t/SearchIO/infernal.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id: SearchIO_infernal.t 14672 2008-04-22 21:42:50Z cjfields $
   3
   4 use strict;
   5 use warnings;
   6
   7 BEGIN {
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 496);
  11
  12     use_ok('Bio::SearchIO');
  13 }
  14
  15 my ($in, $result, $iter, $hit, $hsp, $algorithm, $meta);
  16
  17 ### Infernal v. 1.1 ###
  18 {
  19     # one query vs one database sequence report
  20     $in = Bio::SearchIO->new(
  21         -format  => 'infernal',
  22         -file    => test_input_file('cmsearch_output.txt')
  23     );
  24     $result = $in->next_result;
  25     isa_ok($result, 'Bio::Search::Result::ResultI');
  26     is( ref($result), 'Bio::Search::Result::INFERNALResult', 'Check for the correct Result reference type');
  27     is( $result->algorithm,         'CMSEARCH',    'Check algorithm' );
  28     is( $result->algorithm_version, '1.1.1',       'Check cmsearch algorithm version' );
  29     is( $result->cm_name,           'RF00174.cm',  'Check cm_name');
  30     is( $result->database_name,     'NC_000913.fna','Check database_name' );
  31     is( $result->database_entries,  1,              'Check database_entries' );
  32     is( $result->database_letters,  9283304,        'Check database_letters' );
  33     is( $result->query_name,        'Cobalamin',    'Check query_name' );
  34     is( $result->query_length,      191,            'Check query_length' );
  35     is( $result->query_accession,   'RF00174',      'Check query_accession' );
  36     is( $result->query_description, '',             'Check query_description' );
  37     is( $result->num_hits(),        2,              'Check num_hits' );
  38
  39     # 1st hit
  40
  41     $hit = $result->next_hit;
  42     is( ref($hit), 'Bio::Search::Hit::ModelHit', 'Check for the correct hit reference type' );
  43     is( $hit->algorithm, 'CMSEARCH', "Hit algorithm");
  44     is( $hit->name,              'gi|556503834|ref|NC_000913.3|', 'Check hit name' );
  45     is( $hit->description,       'Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655, complete genome', 'Check hit description' );
  46     is( $hit->length,             0,       'Check hit length' );
  47     is( $hit->score,              98.2,    'Check hit score' );
  48     is( $hit->bits,               98.2,    'Check hit bits' );
  49     is( $hit->num_hsps,           1,       'Check number of HSPs' );
  50     float_is( $hit->significance, 8.7e-16, 'Check hit significance' );
  51     is($hit->rank,                1,       'Check hit rank' );
  52
  53     $hsp = $hit->next_hsp;
  54     is( ref($hsp), 'Bio::Search::HSP::ModelHSP', 'Check for correct hsp reference type' );
  55     isa_ok( $hsp, 'Bio::Search::HSP::HSPI' );
  56     isa_ok( $hsp->get_aln, 'Bio::Align::AlignI' );
  57     isa_ok( $hsp->hit,     'Bio::SeqFeature::Similarity', "Check for hsp hit isa seqfeature similarity" );
  58
  59     is( $hsp->hit->seq_id(),   'gi|556503834|ref|NC_000913.3|', 'Check for HSP hit seq_id' );
  60     is( $hsp->query->seq_id(), 'Cobalamin', 'Check for HSP query seq_id' );
  61     is( $hsp->start('query'),     1,       'Check hsp query start' );
  62     is( $hsp->end('query'),       191,     'Check hsp query end' );
  63     is( $hsp->start('hit'),       4163384, 'Check hsp hit start' );
  64     is( $hsp->end('hit'),         4163574, 'Check hsp hit end' );
  65     is( $hsp->score,              98.2,    'Check hsp score' );
  66     is( $hsp->bits,               98.2,    'Check hsp bits' );
  67     float_is( $hsp->significance, 8.7e-16, 'Check hsp evalue' );
  68
  69     is( $hsp->length('query'), 191, 'Check for hsp query length' );
  70     is( $hsp->length('hit'),   191, 'Check for hsp hit length' );
  71     is( $hsp->length,          207, 'Check for hsp total length' );
  72     is( $hsp->gaps('query'),   16,   'Check for hsp query gaps' );
  73     is( $hsp->gaps('hit'),     16,   'Check for hsp hit gaps' );
  74     is( $hsp->gaps,            32,   'Check for hsp total gaps' );
  75     is( $hsp->strand('hit'),      1,       'Check hsp hit strand' );
  76
  77     # 2nd hit
  78
  79     $hit = $result->next_hit;
  80     is( $hit->name,              'gi|556503834|ref|NC_000913.3|',                 'Check hit name' );
  81     is( $hit->description,       'Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655, complete genome','Check hit description' );
  82     is( $hit->score,              8.4,  'Check hit score' );
  83     is( $hit->raw_score,          8.4, "Check hit raw_score");
  84     is( $hit->bits,               8.4,    'Check hit bits' );
  85     float_is( $hit->significance, 0.63, 'Check hit significance' );
  86     is( $hit->length,             0,  'Check hit length' );
  87     is($hit->rank, 2, "Hit rank");
  88
  89     $hsp = $hit->next_hsp;
  90     is( $hsp->hit->seq_id(),   'gi|556503834|ref|NC_000913.3|', 'Check for hit seq_id' );
  91     is( $hsp->query->seq_id(), 'Cobalamin', 'Check for query seq_id' );
  92     is( $hsp->start('query'),     1,       'Check hsp query start' );
  93     is( $hsp->end('query'),       191,     'Check hsp query end' );
  94     is( $hsp->start('hit'),       4593356, 'Check hsp hit start' );
  95     is( $hsp->end('hit'),         4593565, 'Check hsp hit end' );
  96     is( $hsp->score,              8.4,     'Check hsp score' );
  97     is( $hsp->bits,               8.4,     'Check hsp bits' );
  98     float_is( $hsp->significance, 0.63,    'Check hsp evalue' );
  99
 100     is( $hsp->gaps('query'),   67,   'Check for hsp query gaps' );
 101     is( $hsp->gaps('hit'),     48,   'Check for hsp hit gaps' );
 102     is( $hsp->gaps,            115,   'Check for hsp total gaps' );
 103     is( $hsp->strand('hit'),      1,       'Check hsp hit strand' );
 104
 105     is( $hsp->noncanonical_string,
