seq
  23
  24 $seq = $seqio = undef;
  25
  26 SKIP: {
  27     ok defined($db = Bio::DB::EMBL->new(-verbose=>$verbose));
  28     ok(defined($seq = $db->get_Seq_by_acc('J00522')));
  29     is( $seq->length, 408);
  30     ok defined ($db->request_format('fasta'));
  31
  32     eval {ok(defined($seq = $db->get_Seq_by_acc('J02231')))};
  33         skip('could not connect to embl',2) if $@;
  34     like( $seq->id, qr/J02231/);
  35     is( $seq->length, 200);
  36     ok( defined($db = Bio::DB::EMBL->new(-verbose=>$verbose,
  37                                         -retrievaltype => 'tempfile')));
  38     eval {ok(defined($seqio = $db->get_Stream_by_id(['AEE33958'])))};
  39         skip('could not connect to embl',2) if $@;
  40     undef $db; # testing to see if we can remove gb
  41     ok( defined($seq = $seqio->next_seq()));
  42     cmp_ok( $seq->length, '>=', 1);
  43 }
  44
  45 $seq = $seqio = undef;
  46
  47 SKIP: {
  48     $db = Bio::DB::EMBL->new(-verbose => $verbose,
  49                             -retrievaltype => 'tempfile',
  50                             -format => 'fasta'
  51                             );
  52     eval{ok( defined($seqio = $db->get_Stream_by_acc(['J00522 AF303112 J02231'])))};
  53         skip('could not connect to embl',3) if $@;
  54     my %seqs;
  55     # don't assume anything about the order of the sequences
  56     while ( my $s = $seqio->next_seq ) {
  57                 my ($type,$x,$name) = split(/\|/,$s->display_id);
  58                 $seqs{$x} = $s->length;
  59     }
  60     is($seqs{'J00522'},408);
  61     is($seqs{'AF303112'},1611);
  62     is($seqs{'J02231'},200);
  63 }