BUGS

   1 # $Id: BUGS,v 1.7 2006-11-16 10:51:50 sendu Exp $
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   3 Known Bugs
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   5 Bugs are tracked at this URL:
   6 http://bugzilla.bioperl.org/
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   9 Bioperl 1.5.2
  10 =============
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  12 There are no known installation bugs in 1.5.2 per se, but issues with
  13 external programs may cause problems. See the following URL for details:
  14 http://www.bioperl.org/wiki/Release_1.5.2#Notes
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  17 Bioperl 1.2
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  20  * The StandAloneBlast.t test is failing on cygwin installations (and
  21    nowhere else). We suspect something to do with temporary file
  22    opening. Fixed in 1.4 (set TMPDIR).
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  25 Bioperl 0.9.0
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  28  * Bio::Tools::Blast continues to cause problems for some people.  As
  29    it is not actively maintained there are a slew of reported bugs for
  30    it that have not been fixed.
  31
  32  * Bio::Tools::Run::Alignment::TCoffee - t_coffee binary does not get
  33    all parameters it needs when aligning (two) two DNA sequences
  34    (jitterbug #966).
  35
  36  * Bio::Tools::Run::ClustalW and t/ClustalW will report errors for
  37    clustalw versions 1.8x due to a bug in clustalw.
  38
  39  * Bio::DB::GenBank continues to have intermittent errors.  Bio::DB::GDB
  40    is also unreliable at times and one can safely ignore errors from
  41    these during a make test.
  42    Bio::DB::GenBank is unable to download whole contig files as well
  43    as NCBI ref seqs like NT_* numbers unless the -format flag is
  44    passed in and specified as 'fasta' in the constructor.
  45    get_Stream_by_batch() also has intermittent errors which are being
  46    tracked down.
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  49 Bioperl 0.7.2
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  52  * NCBI has changed some of the cgi scripts for retrieving sequences
  53    online which as resulted in some of the DB methods from not working
  54    consistently.  We are addressing these in the 0.9.x and 1.0 series
  55    of releases.  We recommend using the Bio::DB::EMBL object that is
  56    part of the later releases.
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  58    Additionally RefSeq Contigs are not properly downloaded, please see
  59    the bioperl list archives for information about potential
  60    workarounds and ongoing development effort to address these.
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  63 Bioperl 0.7.1
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  66  * Bio::Tools::BPlite does not parse and set frame properly for
  67    tblastx reports (Jitterbug bug # 978).
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  69  * Bio::Tools::BPlite interface needs to be updated to fix parsing
  70    more than bl2seq report report (Jitterbug bug #940), this has been
  71    fixed on the main code trunk and will be part of the next major
  72    bioperl release.
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  74  * If File::Temp is not installed, tempdirs are not cleaned up
  75    properly.  This is fixed on main code trunk with the introduction
  76    of rmtree method in Bio::Root::IO, however, it is best to install
  77    File::Temp when running 0.7 branch code.
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  79  * Bio::Tools::Blast does not allow users to run blast, instead use
  80    Bio::Tools::Run::StandAloneBlast to run local blasts.  To submit
  81    jobs to a remote blast server like NCBI a module
  82    Bio::Tools::Run::RemoteBlast has been written but is part of the
  83    main trunk code and must be obtained through CVS until the next
  84    major bioperl release.
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  87 Bioperl 0.7
  88 ===========
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  90  * Bio::Tools::BPlite doc error lists
  91    code synopsis code as
  92      my $parser = new BPlite(\*FH);
  93    should be
  94      my $parser = new Bio::Tools::BPlite(\*FH);
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