 106         '               v                                    v             v   v        v       v  v       vvvvvv     vvv    vvv                                   vvv      vvvvvvvvv                                              v  v                    v               ',
 107         'Check for NC string');
 108     is( $hsp->meta,
 109         ':::::::::::::::[[[[[[,<<<____________>>>,,,,,(((,,,<<<<<_______>>>>>,,<<<____>>>,<<<---<<<<.------<<<<<<-----<<<-<<<<<<_____............................._>>>>>>--->>>>>>>>>----------....................................>>>>----.>>>,,,,)))]]]]]]:::::::::::::::',
 110         'Check for CS string');
 111     is( $hsp->query_string,
 112         'uuaaauugaaacgaugauGGUuccccuuuaaagugaaggguuAAaaGGGAAcccGGUGaaAaUCCgggGCuGcCCCCgCaACuGUAAgcGg.agagcaccccccAauAaGCCACUggcccgcaa.............................gggccGGGAAGGCggggggaaggaaugac....................................cCgcgAGc.CaGGAGACCuGCCaucaguuuuugaaucucc',
 113         'Check for query string');
 114     is( $hsp->homology_string,
 115         '  A AUU+A+++    :UGG  :C +U ++  G     G: +AA : GGAA:  G         C  :+  GCCCCCGC +C GU+A ::     GCA ++ ++ A   GCCA   G+C G                                                                                                  :: +AG+ C GGA AC : CCA:  + + + + AU    ',
 116         'Check for homology string');
 117     is( $hsp->hit_string,
 118         'GGAGAUUAAUCUUUACGUGGG-UCGUUGAUCGG---CUGACGAACCAGGAAGAUGU-------ACGCCAGUGCCCCCGCUGCGGUGACGCAa-CCGCAGAUGAUUAGU-GCCA---GACGG---aaugagugggugguaucaacaauaaaacc-----------------------------aguaaugaucggcgcaaaagaggcgcagaugaagcuGGCAAAGUuCUGGAUACUGCCCACCGACGCAGUCAUGCGA',
 119         'Check for hit string');
 120     is( $hsp->posterior_string,
 121         '*********************.88877554444...5777779*********9996.......7999********************88873.333333333333333.4544...33333...44566655444444444444444444444.............................566666666666666666666666677777777776788899966*******************************',
 122         'Check for posterior probability string');
 123
 124     isa_ok($hsp->feature1, 'Bio::SeqFeature::Similarity');
 125     isa_ok($hsp->feature2, 'Bio::SeqFeature::Similarity');
 126     ($meta) = $hsp->feature1->get_tag_values('meta');
 127     is($meta, ':::::::::::::::[[[[[[,<<<____________>>>,,,,,(((,,,<<<<<_______>>>>>,,<<<____>>>,<<<---<<<<.------<<<<<<-----<<<-<<<<<<_____............................._>>>>>>--->>>>>>>>>----------....................................>>>>----.>>>,,,,)))]]]]]]:::::::::::::::', "Check hsp feature1 get_tag_values");
 128     ($meta) = $hsp->feature2->get_tag_values('meta');
 129     is($meta, ':::::::::::::::[[[[[[,<<<____________>>>,,,,,(((,,,<<<<<_______>>>>>,,<<<____>>>,<<<---<<<<.------<<<<<<-----<<<-<<<<<<_____............................._>>>>>>--->>>>>>>>>----------....................................>>>>----.>>>,,,,)))]]]]]]:::::::::::::::', "Check hsp feature2 get_tag_values");
 130
 131     $result = $in->next_result;
 132     is( $result, undef, 'Check for undefined result' );
 133
 134
 135     # multi query vs multi sequence database report
 136     $in = Bio::SearchIO->new(
 137         -format  => 'infernal',
 138         -file    => test_input_file('cmsearch.multi.out')
 139     );
 140       # 1st query
 141     $result = $in->next_result;
 142     is( $result->num_hits,   12, 'Check result num_hits - multi report');
 143     is( $result->query_name, 'tRNA5', 'Check result query_name - multi report');
 144     $hit = $result->next_hit;
 145     is( $hit->length,        72, 'Check hit length - multi report' );
 146
 147       # 2nd query
 148     $result = $in->next_result;
 149     is( $result->num_hits,   1, 'Check result#2 num_hits - multi report');
 150     is( $result->query_name, 'Cobalamin', 'Check result#2 query_name - multi report');
 151     $hit = $result->next_hit;
 152     is( $hit->length,        0, 'Check result#2 hit length - multi report' );
 153     $hsp = $hit->next_hsp;
 154     is( $hsp->strand('hit'), -1, 'Check result#2 hsp hit strand - multi report');
 155
 156
 157     # report with no hits
 158     $in = Bio::SearchIO->new(
 159         -format  => 'infernal',
 160         -file    => test_input_file('cmsearch.nohit.out')
 161     );
 162     $result = $in->next_result;
 163     is( $result->cm_name, 'Cobalamin.c.cm', 'Check cm_name' );
 164     $hit = $result->next_hit;
 165     is( $hit, undef, 'Check for undefined hit' );
 166
 167 }
 168
 169
 170 ### Infernal v. 1.0 ####
 171
 172 my $searchio = Bio::SearchIO->new( -format => 'infernal',
 173                                 -file   => test_input_file('test2.infernal'),
 174                                 -model => 'tRNAtest',
 175                                 -query_acc => 'RF01234',
 176                                 -query_desc => 'tRNA',
 177                                );
 178
 179 $result = $searchio->next_result;
 180 isa_ok($result, 'Bio::Search::Result::ResultI');
 181 is($result->algorithm, 'CMSEARCH', "Result");
 182 is($result->algorithm_reference, undef, "Result reference");
 183 is($result->algorithm_version, '1.0', "Result version");
 184 is($result->available_parameters, 0, "Result parameters");
 185 is($result->available_statistics, 0, "Result statistics");
 186 is($result->database_entries, '', "Result entries");
 187 is($result->database_letters, 600000, "Result letters");
 188 is($result->database_name, 'tosearch.300Kb.db',
 189    "Result database_name");
 190 is($result->num_hits, 1, "Result num_hits");
 191 is($result->program_reference, undef, "Result program_reference");
 192 is($result->query_accession, 'RF01234', "Result query_accession");
 193 is($result->query_description, 'tRNA', "Result query_description");
 194 is($result->query_length, 72, "Result query_length");
 195 is($result->query_name, 'trna.5-1', "Result query_name");
 196
 197 $hit = $result->next_hit;
 198
 199 isa_ok($hit, 'Bio::Search::Hit::HitI');
