t/Tree/TreeStatistics.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id: RandomTreeFactory.t 11525 2007-06-27 10:16:38Z sendu $
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use Bio::Root::Test;
   8
   9     test_begin(-tests => 42);
  10
  11     use_ok('Bio::TreeIO');
  12     use_ok('Bio::Tree::Statistics');
  13 }
  14
  15
  16 use Data::Dumper;
  17 my $in = Bio::TreeIO->new(-format => 'nexus',
  18                           -file   => test_input_file('traittree.nexus'));
  19 my $tree = $in->next_tree;
  20 my $node = $tree->find_node(-id => 'N14');
  21
  22
  23 my $stats = Bio::Tree::Statistics->new();
  24 is $stats->cherries($tree), 8, 'cherries';
  25 is $stats->cherries($tree, $node), 4, 'cherries';
  26
  27 # traits
  28 my $key = $tree->add_trait(test_input_file('traits.tab'), 4);
  29 is $key, undef, 'read traits'; # exceeded column number
  30
  31 $key = $tree->add_trait(test_input_file('traits.tab'), 2, 1);
  32 is $key, 'disp'; # one leaf has a missing trait value, but ignore it
  33
  34 $key = $tree->add_trait(test_input_file('traits.tab'), 3);
  35 is $key, 'intermediate';
  36
  37 is $stats->ps($tree, $key), 4, 'parsimony score';
  38 is $stats->ps($tree, $key, $node), 1, 'subtree parsimony score';
  39
  40 my $node_i = $tree->find_node(-id => 'N10');
  41 my @values = sort $node_i->get_tag_values('ps_trait');
  42 ok eq_set (\@values, ['red', 'blue']), 'ps value';
  43
  44 is $stats->fitch_down($tree), 1, 'fitch_down';
  45 is $node_i->get_tag_values('ps_trait'), 'red', 'ps value after fitch_down';
  46
  47
  48
  49 $node_i = $tree->find_node(-id => '2'); # leaf
  50 is $stats->persistence($tree, $node_i), 1, 'persistence of a leaf';
  51
  52 $node_i = $tree->find_node(-id => 'N1');
  53 is $stats->persistence($tree, $node_i), 1, 'persistence of an internal node value ';
  54
  55 $node_i = $tree->find_node(-id => 'N13');
  56 is $stats->persistence($tree, $node_i), 3,  'persistence of an internal node value';
  57
  58 $node_i = $tree->find_node(-id => 'N6');
  59 is $stats->persistence($tree, $node_i), 2,  'persistence of an internal node value';
  60
  61 my $value;
  62
  63 $node_i = $tree->find_node(-id => '1');
  64 is $stats->count_subclusters($tree, $node_i), 0,  'leaf node: number of clusters = 0 ';
  65
  66 $node_i = $tree->find_node(-id => 'N3');
  67 is $stats->count_subclusters($tree, $node_i), 1,  'number of clusters ';
  68
  69 $node_i = $tree->find_node(-id => 'N14');
  70 is $stats->count_subclusters($tree, $node_i), 1,  'number of clusters ';
  71
  72 $node_i = $tree->find_node(-id => 'N7');
  73 is $stats->count_subclusters($tree, $node_i), 2,  'number of clusters ';
  74
  75
  76
  77 $node_i = $tree->find_node(-id => 'N12');
  78 is $stats->count_leaves($tree, $node_i), 2,  'number of leaves in phylotype ';
  79
  80 $node_i = $tree->find_node(-id => 'N13');
  81 is $stats->count_leaves($tree, $node_i), 4,  'number of leaves in phylotype ';
  82
  83 $node_i = $tree->find_node(-id => 'N14');
  84 is $stats->count_leaves($tree, $node_i), 6,  'number of leaves in phylotype ';
  85
  86 $node_i = $tree->find_node(-id => 'N7');
  87 is $stats->count_leaves($tree, $node_i), 6,  'number of leaves in phylotype ';
  88
  89
  90
  91 $node_i = $tree->find_node(-id => 'N4');
  92 is $stats->phylotype_length($tree, $node_i), 1,  'phylotype length';
  93
  94 $node_i = $tree->find_node(-id => 'N6');
  95 is $stats->phylotype_length($tree, $node_i), 5,  'phylotype length';
  96
  97 $node_i = $tree->find_node(-id => 'N7');
  98 is $stats->phylotype_length($tree, $node_i), 12,  'phylotype length';
  99
 100 $node_i = $tree->find_node(-id => 'N13');
 101 is $stats->phylotype_length($tree, $node_i), 6,  'phylotype length';
 102
 103 $node_i = $tree->find_node(-id => 'N14');
 104 is $stats->phylotype_length($tree, $node_i), 11,  'phylotype length';
 105
 106
 107 $node_i = $tree->find_node(-id => 'N4');
 108 is $stats->sum_of_leaf_distances($tree, $node_i), 1,  'sum of leaf distances';
 109
 110 $node_i = $tree->find_node(-id => 'N6');
 111 is $stats->sum_of_leaf_distances($tree, $node_i), 6,  'sum of leaf distances';
 112
 113 $node_i = $tree->find_node(-id => 'N7');
 114 is $stats->sum_of_leaf_distances($tree, $node_i), 18,  'sum of leaf distances';
 115
 116 $node_i = $tree->find_node(-id => 'N13');
 117 is $stats->sum_of_leaf_distances($tree, $node_i), 8,  'sum of leaf distances';
 118
 119 $node_i = $tree->find_node(-id => 'N14');
 120 is $stats->sum_of_leaf_distances($tree, $node_i), 18,  'sum of leaf distances';
 121
 122
 123
 124 is sprintf ("%.3f", $stats->genetic_diversity($tree, $node_i)), '3.000',  'genetic diversity';
 125
 126 is sprintf ("%.3f", $stats->statratio($tree, $node_i)), '0.333',  'separation';
 127
 128
 129 is $stats->ai($tree, $key), 0.628906, 'association index';
 130 is $stats->ai($tree, $key, $node), 0.062500, 'subtree association index';
 131
 132 my $mc = $stats->mc($tree, $key);
 133 is ($mc->{blue}, 2, 'monophyletic clade size');
 134 is ($mc->{red}, 4, 'monophyletic clade size');
 135 $node = $tree->find_node(-id => 'N10');
 136 $mc = $stats->mc($tree, $key, $node);
 137 is ($mc->{blue}, 2, 'monophyletic clade size');
 138 is ($mc->{red}, 2, 'monophyletic clade size');
 139
 140