bioscripts.pod

   1 =head1 NAME
   2
   3 Bioscripts
   4
   5 =head1 SYNOPSIS
   6
   7 A list of the scripts in Bioperl
   8
   9 =head1 DESCRIPTION
  10
  11 These scripts have been contributed by the developers and users of
  12 Bioperl. They are organized into directories roughly mirroring those
  13 in the Bioperl Bio directory. Please contact bioperl-l@bioperl.org if
  14 you are interested in contributing your own script.
  15
  16 =head2 scripts/align/align_on_codons.pl
  17
  18 Aligns nucleotide sequences based on codons in a specified reading frame.
  19
  20 =head2 scripts/align/aligntutorial.pl
  21
  22 Examples using EMBOSS, pSW, Clustalw, TCoffee, and Blast to align sequences.
  23
  24 =head2 scripts/align/clustalw.pl
  25
  26 A demonstration of the various uses of Alignment::Clustalw. See
  27 L<Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw> for more.
  28
  29 =head2 scripts/align/simplealign.pl
  30
  31 A script that demonstrates some uses of AlignIO. Please see
  32 L<Bio::AlignIO> for more information.
  33
  34 =head2 scripts/biblio/biblio.pl
  35
  36 A script that shows how to query bibliographic databases, such as
  37 Medline, using ids, keywords, and other fields. See L<Bio::Biblio> for
  38 details.
  39
  40 =head2 scripts/biblio/biblio_soap.pl
  41
  42 Connect to and test a SOAP server using a Bio::Biblio object.
  43
  44 =head2 scripts/bioperl.pl
  45
  46 A Bioperl shell!
  47
  48 =head2 scripts/cluster/dbsnp.pl
  49
  50 How to parse a dbsnp XML file. See L<Bio::ClusterIO> for details.
  51
  52 =head2 scripts/contributed/nmrpdb_parse.pl
  53
  54 Extracts individual conformers from an NMR-derived PDB file.
  55
  56 =head2 scripts/contributed/prosite2perl.pl
  57
  58 Convert Prosite motifs to Perl regular expressions.
  59
  60 =head2 scripts/contributed/rebase2list.pl
  61
  62 Script to convert rebase file to format compatible with
  63 Bio::Tools::RestrictionEnzyme.
  64
  65 =head2 scripts/das/das_server.pl
  66
  67 Sets up a minimal DAS annotation server, requires Apache::DBI and
  68 Bio::DB::GFF. See L<Bio::DB::GFF> for details.
  69
  70 =head2 scripts/db/dbfetch
  71
  72 Creates a Web page to query a local SRS server and fetch sequences.
  73
  74 =head2 scripts/db/est_tissue_query.pl
  75
  76 Fetch EST sequences from local files or Genbank filtered by tissue
  77 using Bio::DB* or Bio::Index*.
  78
  79 =head2 scripts/db/flanks.pl
  80
  81 Fetch a sequence, find the sequences flanking a variant or SNP in the
  82 sequence given its position.
  83
  84 =head2 scripts/db/gb2features.pl
  85
  86 Shows how to extract all the features from a Genbank file. See
  87 L<Bio::Seq> for more information on features.
  88
  89 =head2 scripts/db/getGenBank.pl
  90
  91 Retrieving Genbank entries over the Web using DB::GenBank. See
  92 L<Bio::DB::GenBank> for more information.
  93
  94 =head2 scripts/db/get_seqs.pl
  95
  96 Fetches and formats sequences from GenBank, EMBL, or SwissProt over
  97 the network using Bio::DB*.
  98
  99 =head2 scripts/db/gff/*
 100
 101 Scripts that reformat sequence to GFF and load GFF format files into
 102 an indexed database - see L<Bio::DB::GFF> for more information.
 103
 104 =head2 scripts/db/rfetch.pl
 105
 106 A script that uses Bio::DB::Registry to retrieve sequences from EMBL,
 107 reformat them, and print them. See L<Bio::DB::Registry>.
 108
 109 =head2 scripts/db/use_registry.pl
 110
 111 Script that shows how to use Bio::DB::Registry, part of Bioperl's
 112 integration with OBDA, the Open Bio Database Access registry
 113 scheme. See L<Bio::DB::Registry> for more information.
 114
 115 =head2 scripts/exceptions/*
 116
 117 Scripts that demonstrate how to throw and catch Error.pm objects.
 118
 119 =head2 scripts/generate_random_seq.pl
 120
 121 Writes random RNA, DNA, or protein sequence of given length.
 122
 123 =head2 scripts/graphics/feature_draw.pl
 124
 125 Script that accepts files in GFF or tab-delimited format and creates
 126 corresponding PNG image files. See L<Bio::Graphics> and
 127 L<Bio::Graphics::FeatureFile> for more information.
 128
 129 =head2 scripts/graphics/render_sequence.pl
 130
 131 This scripts fetchs a sequence from a remote database, extracts its
 132 features (CDS, gene, tRNA), and creates a graphic representation of
 133 the sequence in PNG or GIF format. See L<Bio::DB::BioFetch>
 134 and L<Bio::Graphics>.
 135
 136 =head2 scripts/index/bpfetch.pl
 137
 138 Fetch sequences from local indexed database or over the network and
 139 reformat using Bio::Index* and Bio::DB*.