 200 is($hit->ncbi_gi, '', "Hit GI");
 201 is($hit->accession, 'example', "Hit accession");
 202 is($hit->algorithm, 'CMSEARCH', "Hit algorithm");
 203 is($hit->bits, '78.06', "Hit bits");
 204 is($hit->description, '', "Hit description"); # no hit descs yet
 205 is($hit->locus, '', "Hit locus");
 206 is($hit->n, 3, "Hit n");
 207 is($hit->name, 'example', "Hit name");
 208 is($hit->num_hsps, 3, "Hit num_hsps");
 209
 210 # These Bio::Search::Hit::HitI methods are currently unimplemented in
 211 # Bio::Search::Hit::ModelHit; they may be integrated over time but will require
 212 # some reconfiguring for Model-based searches
 213
 214 # these need to be replaced by dies_ok() or warnings_like()
 215 warning_like { $hit->length_aln() }
 216     qr'length_aln not implemented for Model-based searches',
 217     "Hit length_aln() not implemented";
 218 warning_like {$hit->num_unaligned_hit}
 219     qr'num_unaligned_hit/num_unaligned_sbjct not implemented for Model-based searches',
 220     "Hit num_unaligned_hit() not implemented";
 221 warning_like {$hit->num_unaligned_query}
 222     qr'num_unaligned_query not implemented for Model-based searches',
 223     "Hit num_unaligned_query() not implemented";
 224 warning_like {$hit->num_unaligned_sbjct}
 225     qr'num_unaligned_hit/num_unaligned_sbjct not implemented for Model-based searches',
 226     "Hit num_unaligned_sbjct() not implemented";
 227 warning_like {$hit->start}
 228     qr'start not implemented for Model-based searches',
 229     'Hit start not implemented';
 230 warning_like {$hit->end}
 231     qr'end not implemented for Model-based searches',
 232     'Hit end not implemented';
 233 warning_like {$hit->strand}
 234     qr'strand not implemented for Model-based searches',
 235     'Hit strand not implemented';
 236 warning_like {$hit->logical_length}
 237     qr'logical_length not implemented for Model-based searches',
 238     'Hit logical_length not implemented';
 239 warning_like {$hit->frac_aligned_hit}
 240     qr'frac_aligned_hit not implemented for Model-based searches',
 241     'Hit frac_aligned_hit not implemented';
 242 warning_like {$hit->frac_aligned_query}
 243     qr'frac_aligned_query not implemented for Model-based searches',
 244     'Hit frac_aligned_query not implemented';
 245 warning_like {$hit->frac_conserved}
 246     qr'frac_conserved not implemented for Model-based searches',
 247     'Hit frac_conserved not implemented';
 248 warning_like {$hit->frac_identical}
 249     qr'frac_identical not implemented for Model-based searches',
 250     'Hit frac_identical not implemented';
 251 warning_like {$hit->matches}
 252     qr'matches not implemented for Model-based searches',
 253     'Hit matches not implemented';
 254 warning_like {$hit->gaps}
 255     qr'gaps not implemented for Model-based searches',
 256     'Hit gaps not implemented';
 257 warning_like {$hit->frame}
 258     qr'frame not implemented for Model-based searches',
 259     'Hit frame not implemented';
 260 warning_like {$hit->range}
 261     qr'range not implemented for Model-based searches',
 262     'Hit range not implemented';
 263 warning_like {$hit->seq_inds}
 264     qr'seq_inds not implemented for Model-based searches',
 265     'Hit seq_inds not implemented';
 266
 267 is($hit->length, 0, "Hit length");
 268 is($hit->overlap, 0, "Hit overlap");
 269 is($hit->query_length, 72, "Hit query_length");
 270 is($hit->rank, 1, "Hit rank");
 271 is($hit->raw_score, '78.06', "Hit raw_score");
 272 is($hit->score, '78.06', "Hit score");
 273 float_is($hit->p, '2.906e-26', "Hit p");
 274 float_is($hit->significance, '3.133e-21');
 275
 276 $hsp = $hit->next_hsp;
 277 isa_ok($hsp, 'Bio::Search::HSP::HSPI');
 278 is($hsp->algorithm, 'CMSEARCH', "HSP algorithm");
 279 float_is($hsp->evalue, '3.133e-21');
 280 isa_ok($hsp->feature1, 'Bio::SeqFeature::Similarity');
 281 isa_ok($hsp->feature2, 'Bio::SeqFeature::Similarity');
 282 ($meta) = $hsp->feature1->get_tag_values('meta');
 283 is($meta, '(((((((,,<<<<___.____>>>>,<<<<<_______>>>>>,,,,,<<<<<_______>>>>>))))))):');
 284 ($meta) = $hsp->feature2->get_tag_values('meta');
 285 is($meta, '(((((((,,<<<<___.____>>>>,<<<<<_______>>>>>,,,,,<<<<<_______>>>>>))))))):');
 286
 287 is($hsp->frame('query'), 0, "HSP frame");
 288 is($hsp->gaps, 1, "HSP gaps");
 289 is($hit->length, 0, "Hit length");
 290 isa_ok($hsp->get_aln, 'Bio::Align::AlignI');
 291 isa_ok($hsp->hit, 'Bio::SeqFeature::Similarity', "HSP hit");
 292 is($hsp->hit_string,
 293    'GCGGAUUUAGCUCAGUuGGGAGAGCGCCAGACUGAAGAUCUGGAGGUCCUGUGUUCGAUCCACAGAAUUCGCA',
 294    "HSP hit_string");
 295 is($hsp->homology_string,
 296    'GC::A::UAGC:CAGU GG AG:GCGCCAG:CUG+++A:CUGGAGGUCC:G:GUUCGAU C:C:G::U::GCA',
 297    "HSP homology_string");
 298 is($hsp->hsp_group, undef, "HSP hsp_group");
 299 is($hsp->hsp_length, 73, "HSP hsp_length");
 300 is($hsp->length, 73, "HSP length");
 301 is($hsp->links, undef, "HSP links");
 302 is($hsp->n, 1, "HSP n");
 303 float_is($hsp->pvalue, 2.906e-26, "HSP pvalue");
 304 isa_ok($hsp->query, 'Bio::SeqFeature::Similarity', "HSP query");
 305 is($hsp->query_string,
 306    'gCcgacAUaGcgcAgU.GGuAgcgCgccagccUgucAagcuggAGgUCCgggGUUCGAUuCcccGUgucgGca',
 307    "HSP query_string");
 308 is($hsp->range, 72, "HSP range");
 309 is($hsp->rank, 1, "HSP rank");
 310 float_is($hsp->significance, 3.133e-21);
 311 is($hsp->end, 72, "HSP end");
 312 float_is($hsp->expect, '3.133e-21', "HSP expect");
 313
 314 # These Bio::Search::HSP::HSPI methods are currently unimplemented in
 315 # Bio::Search::HSP::ModelHSP; they may be integrated over time but will require
 316 # some reconfiguring for Model-based searches
 317
 318 warning_like {$hsp->seq_inds}
 319     qr'seq_inds not implemented for Model-based searches',
 320     'HSP seq_inds not implemented';
 321 warning_like {$hsp->matches}
 322     qr'matches not implemented for Model-based searches',
 323     'HSP matches not implemented';
