t/Map/Cyto.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7         use Bio::Root::Test;
   8
   9         test_begin(-tests => 110);
  10
  11     use_ok('Bio::Map::CytoMap');
  12     use_ok('Bio::Map::CytoPosition');
  13     use_ok('Bio::Map::CytoMarker');
  14 }
  15
  16 #
  17 # Let's test first the map class : Bio::Map::CytoMap
  18 #
  19
  20 ok my $map = Bio::Map::CytoMap->new(-name  => 'my');
  21 is $map->type, 'cyto';
  22 is $map->units, '';
  23 is $map->length, 0;
  24 is $map->name, 'my';
  25 is $map->species('human'), 'human';
  26 is $map->species, 'human';
  27 is $map->unique_id, '1';
  28
  29 #
  30 #
  31 # Secondly, we make sure the location calculations in
  32 #           Bio::Map::CytoPosition make sense
  33 #
  34
  35 my($a, $b, $r);
  36 my $string = 'b';
  37 is Bio::Map::CytoPosition::_pad($string, 5, 'z'), 'bzzzz';
  38
  39 ok $a = Bio::Map::CytoPosition->new();
  40 isa_ok $a, 'Bio::Map::CytoPosition';
  41 is $a->cytorange, undef;
  42
  43
  44 $a->verbose(2);
  45 eval {
  46     is $a->value('C'), 'C';
  47     is $a->cytorange, undef ;
  48 };
  49 ok $@;
  50 $a->verbose(0);
  51
  52 is $a->value('X'), 'X';
  53 $r = $a->cytorange;
  54 isa_ok $r, 'Bio::Range';
  55 is $r->start, 100000000;
  56 is $r->end, 100200000;
  57
  58 $a->value('1p');
  59 is $a->cytorange->start, 1000000;
  60 is $a->cytorange->end, 1100000;
  61
  62 $a->value('2qter');
  63 is $a->cytorange->start, 2200000;
  64 is $a->cytorange->end, 2200000;
  65
  66 $a->value('2qcen');
  67 is $a->cytorange->start, 2100000;
  68 is $a->cytorange->end, 2100000;
  69
  70 eval {
  71     $a->value('2qcen2');
  72     $a->cytorange->start;
  73 };
  74 ok 1 if $@;
  75
  76 $a->value('2q22');
  77 is $a->cytorange->start, 2122000;
  78 is $a->cytorange->end, 2122999;
  79
  80 $a->value('2p22');
  81 is $a->cytorange->start, 2077001;
  82 is $a->cytorange->end, 2078000;
  83
  84 $a->value('2p21');
  85 is $a->cytorange->start, 2078001;
  86 is $a->cytorange->end, 2079000;
  87
  88 $a->value('10p22.1-cen');
  89 is $a->cytorange->start, 10022199;
  90 is $a->cytorange->end, 10100000;
  91
  92 eval {
  93     $a->value('10q22.1-cen');
  94     $a->cytorange->start;
  95 };
  96 ok 1 if $@;
  97
  98 $a->value('10q22.1-ter');
  99 is $a->cytorange->start, 10122100;
 100 is $a->cytorange->end, 10200000;
 101
 102
 103 eval {
 104     $a->value('10q22.1-p');
 105     $a->cytorange->start;
 106 };
 107 ok 1 if $@;
 108
 109 $a->value('10qcen-qter');
 110 is $a->cytorange->start, 10100000;
 111 is $a->cytorange->end, 10200000;
 112
 113 $a->value('10pcen-qter');
 114 is $a->cytorange->start, 10100000;
 115 is $a->cytorange->end, 10200000;
 116
 117 $a->value('10q22.1-q23');
 118 is $a->cytorange->start, 10122100;
 119 is $a->cytorange->end, 10123999;
 120 cmp_ok ($a->cytorange->start, '<', $a->cytorange->end );
 121
 122 $a->value('10p22.1-p23');
 123 is $a->cytorange->start, 10076001;
 124 is $a->cytorange->end,  10077900;
 125 cmp_ok ($a->cytorange->start, '<', $a->cytorange->end );
 126
 127 $a->value('10cen-p23');
 128 is $a->cytorange->start, 10076001;
 129 is $a->cytorange->end, 10100000;
 130 cmp_ok ($a->cytorange->start, '<', $a->cytorange->end );
 131
 132 $a->value('10q22.1-p23');
