t/Matrix/InstanceSite.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 6);
  11
  12         use_ok('Bio::Matrix::PSM::InstanceSite');
  13 }
  14
  15 my %params=(-seq=>'TATAAT',-id=>"TATAbox1", -accession_number=>'ENSG00000122304', -mid=>'TB1',
  16             -desc=>'TATA box, experimentally verified in PRM1 gene',-relpos=>-35, -start=>1965);
  17
  18 ok my $instance = Bio::Matrix::PSM::InstanceSite->new(%params);
  19 is $instance->seq, 'TATAAT';
  20 is $instance->subseq(1,3),'TAT';
  21 is $instance->accession_number, 'ENSG00000122304';
  22 is $instance->end(1970), 1970;