 324 warning_like {$hsp->frac_conserved}
 325     qr'frac_conserved not implemented for Model-based searches',
 326     'HSP frac_conserved not implemented';
 327 warning_like {$hsp->frac_identical}
 328     qr'frac_identical not implemented for Model-based searches',
 329     'HSP frac_identical not implemented';
 330 warning_like {$hsp->num_conserved}
 331     qr'num_conserved not implemented for Model-based searches',
 332     'HSP num_conserved not implemented';
 333 warning_like {$hsp->num_identical}
 334     qr'num_identical not implemented for Model-based searches',
 335     'HSP num_identical not implemented';
 336 warning_like {$hsp->percent_identity}
 337     qr'percent_identity not implemented for Model-based searches',
 338     'HSP percent_identity not implemented';
 339 warning_like {$hsp->cigar_string}
 340     qr'cigar_string not implemented for Model-based searches',
 341     'HSP cigar_string not implemented';
 342 warning_like {$hsp->generate_cigar_string}
 343     qr'generate_cigar_string not implemented for Model-based searches',
 344     'HSP cigar_string not implemented';
 345
 346 isa_ok($hsp->seq, 'Bio::LocatableSeq');
 347 is($hsp->seq_str,
 348    'gCcgacAUaGcgcAgU.GGuAgcgCgccagccUgucAagcuggAGgUCCgggGUUCGAUuCcccGUgucgGca',
 349    "HSP seq_str");
 350 is($hsp->start, 1, "HSP start");
 351 is($hsp->custom_score, undef, "HSP custom_score");
 352 is($hsp->meta,
 353    '(((((((,,<<<<___.____>>>>,<<<<<_______>>>>>,,,,,<<<<<_______>>>>>))))))):',
 354    "HSP meta");
 355 is($hsp->strand('hit'), 1, "HSP strand");
 356
 357 $hsp = $hit->next_hsp;
 358 isa_ok($hsp, 'Bio::Search::HSP::HSPI');
 359 is($hsp->algorithm, 'CMSEARCH', "HSP algorithm");
 360 float_is($hsp->evalue, 0.6752);
 361 isa_ok($hsp->feature1, 'Bio::SeqFeature::Similarity');
 362 isa_ok($hsp->feature2, 'Bio::SeqFeature::Similarity');
 363 is($hsp->frame('query'), 0, "HSP frame");
 364 is($hsp->gaps, 4, "HSP gaps");
 365 # infernal can return alignment data
 366 isa_ok($hsp->get_aln, 'Bio::Align::AlignI');
 367 isa_ok($hsp->hit, 'Bio::SeqFeature::Similarity', "HSP hit");
 368 is($hsp->hit_string,
 369    'UCUGCUAUGGCGUAAUGGCCACGCGC----CCAUCAACAAAGAUAUC*[19]*UAACAGGA',
 370    "HSP hit_string");
 371 is($hsp->homology_string,
 372    ' C:G :AU+GCG:A+UGG  :CGCGC    C  UCAA +++GA +UC      U: C:G A',
 373    "HSP homology_string");
 374 is($hsp->hsp_group, undef, "HSP hsp_group");
 375 is($hsp->hsp_length, 73, "HSP hsp_length");
 376 is($hsp->length, 73, "HSP length");
 377 is($hsp->links, undef, "HSP links");
 378 is($hsp->n, 1, "HSP n");
 379 float_is($hsp->pvalue, 6.263e-06, "HSP pvalue");
 380 isa_ok($hsp->query, 'Bio::SeqFeature::Similarity', "HSP query");
 381 is($hsp->query_string,
 382    'gCcgacAUaGcgcAgUGGuAgcgCgccagccUgucAagcuggAGgUC*[17]*UgucgGca',
 383    "HSP query_string");
 384 is($hsp->range, 72, "HSP range");
 385 is($hsp->rank, 2, "HSP rank");
 386 float_is($hsp->significance, 0.6752);
 387 is($hsp->end, 72, "HSP end");
 388 float_is($hsp->expect, 0.6752, "HSP expect");
 389 isa_ok($hsp->seq, 'Bio::LocatableSeq');
 390 # this should probably default to the hit string
 391 is($hsp->seq_str,
 392    'gCcgacAUaGcgcAgUGGuAgcgCgccagccUgucAagcuggAGgUC*[17]*UgucgGca',
 393    "HSP seq_str");
 394 is($hsp->start, 1, "HSP start");
 395 is($hsp->custom_score, undef, "HSP custom_score");
 396 is($hsp->meta,
 397    '(((((((,,<<<<_______>>>>,<<<<<_______>>>>>,,,,,~~~~~~))))))):',
 398    "HSP meta");
 399 is($hsp->strand('hit'), 1, "HSP strand");
 400
 401 ### Infernal pre-v. 1.0 ####
 402
 403 $searchio = Bio::SearchIO->new( -format => 'infernal',
 404                                 -file   => test_input_file('test.infernal'),
 405                                 # version is reset to the correct one by parser
 406                                 -version => 0.7,
 407                                 -model => 'Purine',
 408                                 -query_acc => 'RF00167',
 409                                 -query_desc => 'Purine riboswitch',
 410                                 -database => 'b_sub.fas',
 411                                 -hsp_minscore => 40,
 412                                 -convert_meta => 0,
 413                                );
 414
 415 $result = $searchio->next_result;
 416 isa_ok($result, 'Bio::Search::Result::ResultI');
 417 $algorithm = $result->algorithm;
 418 is($result->algorithm, 'CMSEARCH', "Result $algorithm");
 419 is($result->algorithm_reference, undef, "Result $algorithm reference");
 420 is($result->algorithm_version, 0.7, "Result $algorithm version");
 421 is($result->available_parameters, 0, "Result parameters");
 422 is($result->available_statistics, 0, "Result statistics");
 423 is($result->database_entries, '', "Result entries");
 424 is($result->database_letters, '', "Result letters");
 425 is($result->database_name, 'b_sub.fas', "Result database_name");
 426 is($result->num_hits, 2, "Result num_hits");
 427 is($result->program_reference, undef, "Result program_reference");
 428 is($result->query_accession, 'RF00167', "Result query_accession");
 429 is($result->query_description, 'Purine riboswitch', "Result query_description");
 430 is($result->query_length, 102, "Result query_length");
 431 is($result->query_name, 'Purine', "Result query_name");
 432
 433 $hit = $result->next_hit;
 434
 435 isa_ok($hit, 'Bio::Search::Hit::HitI');
 436 is($hit->ncbi_gi, '2239287', "Hit GI");
 437 is($hit->accession, 'U51115.1', "Hit accession");
 438 is($hit->algorithm, 'CMSEARCH', "Hit algorithm");
 439 is($hit->bits, 81.29, "Hit bits");
 440 is($hit->description, '', "Hit description"); # no hit descs yet
 441 is($hit->locus, 'BSU51115', "Hit locus");
 442 is($hit->n, 2, "Hit n");
 443 is($hit->name, 'gi|2239287|gb|U51115.1|BSU51115', "Hit name");
 444 is($hit->num_hsps, 2, "Hit num_hsps");
 445
 446 # p() works but there are no evalues yet for Infernal output, so catch and check...