 140
 141 =head2 scripts/index/bpindex.pl
 142
 143 Indexes local databases, partners with bpfetch.pl.
 144
 145 =head2 scripts/liveseq/change_gene.pl
 146
 147 A script showing how to use LiveSeq::Mutator and
 148 LiveSeq::Mutation. Please see L<Bio::LiveSeq::Mutator> and
 149 L<Bio::LiveSeq::Mutation> for more information.
 150
 151 =head2 scripts/longorf.pl
 152
 153 A script that finds the longest ORF in one or more nucleotide sequences.
 154
 155 =head2 scripts/make_mrna_protein.pl
 156
 157 Translate a cDNA or ORF to protein using Bio::Seq's translate() method.
 158
 159 =head2 scripts/make_primers.pl
 160
 161 Design PCR primers given a sequence and the positions of the start and
 162 stop codons in the sequence's ORF.
 163
 164 =head2 scripts/rev_and_trans.pl
 165
 166 Examples using Bio::Seq.pm for reversing and translating
 167 sequences. See L<Bio::Seq> for more information.
 168
 169 =head2 scripts/revcom_dir.pl
 170
 171 Eeturn reverse complement sequences of all sequences in the current
 172 directory and save them in the same directory.
 173
 174 =head2 scripts/root_object/*
 175
 176 Scripts that demonstrate uses of the Bio::Root modules.
 177
 178 =head2 scripts/root_object/vector/vector.pl
 179
 180 Script to test Bio::Root::Vector.
 181
 182 =head2 scripts/searchio/*
 183
 184 A number of scripts illustrating the use of Bio::SearchIO for parsing
 185 Blast and PSI-Blast results. See L<Bio::SearchIO> for more information.
 186
 187 =head2 scripts/searchio/waba2gff.pl
 188
 189 Convert raw WABA output to one type of GFF.
 190
 191 =head2 scripts/seq/*
 192
 193 Example code for working with multiple sequence files, including
 194 formatting, printing, and filtering based on length or description or ID.
 195
 196 =head2 scripts/seqstats/aacomp.pl
 197
 198 Calculate amino acid composition of a protein using Tools::CodonTable
 199 and Tools::IUPAC. See L<Bio::Tools::IUPAC> and
 200 L<Bio::Tools::CodonTable> for more information.
 201
 202 =head2 scripts/seqstats/chaos_plot.pl
 203
 204 Produce a PNG or JPEG chaos plot given a DNA sequence using GD.pm.
 205
 206 =head2 scripts/seqstats/gccalc.pl
 207
 208 Calculate %GC given a DNA sequence using Tools::SeqStats. See
 209 L<Bio::Tools::SeqStats> for more information.
 210
 211 =head2 scripts/seqstats/oligo_count.pl
 212
 213 Calculates oligomer frequencies given an oligomer length and a sequence.
 214
 215 =head2 scripts/structure/struct_example*
 216
 217 Scripts that show how to examine details of the 3D structure of a
 218 protein by parsing a PDB file. See L<Bio::Structure::IO> for more information.
 219
 220 =head2 scripts/subsequence.cgi
 221
 222 CGI script to fetch a sequence from Genbank and extract a subsequence
 223 using DB::GenBank. See L<Bio::DB::GenBank>.
 224
 225 =head2 scripts/tk/gsequence
 226
 227 Create a Protein Sequence Control Panel GUI with Gtk.
 228
 229 =head2 scripts/tk/hitdisplay.pl
 230
 231 Create a GUI for displaying Blast results using Tk::HitDisplay.
 232 Please see L<Bio::Tk::HitDisplay> for more information.
 233
 234 =head2 scripts/tools/gb_to_gff.pl
 235
 236 Extracts top-level sequence features from Genbank-formatted sequence
 237 files using Tools::GFF. See L<Bio::Tools::GFF>.
 238
 239 =head2 scripts/tools/gff2ps.pl
 240
 241 Takes an input file in GFF format and draws its genes and features as
 242 Postscript using Tools::GFF. See L<Bio::Tools::GFF>.
 243
 244 =head2 scripts/tools/parse_codeml.pl
 245
 246 Script that parses output from codeml, one of the PAML programs. See
 247 L<Bio::Tools::Phylo::PAML>.
 248
 249 =head2 scripts/tools/psw.pl
 250
 251 Example code for using the XS extensions for comparing proteins
 252 using Smith-Waterman.
 253
 254 =head2 scripts/tools/remote_blast.pl
 255
 256 This script executes remote Blast using RemoteBlast. See
 257 L<Bio::Tools::Run::RemoteBlast> for more information.
 258
 259 =head2 scripts/tools/restriction.pl
 260
 261 Example code for using the RestrictionEnzyme module. See
 262 L<Bio::Tools::RestrictionEnzyme> for more information.
 263
 264 =head2 scripts/tools/run_genscan.pl
 265
 266 Run GENSCAN on multiple sequences and create output sequence files
 267 using Tools::Genscan. Please see L<Bio::Tools::Genscan> for more information.
 268
 269 =head2 scripts/tools/seq_pattern.pl
 270
 271 A script that shows how to use sequences as regular expressions using
 272 Tools::SeqPattern. Please see L<Bio::Tools::SeqPattern> for more information.
 273
 274 =head2 scripts/tools/state-machine.pl
 275
 276 A demonstration of how to create a state machine using
 277 StateMachine::AbstractStateMachine. Please see
 278 L<Bio::Tools::StateMachine::AbstractStateMachine> for more information.
 279
 280 =head2 scripts/tools/test-genscan.pl
 281
 282 Script for testing and demonstrating Bio::Tools::Genscan.
 283
 284 =head2 scripts/tree/paup2phylip.pl
 285
 286 Convert a PAUP tree block to Phylip format.
 287
 288 =cut