t/Tools/Genomewise.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id: Genomewise.t 11525 2007-06-27 10:16:38Z sendu $
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use Bio::Root::Test;
   8
   9     test_begin(-tests => 21);
  10
  11     use_ok('Bio::Tools::Genomewise');
  12 }
  13
  14 my $inputfilename = test_input_file("genomewise.out");
  15 my $parser = Bio::Tools::Genomewise->new(-file => $inputfilename);
  16 my @gene;
  17 while (my $gene= $parser->next_prediction){
  18     push @gene, $gene;
  19 }
  20 my @t = $gene[0]->transcripts;
  21 my @e = $t[0]->exons;
  22
  23 is ($t[0]->source_tag, 'genomewise');
  24 is ($e[0]->source_tag, 'genomewise');
  25 is ($t[0]->primary_tag, 'transcript');
  26 is ($e[0]->primary_tag, 'exon');
  27
  28 is (scalar($t[0]->exons), 5);
  29 is ($t[0]->start, 4761);
  30 is ($t[0]->end, 6713);
  31 is ($e[0]->start,4761);
  32 is ($e[0]->end, 4874);
  33 my ($phase) = $e[0]->get_tag_values('phase');
  34 is ($phase,0);
  35
  36 open my $FH, '<', $inputfilename or die "Could not read file '$inputfilename': $!\n";
  37 $parser = Bio::Tools::Genomewise->new(-fh => $FH);
  38 while (my $gene= $parser->next_prediction){
  39     push @gene, $gene;
  40 }
  41 @t = $gene[1]->transcripts;
  42 @e = $t[0]->exons;
  43
  44 is ($t[0]->source_tag, 'genomewise');
  45 is ($e[0]->source_tag, 'genomewise');
  46 is ($t[0]->primary_tag, 'transcript');
  47 is ($e[0]->primary_tag, 'exon');
  48
  49 is (scalar($t[0]->exons), 3);
  50 is ($t[0]->start, 9862);
  51 is ($t[0]->end, 10316);
  52 is ($e[1]->start,10024);
  53 is ($e[1]->end, 10211);
  54
  55 ($phase) = $e[2]->get_tag_values('phase');
  56 is ($phase,2);