 447 warning_like {$hit->p}
 448     qr'P-value not defined. Using significance\(\) instead',
 449     "No p values";
 450
 451 is($hit->length, 0, "Hit length");
 452 is($hit->overlap, 0, "Hit overlap");
 453 is($hit->query_length, 102, "Hit query_length");
 454 is($hit->rank, 1, "Hit rank");
 455 is($hit->raw_score, 81.29, "Hit raw_score");
 456 is($hit->score, 81.29, "Hit score");
 457 float_is($hit->significance, undef);
 458
 459 $hsp = $hit->next_hsp;
 460 isa_ok($hsp, 'Bio::Search::HSP::HSPI');
 461 is($hsp->algorithm, 'CMSEARCH', "HSP algorithm");
 462 float_is($hsp->evalue, undef);
 463 isa_ok($hsp->feature1, 'Bio::SeqFeature::Similarity');
 464 isa_ok($hsp->feature2, 'Bio::SeqFeature::Similarity');
 465 ($meta) = $hsp->feature1->get_tag_values('meta');
 466 is($meta, ':::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,)))).))))::::::::::::::');
 467 ($meta) = $hsp->feature2->get_tag_values('meta');
 468 is($meta, ':::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,)))).))))::::::::::::::');
 469
 470 is($hsp->frame('query'), 0, "HSP frame");
 471 is($hsp->gaps, 1, "HSP gaps");
 472 is($hit->length, 0, "Hit length");
 473 isa_ok($hsp->get_aln, 'Bio::Align::AlignI');
 474 isa_ok($hsp->hit, 'Bio::SeqFeature::Similarity', "HSP hit");
 475 is($hsp->hit_string,
 476    'CAUGAAAUCAAAACACGACCUCAUAUAAUCUUGGGAAUAUGGCCCAUAAGUUUCUACCCGGCAACCGUAAAUUGCCGGACUAUGcAGGGAAGUGAUCGAUAAA',
 477    "HSP hit_string");
 478 is($hsp->homology_string,
 479    ' A+ A+A+ AAAA A   :CUC:UAUAAU: :GGGAAUAUGGCCC: :AGUUUCUACC:GGCAACCGUAAAUUGCC:GACUA:G AG: AA + ++  +++++',
 480    "HSP homology_string");
 481 is($hsp->hsp_group, undef, "HSP hsp_group");
 482 is($hsp->hsp_length, 103, "HSP hsp_length");
 483 is($hsp->length, 103, "HSP length");
 484 is($hsp->links, undef, "HSP links");
 485 is($hsp->n, 1, "HSP n");
 486 float_is($hsp->pvalue, undef, "HSP pvalue");
 487 isa_ok($hsp->query, 'Bio::SeqFeature::Similarity', "HSP query");
 488 is($hsp->query_string,
 489    'aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaGgcaaCCGUAAAuugcCuGACUAcG.aGuaAauauuaaauauuu',
 490    "HSP query_string");
 491 is($hsp->range, 102, "HSP range");
 492 is($hsp->rank, 1, "HSP rank");
 493 float_is($hsp->significance, undef);
 494 is($hsp->end, 102, "HSP end");
 495 float_is($hsp->expect, undef, "HSP expect");
 496
 497 isa_ok($hsp->seq, 'Bio::LocatableSeq');
 498 is($hsp->seq_str,
 499    'aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaGgcaaCCGUAAAuugcCuGACUAcG.aGuaAauauuaaauauuu',
 500    "HSP seq_str");
 501 is($hsp->start, 1, "HSP start");
 502 is($hsp->custom_score, undef, "HSP custom_score");
 503 is($hsp->meta,
 504    ':::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,)))).))))::::::::::::::',
 505    "HSP meta");
 506 is($hsp->strand('hit'), 1, "HSP strand");
 507
 508 $hsp = $hit->next_hsp;
 509 isa_ok($hsp, 'Bio::Search::HSP::HSPI');
 510 is($hsp->algorithm, 'CMSEARCH', "HSP algorithm");
 511 float_is($hsp->evalue, undef);
 512 isa_ok($hsp->feature1, 'Bio::SeqFeature::Similarity');
 513 isa_ok($hsp->feature2, 'Bio::SeqFeature::Similarity');
 514 is($hsp->frame('query'), 0, "HSP frame");
 515 is($hsp->gaps, 0, "HSP gaps");
 516 # infernal can return alignment data
 517 isa_ok($hsp->get_aln, 'Bio::Align::AlignI');
 518 isa_ok($hsp->hit, 'Bio::SeqFeature::Similarity', "HSP hit");
 519 is($hsp->hit_string,
 520    'AGAAAUCAAAUAAGAUGAAUUCGUAUAAUCGCGGGAAUAUGGCUCGCAAGUCUCUACCAAGCUACCGUAAAUGGCUUGACUACGUAAACAUUUCUUUCGUUU',
 521    "HSP hit_string");
 522 is($hsp->homology_string,
 523    'A AAAU AAA+AA A+   : CGUAUAAU::CG:GAAUAUGGC:CG::AGU UCUACCA:GC ACCGUAAAU GC:UGACUACG :   AU+U +++  UUU',
 524    "HSP homology_string");
 525 is($hsp->hsp_group, undef, "HSP hsp_group");
 526 is($hsp->hsp_length, 103, "HSP hsp_length");
 527 is($hsp->length, 103, "HSP length");
 528 is($hsp->links, undef, "HSP links");
 529 is($hsp->n, 1, "HSP n");
 530 float_is($hsp->pvalue, undef, "HSP pvalue");
 531 isa_ok($hsp->query, 'Bio::SeqFeature::Similarity', "HSP query");
 532 is($hsp->query_string,
 533    'aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaGgcaaCCGUAAAuugcCuGACUAcGaGuaAauauuaaauauuu',
 534    "HSP query_string");
 535 is($hsp->range, 102, "HSP range");
 536 is($hsp->rank, 2, "HSP rank");
 537 float_is($hsp->significance, undef);
 538 is($hsp->end, 102, "HSP end");
 539 float_is($hsp->expect, undef, "HSP expect");
 540 #is($hsp->matches, 2, "HSP matches");
 541 isa_ok($hsp->seq, 'Bio::LocatableSeq');
 542 # this should probably default to the hit string
 543 is($hsp->seq_str,
 544    'aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaGgcaaCCGUAAAuugcCuGACUAcGaGuaAauauuaaauauuu',
 545    "HSP seq_str");
 546 is($hsp->start, 1, "HSP start");
 547 is($hsp->custom_score, undef, "HSP custom_score");
 548 is($hsp->meta,
 549    ':::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,))))))))::::::::::::::',
 550    "HSP meta");
 551 is($hsp->strand('hit'), 1, "HSP strand");
 552
 553 # one more hit...
