t/UnivAln.t

   1 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   2 ## $Id$
   3
   4 # Before `make install' is performed this script should be runnable with
   5 # `make test'. After `make install' it should work as `perl test.t'
   6
   7 #-----------------------------------------------------------------------
   8 # Test script for Bio::UnivAln.pm
   9 # Georg Fuellen, adapted for the Bioperl distribution by Steve A. Chervitz
  10 # Very rudimentary. Eventually will incorporate Georg's univaln.t2
  11 #
  12 ## perl test harness expects the following output syntax only!
  13 ## 1..3
  14 ## ok 1  [not ok 1 (if test fails)]
  15 ## 2..3
  16 ## ok 2  [not ok 2 (if test fails)]
  17 ## 3..3
  18 ## ok 3  [not ok 3 (if test fails)]
  19 ##
  20 ## etc. etc. etc. (continue on for each tested function in the .t file)
  21 #-----------------------------------------------------------------------
  22
  23 BEGIN {
  24     $| = 1; print "1..2\n";
  25 }
  26 END {
  27 #   print "not ok 1\n" unless $loaded;
  28 #   unlink $testout;  # commented out since you may want to check it...
  29 }
  30
  31 use lib '../';
  32 use Bio::UnivAln;
  33
  34 sub test ($$;$) {
  35     my($num, $true,$msg) = @_;
  36     print($true ? "ok $num\n" : "not ok $num $msg\n");
  37 }
  38 my($s,@s);
  39
  40 test 1, $aln = Bio::UnivAln->new(-seqs=>"TCCCGCGTCAACTG\nTGGTGCTTCAACCG\nACTTG--TCAACTG");
  41 test 2, print $aln->layout("fasta");
  42
  43 # print STDERR "\n\n\nTHIS TEST SCRIPT PREFORMS ONLY ONE BASIC TEST.\n";
  44 # print STDERR "For intensive testing, see t/univaln.t2. Run that script via\n";
  45 # print STDERR "% perl t/univaln.t2 > t/my_univaln\n";
  46 # print STDERR "and compare the output with t/univaln.o\n";
  47 # print STDERR "Expected error messages can be found in t/univaln2_expected_errors\n\n";
  48