t/SimpleAlign.t

   1 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   2 ## $Id$
   3
   4 # Before `make install' is performed this script should be runnable with
   5 # `make test'. After `make install' it should work as `perl test.t'
   6
   7 #-----------------------------------------------------------------------
   8 ## perl test harness expects the following output syntax only!
   9 ## 1..3
  10 ## ok 1  [not ok 1 (if test fails)]
  11 ## 2..3
  12 ## ok 2  [not ok 2 (if test fails)]
  13 ## 3..3
  14 ## ok 3  [not ok 3 (if test fails)]
  15 ##
  16 ## etc. etc. etc. (continue on for each tested function in the .t file)
  17 #-----------------------------------------------------------------------
  18
  19
  20 ## We start with some black magic to print on failure.
  21 BEGIN { $| = 1; print "1..6\n"; }
  22 END {print "not ok 1\n" unless $loaded;}
  23
  24 use lib '../';
  25 use Bio::SimpleAlign;
  26
  27 $loaded = 1;
  28 print "ok 1\n";    # 1st test passes.
  29
  30
  31 ## End of black magic.
  32 ##
  33 ## Insert additional test code below but remember to change
  34 ## the print "1..x\n" in the BEGIN block to reflect the
  35 ## total number of tests that will be run.
  36
  37 open(FH,"t/test.mase") || die "Could not open test.mase $!";
  38 $aln = Bio::SimpleAlign->new();
  39 $aln->read_mase(\*FH);
  40 close(FH);
  41
  42 if( $aln ) {
  43         print "ok 2\n";
  44 } else {
  45         print "not ok 2\n";
  46 }
  47
  48 open(OUT,">t/out.aln_fasta");
  49 $aln->write_fasta(\*OUT);
  50 close(OUT);
  51 print "ok 3\n";
  52
  53
  54 $aln = Bio::SimpleAlign->new();
  55 open(FH,"t/test.pfam");
  56 $aln->read_Pfam(\*FH);
  57 close(FH);
  58
  59 if( $aln ) {
  60         print "ok 4\n";
  61 } else {
  62         print "not ok 4\n";
  63 }
  64
  65 open(OUT,">t/out.pfam");
  66 $aln->write_Pfam(\*OUT);
  67 close(OUT);
  68 print "ok 5\n";
  69
  70
  71 $aln = Bio::SimpleAlign->new();
  72 open(IN,"t/out.pfam");
  73 $aln->read_Pfam(\*IN);
  74 close(IN);
  75
  76 if( $aln ) {
  77         print "ok 6\n";
  78 } else {
  79         print "not ok 6\n";
  80 }
  81
  82
  83
  84