 554
 555 $hit = $result->next_hit;
 556 isa_ok($hit, 'Bio::Search::Hit::HitI');
 557 is($hit->accession, 'X83878.1', "Hit accession");
 558 is($hit->ncbi_gi, '633168', "Hit GI");
 559 is($hit->algorithm, 'CMSEARCH', "Hit algorithm");
 560 is($hit->bits, 79.36, "Hit bits");
 561 is($hit->description, '', "Hit description"); # no hit descs yet
 562 is($hit->length, 0, "Hit length");
 563 is($hit->locus, '', "Hit locus");
 564 is($hit->n, 1, "Hit n");
 565 is($hit->name, 'gi|633168|emb|X83878.1|', "Hit name");
 566 is($hit->num_hsps, 1, "Hit num_hsps");
 567 is($hit->overlap, 0, "Hit overlap");
 568 is($hit->query_length, 102, "Hit query_length");
 569 is($hit->rank, 2, "Hit rank");
 570 is($hit->raw_score, 79.36, "Hit raw_score");
 571 is($hit->score, 79.36, "Hit score");
 572 float_is($hit->significance, undef);
 573
 574 # one more HSP...
 575
 576 $hsp = $hit->next_hsp;
 577 isa_ok($hsp, 'Bio::Search::HSP::HSPI');
 578 is($hsp->algorithm, 'CMSEARCH', "HSP algorithm");
 579 float_is($hsp->evalue, undef);
 580 isa_ok($hsp->feature1, 'Bio::SeqFeature::Similarity');
 581 isa_ok($hsp->feature2, 'Bio::SeqFeature::Similarity');
 582 is($hsp->frame('query'), 0, "HSP frame");
 583 is($hsp->gaps, 2, "HSP gaps");
 584 isa_ok($hsp->get_aln, 'Bio::Align::AlignI');
 585 isa_ok($hsp->hit, 'Bio::SeqFeature::Similarity', "HSP hit");
 586 is($hsp->hit_string,
 587    'UUACAAUAUAAUAGGAACACUCAUAUAAUCGCGUGGAUAUGGCACGCAAGUUUCUACCGGGCA-CCGUAAA-UGUCCGACUAUGGGUGAGCAAUGGAACCGC',
 588    "HSP hit_string");
 589 is($hsp->homology_string,
 590    '+ A A++A AA A  AA:AC+C:UAUAAU::CG:G AUAUGGC:CG::AGUUUCUACC:G CA CCGUAAA UG C:GACUA:G+GU:A  A+U  A+    ',
 591    "HSP homology_string");
 592 is($hsp->hsp_group, undef, "HSP hsp_group");
 593 is($hsp->hsp_length, 103, "HSP hsp_length");
 594 is($hsp->length, 103, "HSP length");
 595 is($hsp->links, undef, "HSP links");
 596 is($hsp->n, 1, "HSP n");
 597 isa_ok($hsp->query, 'Bio::SeqFeature::Similarity', "HSP query");
 598 is($hsp->query_string,
 599    'aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaGgcaaCCGUAAAuugcCuGACUAcGaGuaAauauuaaauauuu',
 600    "HSP query_string");
 601 is($hsp->range, 102, "HSP range");
 602 is($hsp->rank, 1, "HSP rank");
 603 float_is($hsp->significance, undef);
 604 is($hsp->end, 102, "HSP end");
 605 float_is($hsp->expect, undef, "HSP expect");
 606 isa_ok($hsp->seq, 'Bio::LocatableSeq');
 607 is($hsp->seq_str,
 608    'aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaGgcaaCCGUAAAuugcCuGACUAcGaGuaAauauuaaauauuu',
 609    "HSP seq_str");
 610 is($hsp->start, 1, "HSP start");
 611 is($hsp->custom_score, undef, "HSP custom_score");
 612 is($hsp->meta,
 613    ':::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,))))))))::::::::::::::',
 614    "HSP meta");
 615 is($hsp->strand('hit'), 1, "HSP strand");
 616
 617 my $symbols = {
 618             '5-prime'        => '(',
 619             '3-prime'        => ')',
 620             'single-strand'  => ':',
 621             'unknown'        => '?',
 622             'gap'            => '-'
 623              # may add more for quartets, triplets
 624               };
 625
 626 $searchio = Bio::SearchIO->new( -format => 'infernal',
 627                                 -file   => test_input_file('test.infernal'),
 628                                 # version is reset to the correct one by parser
 629                                 -version => 0.7,
 630                                 -model => 'Purine',
 631                                 -query_acc => 'RF00167',
 632                                 -query_desc => 'Purine riboswitch',
 633                                 -database => 'b_sub.fas',
 634                                 -hsp_minscore => 40,
 635                                 -convert_meta => 1,
 636                                 -symbols => $symbols,
 637                                );
 638
 639 $result = $searchio->next_result;
 640 $hit = $result->next_hit;
 641 $hsp = $hit->next_hsp;
 642 is($hsp->meta,
 643    ':::::::::::::::::((((((((:::(((((((:::::::)))))))::::::::(((((((:::::::)))))))::))))-))))::::::::::::::',
 644    "HSP meta gap bug");
 645 $hsp = $hit->next_hsp;
 646 is($hsp->meta,
 647    ':::::::::::::::::((((((((:::(((((((:::::::)))))))::::::::(((((((:::::::)))))))::))))))))::::::::::::::',
 648    "HSP meta");
 649 $hit = $result->next_hit;
 650 $hsp = $hit->next_hsp;
 651 is($hsp->meta,
 652    ':::::::::::::::::((((((((:::(((((((:::::::)))))))::::::::(((((((:::::::)))))))::))))))))::::::::::::::',
 653    "HSP meta");
 654 ($meta) = $hsp->feature1->get_tag_values('meta');
 655 is($meta, ':::::::::::::::::((((((((:::(((((((:::::::)))))))::::::::(((((((:::::::)))))))::))))))))::::::::::::::');
 656 ($meta) = $hsp->feature2->get_tag_values('meta');
 657 is($meta, ':::::::::::::::::((((((((:::(((((((:::::::)))))))::::::::(((((((:::::::)))))))::))))))))::::::::::::::');
 658
 659 ## Infernal 0.81 parsing ##
 660
 661 $searchio = Bio::SearchIO->new( -format => 'infernal',