 133 is $a->cytorange->start, 10076001;
 134 is $a->cytorange->end, 10122199;
 135 cmp_ok ($a->cytorange->start, '<', $a->cytorange->end );
 136
 137 $a->value('10p22.1-q23');
 138 is $a->cytorange->start, 10077801;
 139 is $a->cytorange->end, 10123999;
 140 cmp_ok ($a->cytorange->start, '<', $a->cytorange->end );
 141
 142 $a->value('10q22.1-p22');
 143 is $a->cytorange->start, 10077001 ;
 144 is $a->cytorange->end, 10122199 ;
 145
 146 $b = Bio::Map::CytoPosition->new();
 147 $b->value('10p22-p22.1');
 148 is $b->cytorange->start, 10077801 ;
 149 is $b->cytorange->end, 10078000;
 150 ok $a->cytorange->overlaps($b->cytorange);
 151
 152 $a->value('10p22.1-q23');
 153 is $a->cytorange->start, 10077801;
 154 is $a->cytorange->end, 10123999;
 155 cmp_ok ($a->cytorange->start, '<', $a->cytorange->end );
 156
 157 $a->value('17p13-pter');
 158 is $a->cytorange->start, 17000000;
 159 is $a->cytorange->end, 17087000;
 160 cmp_ok ($a->cytorange->start, '<', $a->cytorange->end );
 161
 162 $a->value('17cen-pter');
 163 is $a->cytorange->start, 17000000;
 164 is $a->cytorange->end, 17100000;
 165 cmp_ok ($a->cytorange->start, '<', $a->cytorange->end );
 166
 167
 168 #-----------------------------------------
 169 #my $s;
 170
 171 sub test {
 172     my ($s) = @_;
 173     my $a = Bio::Map::CytoPosition->new();
 174     $a->value($s);
 175     $r = $a->cytorange;
 176     is $a->range2value($r), $s;
 177 }
 178
 179 test '1';
 180 test '2p';
 181 test '3q';
 182 test '4cen';
 183
 184 test '5pter';
 185 test '6qter';
 186 test '7p21';
 187 test '8q11.1';
 188
 189 test '9q13.13-15';
 190 test '10p13.13-q15';
 191 test '11p13.13-qter';
 192 test '12p13.13-qter';
 193 test '13p13.13-14';
 194 test '14p13.13-pter';
 195 test '15cen-q2';
 196 test '16cen-p2';
 197 #test '17cen-pter'; eq 17p
 198 #test '18cen-qter'; eq 18q
 199
 200
 201 # by now we should be convinced that band conversion to a range works
 202 # so lets try to use it for comparing markers.
 203
 204 ok my $marker1 = Bio::Map::CytoMarker->new();
 205 is $marker1->name('gene1'), 'gene1' ;
 206 ok $marker1->position($map, '10p33.13-q15');
 207
 208 ok my $marker2 = Bio::Map::CytoMarker->new(-name => 'gene2' );
 209 ok $marker2->position($map, '10p10-15');
 210 is $marker1->get_chr, 10;
 211
 212 ok my $marker3 = Bio::Map::CytoMarker->new(-name => '3' );
 213 ok $marker3->position($map, '10p1');
 214
 215 ok my $marker4 = Bio::Map::CytoMarker->new(-name => '4' );
 216 ok $marker4->position($map, '10q2');
 217
 218 #
 219 # Lastly, let's test the comparison methods
 220 #
 221
 222 ok $marker1->equals($marker1);
 223 ok ! $marker1->equals($marker2);
 224
 225 ok $marker3->less_than($marker4);
 226 ok ! $marker3->greater_than($marker4);
 227 ok ! $marker4->less_than($marker3);
 228 ok $marker4->greater_than($marker3);
 229
 230 ok ! $marker4->overlaps($marker3);
 231 ok $marker1->overlaps($marker3);
 232
 233 ok ! $marker4->contains($marker3);
 234 ok $marker1->contains($marker3);
 235
 236 #
 237 # Test throw() in some private functions
 238 #
 239
 240 eval { Bio::Map::CytoPosition::_pad('string', -1, 'x'); };
 241 like($@, qr/positive integer/);
 242 eval { Bio::Map::CytoPosition::_pad('string', +1, 'toolong'); };
 243 like($@, qr/single character/);
 244