t/Blast.t

   1 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   2 ## $Id$
   3
   4 # Before `make install' is performed this script should be runnable with
   5 # `make test'. After `make install' it should work as `perl test.t'
   6
   7 #-----------------------------------------------------------------------
   8 # Test script for Bio::Tools::Blast.pm
   9 # Steve A. Chervitz, sac@genome.stanford.edu
  10 # Fairly rudimentary. Only tests parsing code.
  11 # Strategy for this test was borrowed from L. Stein's BoulderIO package.
  12
  13 ## perl test harness expects the following output syntax only!
  14 ## 1..3
  15 ## ok 1  [not ok 1 (if test fails)]
  16 ## 2..3
  17 ## ok 2  [not ok 2 (if test fails)]
  18 ## 3..3
  19 ## ok 3  [not ok 3 (if test fails)]
  20 ##
  21 ## etc. etc. etc. (continue on for each tested function in the .t file)
  22 #-----------------------------------------------------------------------
  23
  24 BEGIN {
  25     $| = 1; print "1..29\n";
  26     $testout = "blast.t.out";  # output from this script.
  27     $expectedout = 't/expected.blast.out';
  28     unlink $testout;
  29     $^W = 0;
  30 }
  31 END {
  32 #   print "not ok 1\n" unless $loaded;
  33 #   unlink $testout;  # commented out since you may want to check it...
  34 }
  35
  36 use lib '../';
  37 use Bio::Tools::Blast;
  38
  39 sub test ($$;$) {
  40     my($num, $true,$msg) = @_;
  41     print($true ? "ok $num\n" : "not ok $num $msg\n");
  42 }
  43 my($s,@s);
  44
  45 open (OUT,">$testout");
  46
  47 test 1, $blast = Bio::Tools::Blast->new(-file   =>'t/blast.report',
  48                                         -signif => 1e-5,
  49                                         -parse  => 1,
  50                                         -stats  => 1,
  51                                         -check_all_hits => 1,
  52                                         );
  53 test 2, $blast->display();
  54 test 3, $blast->is_signif;
  55 test 4, $blast->signif eq '1.0e-05', "Signif: ".$blast->signif;
  56 test 5, $blast->num_hits == 4;
  57 test 6, $blast->length == 504;
  58 test 7, $blast->program eq 'TBLASTN';
  59 test 8, $blast->query eq 'gi|1401126';
  60 test 9, $blast->hit->name eq 'U49928/HSU49928';
  61 test 10, $blast->hit->length == 3096;
  62
  63 @hits  = $blast->hits;
  64
  65 test 11, $hits[0]->expect eq '0.0';
  66 test 12, $hits[1]->expect eq '4e-07';
  67 test 13, $hits[2]->expect eq '1e-05';
  68 test 14, $hits[1]->frac_identical eq '0.25';
  69 test 15, $hits[1]->hsp->frac_conserved eq '0.43';
  70 test 16, $hits[1]->hsp->score == 137;
  71 test 17, $hits[1]->hsp->bits eq '57.8';
  72
  73 # Sequence index testing.
  74 test 18, @inds = $hits[1]->hsp->seq_inds('query', 'iden', 1);
  75 test 19, $inds[0] eq '66-68';
  76
  77 # Output testing.
  78 test 20, print OUT $blast->table_labels;
  79 test 21, print OUT $blast->table;
  80 print OUT "\n\n";
  81 test 22, print OUT $blast->table_labels_tiled;
  82 test 23, print OUT $blast->table_tiled;
  83 print OUT "\n\n";
  84 close OUT;
  85
  86 test 24, -s $blast->file;
  87 test 25, $cfile = $blast->compress_file;
  88 test 26, -s $cfile and -B $cfile, "Can't compress Blast file";
  89 test 27, $ufile = $blast->uncompress_file;
  90 test 28, -s $ufile and -T $ufile, "Can't uncompress Blast file";
  91
  92 print "checking expected output...\n";
  93
  94 test 29, system('diff', $testout, $expectedout) == 0,
  95     "diff $testout $expectedout";
  96
  97
  98
  99
 100
 101
 102