t/AlignIO/xmfa.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id: xmfa.t 14971 2008-10-28 16:08:52Z cjfields $
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use Bio::Root::Test;
   8
   9     test_begin(-tests => 30);
  10
  11         use_ok('Bio::AlignIO::xmfa');
  12 }
  13
  14 my $DEBUG = test_debug(); # foo
  15
  16 my ($str,$aln,$strout,$status);
  17
  18 # XMFA
  19 $str = Bio::AlignIO->new(
  20                  -file => test_input_file("testaln.xmfa"),
  21                  -format => 'xmfa');
  22 $aln = $str->next_aln();
  23 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  24
  25 # test seqs
  26
  27 my @test_data = (
  28     # 1:1-598 + chrY
  29     [ 'chrY/1-598', 1, 598, 1, 'chrY', undef],
  30
  31     # 2:5000-5534 - chr17
  32     [ 'chr17/5534-5000', 5000, 5534, -1, 'chr17', undef],
  33
  34     # 3:19000-19537 - chr7
  35     [ 'chr7/19537-19000', 19000, 19537, -1, 'chr7', undef],
  36 );
  37
  38 for my $pos (1..3) {
  39     my $seq = $aln->get_seq_by_pos($pos);
  40     my @seq_data = @{shift @test_data};
  41     is $seq->get_nse, shift @seq_data,  "xmfa input test ";
  42     is $seq->start, shift @seq_data, "xmfa input test for start";
  43     is $seq->end, shift @seq_data, "xmfa input test for end";
  44     is $seq->strand, shift @seq_data,  "xmfa strand test";
  45     is $seq->display_id, shift @seq_data, "xmfa input test for id";
  46     is $seq->description, shift @seq_data, "xmfa input test for id";
  47 }
  48
  49 # test aln
  50 is $aln->score, 111, 'xmfa alignment score';
  51
  52 $aln = $str->next_aln();
  53 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  54 is $aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, 'chrY/1000-1059',
  55   "xmfa input test ";
  56 is $aln->get_seq_by_pos(1)->strand, 1,
  57   "xmfa strand";
  58 is ($aln->get_seq_by_pos(2)->description, undef,
  59     "xmfa input test for description");
  60 is ($aln->get_seq_by_pos(3)->display_id, 'chr12',
  61     "xmfa input test for id");
  62 is ($aln->get_seq_by_pos(2)->start, 6000,
  63     "xmfa input test for end");
  64 is ($aln->get_seq_by_pos(1)->end, 1059,
  65     "xmfa input test for end");
  66 is ($aln->score, 11, 'xmfa alignment score');
  67
  68 $strout = Bio::AlignIO->new(
  69    '-file' => ">".test_output_file(),
  70                               '-format' => 'xmfa');
  71 $status = $strout->write_aln($aln);
  72 is $status, 1,"xmfa output test";
  73