 662                                 -file   => test_input_file('purine_v081.infernal'),
 663                                 # version is reset to the correct one by parser
 664                                 -query_acc => 'RF00167',
 665                                 -query_desc => 'Purine riboswitch',
 666                                 -database => 'b_sub.fas',
 667                                 -convert_meta => 0,
 668                                );
 669
 670 $result = $searchio->next_result;
 671
 672 isa_ok($result, 'Bio::Search::Result::ResultI');
 673 $algorithm = $result->algorithm;
 674 is($result->algorithm, 'CMSEARCH', "Result $algorithm");
 675 is($result->algorithm_reference, undef, "Result $algorithm reference");
 676 is($result->algorithm_version, 0.81, "Result $algorithm version");
 677 is($result->available_parameters, 0, "Result parameters");
 678 is($result->available_statistics, 0, "Result statistics");
 679 is($result->database_entries, '', "Result entries");
 680 is($result->database_letters, '', "Result letters");
 681 is($result->database_name, 'b_sub.fas', "Result database_name");
 682 is($result->num_hits, 3, "Result num_hits");
 683 is($result->program_reference, undef, "Result program_reference");
 684 is($result->query_accession, 'RF00167', "Result query_accession");
 685 is($result->query_description, 'Purine riboswitch', "Result query_description");
 686 is($result->query_length, 102, "Result query_length");
 687 is($result->query_name, 'Purine', "Result query_name");
 688
 689 $hit = $result->next_hit;
 690 isa_ok($hit, 'Bio::Search::Hit::HitI');
 691 is($hit->ncbi_gi, '633168', "Hit GI");
 692 is($hit->accession, 'X83878.1', "Hit accession");
 693 is($hit->algorithm, 'CMSEARCH', "Hit algorithm");
 694 is($hit->bits, 79.36, "Hit bits");
 695 is($hit->description, '', "Hit description"); # no hit descs yet
 696 is($hit->locus, '', "Hit locus");
 697 is($hit->n, 2, "Hit n");
 698 is($hit->name, 'gi|633168|emb|X83878.1|', "Hit name");
 699 is($hit->num_hsps, 2, "Hit num_hsps");
 700
 701 # p() works but there are no evalues yet for Infernal output, so catch and check...
 702 warnings_like {$hit->p} qr'P-value not defined. Using significance\(\) instead',
 703      "No p values";
 704
 705 is($hit->length, 0, "Hit length");
 706 is($hit->overlap, 0, "Hit overlap");
 707 is($hit->query_length, 102, "Hit query_length");
 708 is($hit->rank, 1, "Hit rank");
 709 is($hit->raw_score, 79.36, "Hit raw_score");
 710 is($hit->score, 79.36, "Hit score");
 711 float_is($hit->significance, 1.945e-07);
 712
 713 $hsp = $hit->next_hsp;
 714 isa_ok($hsp, 'Bio::Search::HSP::HSPI');
 715 is($hsp->algorithm, 'CMSEARCH', "HSP algorithm");
 716 float_is($hsp->evalue, 1.945e-07);
 717 isa_ok($hsp->feature1, 'Bio::SeqFeature::Similarity');
 718 isa_ok($hsp->feature2, 'Bio::SeqFeature::Similarity');
 719 ($meta) = $hsp->feature1->get_tag_values('meta');
 720 is($meta, ':::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,))))))))::::::::::::::');
 721 ($meta) = $hsp->feature2->get_tag_values('meta');
 722 is($meta, ':::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,))))))))::::::::::::::');
 723
 724 is($hsp->frame('query'), 0, "HSP frame");
 725 is($hsp->gaps, 2, "HSP gaps");
 726 is($hit->length, 0, "Hit length");
 727 isa_ok($hsp->get_aln, 'Bio::Align::AlignI');
 728 isa_ok($hsp->hit, 'Bio::SeqFeature::Similarity', "HSP hit");
 729 is($hsp->hit_string,
 730    'UUACAAUAUAAUAGGAACACUCAUAUAAUCGCGUGGAUAUGGCACGCAAGUUUCUACCGGGCA-CCGUAAA-UGUCCGACUAUGGGUGAGCAAUGGAACCGC',
 731    "HSP hit_string");
 732 is($hsp->homology_string,
 733    '+ A A++A AA A  AA:AC+C:UAUAAU::CG:G AUAUGGC:CG::AGUUUCUACC:G CA CCGUAAA UG C:GACUA:G+GU:A  A+U  A+    ',
 734    "HSP homology_string");
 735 is($hsp->hsp_group, undef, "HSP hsp_group");
 736 is($hsp->hsp_length,102, "HSP hsp_length");
 737 is($hsp->length, 102, "HSP length");
 738 is($hsp->links, undef, "HSP links");
 739 is($hsp->n, 1, "HSP n");
 740 float_is($hsp->pvalue, 1.945e-07, "HSP pvalue");
 741 isa_ok($hsp->query, 'Bio::SeqFeature::Similarity', "HSP query");
 742 is($hsp->query_string,
 743    'aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaGgcaaCCGUAAAuugcCuGACUAcGaGuaAauauuaaauauuu',
 744    "HSP query_string");
 745 is($hsp->range, 102, "HSP range");
 746 is($hsp->rank, 1, "HSP rank");
 747 float_is($hsp->significance, 1.945e-07);
 748 is($hsp->end, 102, "HSP end");
 749 float_is($hsp->expect, 1.945e-07, "HSP expect");
 750
 751 isa_ok($hsp->seq, 'Bio::LocatableSeq');
 752 is($hsp->seq_str,
 753    'aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaGgcaaCCGUAAAuugcCuGACUAcGaGuaAauauuaaauauuu',
 754    "HSP seq_str");
 755 is($hsp->start, 1, "HSP start");
 756 is($hsp->custom_score, undef, "HSP custom_score");
 757 is($hsp->meta,
 758    ':::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,))))))))::::::::::::::',
 759    "HSP meta");
 760 is($hsp->strand('hit'), 1, "HSP strand");
 761
 762 $hsp = $hit->next_hsp;
