t/Index.t

   1 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   2 ##
   3 # CVS Version
   4 # $Id$
   5
   6
   7 # Before `make install' is performed this script should be runnable with
   8 # `make test'. After `make install' it should work as `perl test.t'
   9
  10 #-----------------------------------------------------------------------
  11 ## perl test harness expects the following output syntax only!
  12 ## 1..3
  13 ## ok 1  [not ok 1 (if test fails)]
  14 ## 2..3
  15 ## ok 2  [not ok 2 (if test fails)]
  16 ## 3..3
  17 ## ok 3  [not ok 3 (if test fails)]
  18 ##
  19 ## etc. etc. etc. (continue on for each tested function in the .t file)
  20 #-----------------------------------------------------------------------
  21
  22
  23 ## We start with some black magic to print on failure.
  24 BEGIN { $| = 1; print "1..3\n";
  25         use vars qw($loaded); }
  26
  27 END {print "not ok 1\n" unless $loaded;}
  28
  29 use Bio::Index::Fasta;
  30 use Bio::Index::SwissPfam;
  31 use Bio::Index::EMBL;
  32
  33 $loaded = 1;
  34 print "ok 1\n";    # 1st test passes.
  35
  36 chomp( $dir = `pwd` );
  37 $ind = Bio::Index::Fasta->new('Wibbl', 'WRITE');
  38 $ind->make_index("$dir/t/seqs.fas");
  39
  40 print "ok 2\n";
  41 $ind = 0;
  42
  43 $ind = Bio::Index::SwissPfam->new('Wibbl2', 'WRITE');
  44 $ind->make_index("$dir/t/swisspfam.data");
  45
  46 print "ok 3\n";
  47 $ind = 0;
  48
  49 # don't test EMBL yet. Bad...
  50
  51 system("rm -f Wibbl*");
  52
  53
  54
  55