t/Seq.t

   1 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   2 ## $Id$
   3
   4 # Before `make install' is performed this script should be runnable with
   5 # `make test'. After `make install' it should work as `perl test.t'
   6
   7 #-----------------------------------------------------------------------
   8 ## perl test harness expects the following output syntax only!
   9 ## 1..3
  10 ## ok 1  [not ok 1 (if test fails)]
  11 ## 2..3
  12 ## ok 2  [not ok 2 (if test fails)]
  13 ## 3..3
  14 ## ok 3  [not ok 3 (if test fails)]
  15 ##
  16 ## etc. etc. etc. (continue on for each tested function in the .t file)
  17 #-----------------------------------------------------------------------
  18
  19
  20 ## We start with some black magic to print on failure.
  21 BEGIN { $| = 1; print "1..5\n";
  22         use vars qw($loaded); }
  23 END {print "not ok 1\n" unless $loaded;}
  24
  25 use lib '../';
  26 use Bio::Seq;
  27
  28 $loaded = 1;
  29 print "ok 1\n";    # 1st test passes.
  30
  31
  32 ## End of black magic.
  33 ##
  34 ## Insert additional test code below but remember to change
  35 ## the print "1..x\n" in the BEGIN block to reflect the
  36 ## total number of tests that will be run.
  37
  38
  39 my $seq = Bio::Seq->new(-seq=>'ACTGTGGCGTCAACT',
  40                         -desc=>'Sample Bio::Seq object');
  41 print "ok 2\n";
  42
  43 $trunc = $seq->trunc(1,4);
  44
  45 print "ok 3\n";
  46
  47 if( $trunc->str() ne 'ACTG' ) {
  48    print "not ok 4\n";
  49 } else {
  50    print "ok 4\n";
  51 }
  52
  53 $trans = $seq->translate();
  54
  55 if( $trans->str() ne 'TVAST' ) {
  56    print "not ok 5\n";
  57 } else {
  58    print "ok 5\n";
  59 }
  60
  61