 763 isa_ok($hsp, 'Bio::Search::HSP::HSPI');
 764 is($hsp->algorithm, 'CMSEARCH', "HSP algorithm");
 765 float_is($hsp->evalue, 6.802);
 766 isa_ok($hsp->feature1, 'Bio::SeqFeature::Similarity');
 767 isa_ok($hsp->feature2, 'Bio::SeqFeature::Similarity');
 768 is($hsp->frame('query'), 0, "HSP frame");
 769 is($hsp->gaps, 4, "HSP gaps");
 770 # infernal can return alignment data
 771 isa_ok($hsp->get_aln, 'Bio::Align::AlignI');
 772 isa_ok($hsp->hit, 'Bio::SeqFeature::Similarity', "HSP hit");
 773 is($hsp->hit_string,
 774    'CGUGCGGUUCCAUUGCUCACCCAUA-GUCGGACAU-UUACGG-UGCCCGGUAGAAACUUGCGUGCCAUAUCCACGCGAUUaUAUGAGUGUUCCUAUUAUAUUG',
 775    "HSP hit_string");
 776 is($hsp->homology_string,
 777    '  +    +   A    +:AC C:UA  +::: ::   UA GG :: :::GU    AC: G::::CC UA  ::::C :   UA:G GU: +  U+++AUAUU ',
 778    "HSP homology_string");
 779 is($hsp->hsp_group, undef, "HSP hsp_group");
 780 is($hsp->hsp_length, 102, "HSP hsp_length");
 781 is($hsp->length, 102, "HSP length");
 782 is($hsp->links, undef, "HSP links");
 783 is($hsp->n, 1, "HSP n");
 784 float_is($hsp->pvalue, 0.9989, "HSP pvalue");
 785 isa_ok($hsp->query, 'Bio::SeqFeature::Similarity', "HSP query");
 786 is($hsp->query_string,
 787    'aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaGgcaaCCGUAAAuugcCuGAC.UAcGaGuaAauauuaaauauuu',
 788    "HSP query_string");
 789 is($hsp->range, 102, "HSP range");
 790 is($hsp->rank, 2, "HSP rank");
 791 float_is($hsp->significance, 6.802);
 792 is($hsp->end, 102, "HSP end");
 793 float_is($hsp->expect, 6.802, "HSP expect");
 794 #is($hsp->matches, 2, "HSP matches");
 795 isa_ok($hsp->seq, 'Bio::LocatableSeq');
 796 # this should probably default to the hit string
 797 is($hsp->seq_str,
 798    'aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaGgcaaCCGUAAAuugcCuGAC.UAcGaGuaAauauuaaauauuu',
 799    "HSP seq_str");
 800 is($hsp->start, 1, "HSP start");
 801 is($hsp->custom_score, undef, "HSP custom_score");
 802 is($hsp->meta,
 803    ':::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,.))))))))::::::::::::::',
 804    "HSP meta");
 805 is($hsp->strand('hit'), -1, "HSP strand");
 806
 807 # one more hit...
 808
 809 $hit = $result->next_hit;
 810 isa_ok($hit, 'Bio::Search::Hit::HitI');
 811 is($hit->accession, 'U51115.1', "Hit accession");
 812 is($hit->ncbi_gi, '2239287', "Hit GI");
 813 is($hit->algorithm, 'CMSEARCH', "Hit algorithm");
 814 is($hit->bits, 81.29, "Hit bits");
 815 is($hit->description, '', "Hit description"); # no hit descs yet
 816 is($hit->length, 0, "Hit length");
 817 is($hit->locus, 'BSU51115', "Hit locus");
 818 is($hit->n, 11, "Hit n");
 819 is($hit->name, 'gi|2239287|gb|U51115.1|BSU51115', "Hit name");
 820 is($hit->num_hsps, 11, "Hit num_hsps");
 821 is($hit->overlap, 0, "Hit overlap");
 822 is($hit->query_length, 102, "Hit query_length");
 823 is($hit->rank, 2, "Hit rank");
 824 is($hit->raw_score, 81.29, "Hit raw_score");
 825 is($hit->score, 81.29, "Hit score");
 826 float_is($hit->significance, 1.259e-07);
 827
 828 # one more HSP...
 829
 830 $hsp = $hit->next_hsp;
 831 isa_ok($hsp, 'Bio::Search::HSP::HSPI');
 832 is($hsp->algorithm, 'CMSEARCH', "HSP algorithm");
 833 float_is($hsp->evalue, 1.259e-07);
 834 isa_ok($hsp->feature1, 'Bio::SeqFeature::Similarity');
 835 isa_ok($hsp->feature2, 'Bio::SeqFeature::Similarity');
 836 is($hsp->frame('query'), 0, "HSP frame");
 837 is($hsp->gaps, 0, "HSP gaps");
 838 isa_ok($hsp->get_aln, 'Bio::Align::AlignI');
 839 isa_ok($hsp->hit, 'Bio::SeqFeature::Similarity', "HSP hit");
 840 is($hsp->hit_string,
 841    'AGAAAUCAAAUAAGAUGAAUUCGUAUAAUCGCGGGAAUAUGGCUCGCAAGUCUCUACCAAGCUACCGUAAAUGGCUUGACUACGUAAACAUUUCUUUCGUUU',
 842    "HSP hit_string");
 843 is($hsp->homology_string,
 844    'A AAAU AAA+AA A+   : CGUAUAAU::CG:GAAUAUGGC:CG::AGU UCUACCA:GC ACCGUAAAU GC:UGACUACG :   AU+U +++  UUU',
 845    "HSP homology_string");
 846 is($hsp->hsp_group, undef, "HSP hsp_group");
 847 is($hsp->hsp_length, 102, "HSP hsp_length");
 848 is($hsp->length, 102, "HSP length");
 849 is($hsp->links, undef, "HSP links");
 850 is($hsp->n, 1, "HSP n");
 851 isa_ok($hsp->query, 'Bio::SeqFeature::Similarity', "HSP query");
 852 is($hsp->query_string,
 853    'aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaGgcaaCCGUAAAuugcCuGACUAcGaGuaAauauuaaauauuu',
 854    "HSP query_string");
 855 is($hsp->range, 102, "HSP range");
 856 is($hsp->rank, 1, "HSP rank");
 857 float_is($hsp->significance, 1.259e-07);
 858 is($hsp->end, 102, "HSP end");
 859 float_is($hsp->expect, 1.259e-07, "HSP expect");
 860 isa_ok($hsp->seq, 'Bio::LocatableSeq');
 861 is($hsp->seq_str,
 862    'aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaGgcaaCCGUAAAuugcCuGACUAcGaGuaAauauuaaauauuu',
 863    "HSP seq_str");
 864 is($hsp->start, 1, "HSP start");
 865 is($hsp->custom_score, undef, "HSP custom_score");
 866 is($hsp->meta,
 867    ':::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,))))))))::::::::::::::',
 868    "HSP meta");
 869 is($hsp->strand('hit'), 1, "HSP strand");