t/Fasta.t

   1 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   2 ## $Id$
   3
   4 # Before `make install' is performed this script should be runnable with
   5 # `make test'. After `make install' it should work as `perl test.t'
   6
   7 #-----------------------------------------------------------------------
   8 # Test script for Bio::Tools::Fasta.pm
   9 # Steve A. Chervitz, sac@neomorphic.com
  10 # Fairly rudimentary.
  11 # Strategy for this test was borrowed from L. Stein's BoulderIO package.
  12
  13 ## perl test harness expects the following output syntax only!
  14 ## 1..3
  15 ## ok 1  [not ok 1 (if test fails)]
  16 ## 2..3
  17 ## ok 2  [not ok 2 (if test fails)]
  18 ## 3..3
  19 ## ok 3  [not ok 3 (if test fails)]
  20 ##
  21 ## etc. etc. etc. (continue on for each tested function in the .t file)
  22 #-----------------------------------------------------------------------
  23
  24 ## We start with some black magic to print on failure.
  25 BEGIN { $| = 1; print "1..5\n"; }
  26 END {print "not ok 1\n" unless $loaded;}
  27
  28 use lib '../';
  29 use Bio::Tools::Fasta;
  30
  31 $loaded = 1;
  32 print "ok 1\n";    # 1st test passes.
  33
  34 sub test ($$;$) {
  35     my($num, $true,$msg) = @_;
  36     print($true ? "ok $num\n" : "not ok $num $msg\n");
  37 }
  38
  39 my @seqs;
  40
  41 test 2, $fasta = new Bio::Tools::Fasta (-file => 't/seqs.fas',
  42                                         -seqs => 1,
  43                                         -save_array => \@seqs,
  44                                         -parse => 1,
  45                                         -edit_id => 1,
  46                                        );
  47
  48 test 3, scalar(@seqs) == 6, "Number of seqs = ${\scalar(@seqs)}";
  49
  50 test 4, $fasta->num_seqs == 6, "Number of seqs = ${\$fasta->num_seqs}";
  51
  52 print "First sequence:\n";
  53
  54 test 5, print $seqs[0]->layout('fasta');
  55
  56
  57
  58
  59